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万見
- PDB-6uvw: Engineered variant of I-OnuI meganuclease with improved thermosta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6uvw
タイトルEngineered variant of I-OnuI meganuclease with improved thermostability
要素
  • (DNA (27-MER)) x 2
  • I-OnuI-e-Therm
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / Meganuclease / Homing Endonuclease / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性Homing endonucleases / Endonuclease I-creI / Roll / Alpha Beta / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.551 Å
データ登録者Werther, R. / Stoddard, B.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM105691 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2020
タイトル: Optimization of Protein Thermostability and Exploitation of Recognition Behavior to Engineer Altered Protein-DNA Recognition.
著者: Lambert, A.R. / Hallinan, J.P. / Werther, R. / Glow, D. / Stoddard, B.L.
履歴
登録2019年11月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年7月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: I-OnuI-e-Therm
B: DNA (27-MER)
C: DNA (27-MER)
D: I-OnuI-e-Therm
E: DNA (27-MER)
F: DNA (27-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,19111
ポリマ－102,9916
非ポリマー2005
水41423
1
A: I-OnuI-e-Therm
B: DNA (27-MER)
C: DNA (27-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,6166
ポリマ－51,4953
非ポリマー1203
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8930 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area18320 Å2
手法PISA
2
D: I-OnuI-e-Therm
E: DNA (27-MER)
F: DNA (27-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5755
ポリマ－51,4953
非ポリマー802
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8460 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area18330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.426, 82.259, 167.398
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 9 through 30 or (resid 31...
21(chain D and (resid 9 through 58 or (resid 59...
12chain C
22chain F
13chain B
23(chain E and ((resid -1 and (name C4 or name...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111SERSERARGARG(chain A and (resid 9 through 30 or (resid 31...AA9 - 308 - 29
121LYSLYSLYSLYS(chain A and (resid 9 through 30 or (resid 31...AA3130
131SERSERPHEPHE(chain A and (resid 9 through 30 or (resid 31...AA9 - 3038 - 302
141SERSERPHEPHE(chain A and (resid 9 through 30 or (resid 31...AA9 - 3038 - 302
151SERSERPHEPHE(chain A and (resid 9 through 30 or (resid 31...AA9 - 3038 - 302
161SERSERPHEPHE(chain A and (resid 9 through 30 or (resid 31...AA9 - 3038 - 302
211SERSERGLUGLU(chain D and (resid 9 through 58 or (resid 59...DD9 - 588 - 57
221ASNASNASNASN(chain D and (resid 9 through 58 or (resid 59...DD5958
231ARGARGPHEPHE(chain D and (resid 9 through 58 or (resid 59...DD7 - 3036 - 302
241ARGARGPHEPHE(chain D and (resid 9 through 58 or (resid 59...DD7 - 3036 - 302
251ARGARGPHEPHE(chain D and (resid 9 through 58 or (resid 59...DD7 - 3036 - 302
261ARGARGPHEPHE(chain D and (resid 9 through 58 or (resid 59...DD7 - 3036 - 302
112DCDCDCDCchain CCC0 - 261 - 27
212DCDCDCDCchain FFF0 - 261 - 27
113DGDGDGDGchain BBB-1 - 251 - 27
213DGDGDGDG(chain E and ((resid -1 and (name C4 or name...EE-11
223DGDGDGDG(chain E and ((resid -1 and (name C4 or name...EE-1 - 251 - 27
233DGDGDGDG(chain E and ((resid -1 and (name C4 or name...EE-1 - 251 - 27
243DGDGDGDG(chain E and ((resid -1 and (name C4 or name...EE-1 - 251 - 27
253DGDGDGDG(chain E and ((resid -1 and (name C4 or name...EE-1 - 251 - 27
263DGDGDGDG(chain E and ((resid -1 and (name C4 or name...EE-1 - 251 - 27
273DGDGDGDG(chain E and ((resid -1 and (name C4 or name...EE-1 - 251 - 27
283DGDGDGDG(chain E and ((resid -1 and (name C4 or name...EE-1 - 251 - 27
293DGDGDGDG(chain E and ((resid -1 and (name C4 or name...EE-1 - 251 - 27
2103DGDGDGDG(chain E and ((resid -1 and (name C4 or name...EE-1 - 251 - 27
2113DGDGDGDG(chain E and ((resid -1 and (name C4 or name...EE-1 - 251 - 27
2123DGDGDGDG(chain E and ((resid -1 and (name C4 or name...EE-1 - 251 - 27
2133DGDGDGDG(chain E and ((resid -1 and (name C4 or name...EE-1 - 251 - 27
2143DGDGDGDG(chain E and ((resid -1 and (name C4 or name...EE-1 - 251 - 27
2153DGDGDGDG(chain E and ((resid -1 and (name C4 or name...EE-1 - 251 - 27
2163DGDGDGDG(chain E and ((resid -1 and (name C4 or name...EE-1 - 251 - 27
2173DGDGDGDG(chain E and ((resid -1 and (name C4 or name...EE-1 - 251 - 27

