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万見
- PDB-1xp4: Crystal structure of a peptidoglycan synthesis regulatory factor ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xp4
タイトルCrystal structure of a peptidoglycan synthesis regulatory factor (PBP3) from Streptococcus pneumoniae
要素D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase
キーワードHYDROLASE / five-stranded antiparallel beta-sheet / omega-like loop
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Peptidoglycan synthesis regulatory factor (PBP3), Domain 2 / D-Ala-D-Ala carboxypeptidase, C-terminal domain / D-Ala-D-Ala carboxypeptidase, C-terminal domain superfamily / Peptidase S11, D-Ala-D-Ala carboxypeptidase A, C-terminal / Penicillin-binding protein 5, C-terminal domain / Penicillin-binding protein 5, C-terminal domain / Penicillin-binding protein, C-terminal domain superfamily / Peptidase S11, D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase A, N-terminal / Peptidase S11, D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase A / D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase ...Peptidoglycan synthesis regulatory factor (PBP3), Domain 2 / D-Ala-D-Ala carboxypeptidase, C-terminal domain / D-Ala-D-Ala carboxypeptidase, C-terminal domain superfamily / Peptidase S11, D-Ala-D-Ala carboxypeptidase A, C-terminal / Penicillin-binding protein 5, C-terminal domain / Penicillin-binding protein 5, C-terminal domain / Penicillin-binding protein, C-terminal domain superfamily / Peptidase S11, D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase A, N-terminal / Peptidase S11, D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase A / D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae R6 (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Morlot, C. / Pernot, L. / Le Gouellec, A. / Di Guilmi, A.M. / Vernet, T. / Dideberg, O. / Dessen, A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of a peptidoglycan synthesis regulatory factor (PBP3) from Streptococcus pneumoniae
著者: Morlot, C. / Pernot, L. / Le Gouellec, A. / Di Guilmi, A.M. / Vernet, T. / Dideberg, O. / Dessen, A.
履歴
登録2004年10月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase
B: D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase
C: D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase
D: D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,67924
ポリマ－166,2644
非ポリマー2,41520
水8,305461
1
A: D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,1706
ポリマ－41,5661
非ポリマー6045
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,1706
ポリマ－41,5661
非ポリマー6045
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,1706
ポリマ－41,5661
非ポリマー6045
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,1706
ポリマ－41,5661
非ポリマー6045
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)87.608, 120.839, 177.076
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase / D-Ala / D-Ala-carboxypeptidase PBP3


分子量: 41566.066 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 16-394 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae R6 (肺炎レンサ球菌)
生物種: Streptococcus pneumoniae / 株: ATCC BAA-255 / R6 / 遺伝子: dacA / プラスミド: pGEX-4T1, pGEX::sPBP3* / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MC1061
参照: UniProt: Q8DQ99, serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 461 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: potassium sodium tartrate, Tri-sodium citrate, sodium iodide, PEG 400, Ammonium sulfate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9792, 0.9794, 0.9393
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年5月16日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97921
20.97941
30.93931
反射解像度: 2.8→65.84 Å / Num. all: 47073 / Num. obs: 46098 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 31.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rsym value: 0.102 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 2.8→2.98 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.279 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique all: 7170 / Rsym value: 0.279 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: PDB entry 1NZ0

1nz0


解像度: 2.8→65.84 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1416014.65 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.278 3309 7 %RANDOM
Rwork0.237 ---
obs0.237 37747 99.8 %-
all-40041 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 29.1835 Å2 / ksol: 0.34738 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 28.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.29 Å20 Å20 Å2
2--17.69 Å20 Å2
3----9.4 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.43 Å0.34 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.49 Å0.35 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→65.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10653 0 36 461 11150
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d2.37
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.351 548 7.1 %
Rwork0.28 7170 -
obs-7170 99.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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