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- PDB-1xqi: Crystal Structure Analysis of an NDP kinase from Pyrobaculum aero... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xqi
タイトルCrystal Structure Analysis of an NDP kinase from Pyrobaculum aerophilum
要素Nucleoside diphosphate kinase
キーワードTRANSFERASE / alpha/beta sandwich / ferredoxin fold
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside-diphosphate kinase / nucleoside diphosphate kinase activity / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase, active site / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK) active site signature. / Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase / NDK / Nucleoside diphosphate kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / Nucleoside diphosphate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrobaculum aerophilum (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Pedelacq, J.D. / Waldo, G.S. / Cabantous, S. / Liong, E.C. / Berendzen, J. / Terwilliger, T.C.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2005
タイトル: Structural and functional features of an NDP kinase from the hyperthermophile crenarchaeon Pyrobaculum aerophilum
著者: Pedelacq, J.D. / Waldo, G.S. / Cabantous, S. / Liong, E.C. / Terwilliger, T.C.
履歴
登録2004年10月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoside diphosphate kinase
B: Nucleoside diphosphate kinase
C: Nucleoside diphosphate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,9069
ポリマ－66,0893
非ポリマー8176
水2,846158
1
A: Nucleoside diphosphate kinase
C: Nucleoside diphosphate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,6046
ポリマ－44,0592
非ポリマー5454
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2960 Å2
ΔGint13 kcal/mol
Surface area17440 Å2
手法PISA
2
B: Nucleoside diphosphate kinase
ヘテロ分子

B: Nucleoside diphosphate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,6046
ポリマ－44,0592
非ポリマー5454
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
3
B: Nucleoside diphosphate kinase
ヘテロ分子

B: Nucleoside diphosphate kinase
ヘテロ分子

A: Nucleoside diphosphate kinase
C: Nucleoside diphosphate kinase
ヘテロ分子

A: Nucleoside diphosphate kinase
C: Nucleoside diphosphate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,81218
ポリマ－132,1786
非ポリマー1,63412
水1086
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation3_445x-1/2,y-1/2,z1
crystal symmetry operation4_546-x+1/2,y-1/2,-z+11
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area15860 Å2
ΔGint26 kcal/mol
Surface area45180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.022, 72.041, 104.993
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 133.30, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Nucleoside diphosphate kinase / NDK / NDP kinase / Nucleoside-2-P kinase


分子量: 22029.693 Da / 分子数: 3 / 変異: A10D, G33D, E40K, R71Q, S107N, I117N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrobaculum aerophilum (古細菌) / 株: STRAIN IM2 DSM 7523 ATCC 51768 / 遺伝子: ndk / プラスミド: modified pET 28 C-6HIS / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8ZWY4, nucleoside-diphosphate kinase
#2: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.2 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 0.9792, 0.9791, 0.9500
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年10月4日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97921
20.97911
30.951
反射解像度: 2.4→25 Å / Num. all: 25584 / Num. obs: 22330 / % possible obs: 87.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Rmerge(I) obs: 0.105
反射 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / SU B: 9.26 / SU ML: 0.208 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.594 / ESU R Free: 0.313 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25964 1620 7.2 %RANDOM
Rwork0.18668 ---
obs0.19201 20785 94.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.065 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.64 Å20 Å2-0.82 Å2
2--0.62 Å20 Å2
3----1.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4242 0 54 158 4454
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0224365
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8862.0065897
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4455543
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.96323.575179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.30815744
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.9811538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.2669
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023211
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2420.22020
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3150.22949
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1760.2206
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2440.2117
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2140.226
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9481.52821
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.59624421
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.54931733
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.154.51476
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 126 -
Rwork0.237 1568 -
obs--98.43 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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