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

#1: タンパク質 I-OnuI-e-Therm


分子量: 34904.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: DNA鎖 DNA (27-MER)


分子量: 8248.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (27-MER)


分子量: 8342.427 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.21 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100mM HEPES pH 8.5, 200mM ammonium sulfate, 28% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.977 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→50 Å / Num. obs: 34285 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 11.9 % / Biso Wilson estimate: 51.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.077 / Χ2: 1.022 / Net I/σ(I): 10 / Num. measured all: 409080
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.55-2.648.50.37756250.9550.1290.40.9190
2.64-2.7510.10.3562480.9690.1110.3680.94396.8
2.75-2.8711.50.29665120.9860.090.310.92999.4
2.87-3.0212.10.21465350.9930.0630.2230.974100
3.02-3.2112.80.14465530.9970.0420.151.057100
3.21-3.4613.20.09565540.9980.0270.0991.196100
3.46-3.8112.80.07665750.9990.0220.0791.106100
3.81-4.36130.06265360.9990.0180.0641.034100
4.36-5.4912.50.05465730.9990.0160.0560.968100
5.49-5012.30.04765770.9980.0140.0491.009100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation5.46 Å46.31 Å
Translation5.46 Å46.31 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHASER2.7.16位相決定
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3QQY

3qqy


解像度: 2.551→46.309 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.59
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2607 1988 5.81 %
Rwork0.2226 --
obs0.2249 34193 98.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 93.57 Å2 / Biso mean: 55.8565 Å2 / Biso min: 34.34 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.551→46.309 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4522 2200 5 23 6750
Biso mean--47.96 48.51 -
残基数----699
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0057081
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.74310057
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0451148
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005899
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.5593765
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2594X-RAY DIFFRACTION9.114TORSIONAL
12D2594X-RAY DIFFRACTION9.114TORSIONAL
21C532X-RAY DIFFRACTION9.114TORSIONAL
22F532X-RAY DIFFRACTION9.114TORSIONAL
31B526X-RAY DIFFRACTION9.114TORSIONAL
32E526X-RAY DIFFRACTION9.114TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.551-2.61460.3781260.3014203889
2.6146-2.68520.35621290.3045214494
2.6852-2.76430.31471460.2944226398
2.7643-2.85350.3711310.2925229899
2.8535-2.95540.35381450.29322294100
2.9554-3.07370.31531480.28822298100
3.0737-3.21360.36581370.27062317100
3.2136-3.3830.26961400.242319100
3.383-3.59490.27971510.23552332100
3.5949-3.87230.26991490.22742302100
3.8723-4.26170.2611420.20372342100
4.2617-4.87780.23261360.18352372100
4.8778-6.14330.21771500.19992389100
6.1433-46.3090.17811580.17272497100

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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