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- PDB-1xst: Solution structure of E.coli RNase P RNA P4 stem, U69A mutation, ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xst
タイトルSolution structure of E.coli RNase P RNA P4 stem, U69A mutation, complexed with cobalt (III) hexammine.
要素RNA (27-MER)
キーワードRNA (リボ核酸) / Ribonuclease P RNA / Ribozyme (リボザイム) / transfer RNA processing / P4 stem / U69A mutant / metal binding site / metal complex (錯体) / cobalt (III) hexammine complex
機能・相同性COBALT HEXAMMINE(III) / リボ核酸 / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / restrained molecular dynamics, simulated annealing
Model type detailsminimized average
データ登録者Schmitz, M.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2004
タイトル: Change of RNase P RNA function by single base mutation correlates with perturbation of metal ion binding in P4 as determined by NMR spectroscopy
著者: Schmitz, M.
履歴
登録2004年10月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (27-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,8172
ポリマ－8,6561
非ポリマー1611
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: RNA鎖 RNA (27-MER) / RNase P RNA P4 stem


分子量: 8656.183 Da / 分子数: 1 / 変異: U69A / 由来タイプ: 合成
詳細: enzymatically synthesized from DNA oligonucleotide template ny T7 RNA polymerase
#2: 化合物 ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III)


分子量: 161.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoH18N6

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1222D NOESY
2332D NOESY
142DQF-COSY
15231P-1H-HETERO-COSY
16231P-1H-HETERO-TOCSY-NOESY
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using standard 2D homonuclear techniques as well as 13C and 31P heteronuclear experiments performed at natural abundance. Intermolecular NOE crosspeaks between RNA ...Text: The structure was determined using standard 2D homonuclear techniques as well as 13C and 31P heteronuclear experiments performed at natural abundance. Intermolecular NOE crosspeaks between RNA protons and cobalt (III) hexammine protons and intermolecular distance constraints derived thereof were used to determine the site of cobalt (III) hexammine binding.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12mM P4 U69A RNA; 100mM NaCl; 10mM phosphate buffer; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
22mM P4 U69A RNA; 100mM NaCl; 10mM phosphate buffer; 100% D2O100% D2O
32mM P4 U69A RNA; 100mM NaCl; 6mM hexammine cobalt chloride; 10mM phosphate buffer; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1100 mM NaCl 6.4 ambient 288 K
2100 mM NaCl, 6 mM Co(NH3)6Cl 6.4 ambient 288 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR1.2Brukercollection
NMRPipe2.1F. Delaglio解析
X-PLOR3.1A. Bruenger構造決定
X-PLOR3.1A. Bruenger精密化
精密化手法: restrained molecular dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The average structure is based on the superposition of 14 structures after refinement. The average RMS deviation between the ensemble and the average structure is 1.85 Angstrom. A total of ...詳細: The average structure is based on the superposition of 14 structures after refinement. The average RMS deviation between the ensemble and the average structure is 1.85 Angstrom. A total of 290 NOE-derived distance constraints, 245 dihedral constraints and 48 distance constraints from hydrogen bonds were used in refinement. 15 NOE derived intermolecular distance constraints were used to localize the bound cobalt (III) hexammine.
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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