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万見
- PDB-1xsx: NMR Structure of Sso10a, a Hyperthermophile DNA-binding Protein w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xsx
タイトルNMR Structure of Sso10a, a Hyperthermophile DNA-binding Protein with an Extended Anti-parallel Coiled Coil
要素Sso10a
キーワードDNA BINDING PROTEIN / winged helix-turn-helix / anti-parallel coiled coil dimer / hyperthermophile DNA-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


ArnR1-like, winged helix-turn-helix domain / Winged helix-turn-helix / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法溶液NMR / Simulated annealing using cartesion, torsion angle dynamics.
Model type detailsminimized average
データ登録者Kahsai, M.A. / Vogler, B. / Clark, A.T. / Edmondson, S.P. / Shriver, J.W.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: Solution Structure, Stability, and Flexibility of Sso10a: A Hyperthermophile Coiled-Coil DNA-Binding Protein(,).
著者: Kahsai, M.A. / Vogler, B. / Clark, A.T. / Edmondson, S.P. / Shriver, J.W.
履歴
登録2004年10月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sso10a
B: Sso10a


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2062
ポリマ－22,2062
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)11 / 7510 smallest RMSD out of 13 lowest energy
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: タンパク質 Sso10a


分子量: 11103.207 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 遺伝子: sso10a / プラスミド: pETBlue-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RosettaBlue(DE3)pLacI (NOVAGEN) / 参照: UniProt: Q5W1E8

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1223D 13C-separated NOESY
1323D 12C-filtered 13C-edited NOESY
141HNHA
2532D HSQC-IPAP
1642D HSQC T1 T1rho NOE
NMR実験の詳細Text: model 1 is an energy minimized average structure. Models 2 through 11 are the 10 best ensemble structures.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
125 mg/ml 15N,13C Sso10a, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
225 mg/ml 15N,13C Sso10a, 100% D2O100% D2O
312 mg/ml 15N Sso10a, 85% H2O, 10% D20, 5% C12E5/hexanol (r=0.87)85% H2O, 10% D20, 5% C12E5/hexanol (r=0.87)
412 mg/ml 15N Sso10a, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
試料状態
Conditions-IDpH圧 (kPa)温度 (K)
15.0 ambient 303 K
25.0 ambient 308 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA8001
Varian INOVAVarianINOVA5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR6.1CVarian Inc.collection
NMRPipe2004F. Delaglio解析
NMRView5.2.2M. Johnsonデータ解析
ModelFree4A. Palmerデータ解析
ARIA1.2J. Linge, M. Nilges構造決定
Xplor-NIH2.9.6Brunger, Clore精密化
Xplor-NIH2.9.6Brunger, Clore構造決定
精密化手法: Simulated annealing using cartesion, torsion angle dynamics.
ソフトェア番号: 1
詳細: NOE assignments, distance restraint calibrations, and initial structures were made using ARIA 1.2. Final structure refinemnet was done using Xplor-NIH. Restraints consisted of 1231 ...詳細: NOE assignments, distance restraint calibrations, and initial structures were made using ARIA 1.2. Final structure refinemnet was done using Xplor-NIH. Restraints consisted of 1231 intrasubunit and 83 intersubunit NOE-derived distances, 144 torsion angles, 60 HNHA coupling constants, 41 H-bonds, 52 dipolar couplings, 54 T1/T2 relaxation ratios, and non-crystallographic dimer symmetry restraints. (Numbers of restraints are per monomer.) Anisotropy tensors were included as variables during refinemnet, with best fit values for the molecular alignment tensor (from RDC's) of Da=16 Hz and rhombicity=0.24, and best fit values for the diffusion anisotropy tensor (from 15N relaxation) of Dpar/Dperp=2.0 and rhombicity=0.05 (and tauC=13.7 ns).
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: 10 smallest RMSD out of 13 lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 75 / 登録したコンフォーマーの数: 11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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