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- PDB-1xs0: Structure of the E. coli Ivy protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xs0
タイトルStructure of the E. coli Ivy protein
要素Inhibitor of vertebrate lysozyme
キーワードHYDROLASE INHIBITOR / alpha beta fold / dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


lysozyme inhibitor activity / negative regulation of catalytic activity / chaperone-mediated protein folding / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Inhibitor of vertebrate lysozyme / Inhibitor of vertebrate lysozyme / Inhibitor of vertebrate lysozyme superfamily / Inhibitor of vertebrate lysozyme (Ivy) / Inhibitor of vertebrate lysozyme, Ivy / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Inhibitor of vertebrate lysozyme / Inhibitor of vertebrate lysozyme
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.58 Å
データ登録者Abergel, C. / Monchois, V. / Byrn, D. / Lazzaroni, J.C. / Claverie, J.M.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2007
タイトル: Structure and evolution of the Ivy protein family, unexpected lysozyme inhibitors in Gram-negative bacteria.
著者: Abergel, C. / Monchois, V. / Byrne, D. / Chenivesse, S. / Lembo, F. / Lazzaroni, J.C. / Claverie, J.M.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: Escherichia coli ykfE ORFan gene encodes a potent inhibitor of C-type lysozyme
著者: Monchois, V. / Abergel, C. / Sturgis, J. / Jeudy, S. / Claverie, J.M.
#2: ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.D / 年: 2000
タイトル: Crystallization and preliminary crystallographic study of b0220, an 'ORFan' protein of unknown function from Escherichia coli
著者: Abergel, C. / Monchois, V. / Chenivesse, S. / Jeudy, S. / Claverie, J.M.
履歴
登録2004年10月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inhibitor of vertebrate lysozyme
B: Inhibitor of vertebrate lysozyme
C: Inhibitor of vertebrate lysozyme


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1823
ポリマ－45,1823
非ポリマー00
水5,441302
1
A: Inhibitor of vertebrate lysozyme

A: Inhibitor of vertebrate lysozyme


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1222
ポリマ－30,1222
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
2
B: Inhibitor of vertebrate lysozyme
C: Inhibitor of vertebrate lysozyme


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1222
ポリマ－30,1222
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1820 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area12420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.339, 46.962, 88.044
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 89.95, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-240-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Inhibitor of vertebrate lysozyme


分子量: 15060.833 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / プラスミド: PQE60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-Blue / 参照: UniProt: P45502, UniProt: P0AD59*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 302 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.75
詳細: 1.4M sodium citrate, 8% PEG 8000, 20mM TRIS, 50mM NaCl, pH 6.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 105 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.97917, 0.97941, 0.97393
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年5月30日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979171
20.979411
30.973931
反射解像度: 1.58→40.7 Å / Num. all: 44577 / Num. obs: 44577 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 9.3 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 25.7 Å2 / Rsym value: 0.037
反射 シェル解像度: 1.58→1.67 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 3539 / Rsym value: 0.223 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.58→14.52 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 823714.1 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 4496 10.1 %RANDOM
Rwork0.225 ---
obs0.225 37575 97.3 %-
all-37575 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 60.5474 Å2 / ksol: 0.390667 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 29.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.42 Å20 Å20 Å2
2--2.01 Å20 Å2
3----4.42 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.2 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.18 Å0.14 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.58→14.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2942 0 0 302 3244
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.025
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.26
LS精密化 シェル解像度: 1.58→1.68 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 731 9.8 %
Rwork0.26 6705 -
obs-44577 98 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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