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- PDB-1xmz: Crystal structure of the dark state of kindling fluorescent prote... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xmz
タイトルCrystal structure of the dark state of kindling fluorescent protein kfp from anemonia sulcata
要素
  • GFP-like non-fluorescent chromoprotein FP595 chain 1
  • GFP-like non-fluorescent chromoprotein FP595 chain 2
キーワードLUMINESCENT PROTEIN / FLUORESCENT PROTEIN / CHROMOPHORE STRUCTURE / ASCP595
機能・相同性Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / BETA-MERCAPTOETHANOL / GFP-like non-fluorescent chromoprotein FP595
機能・相同性情報
生物種Anemonia sulcata (イソギンチャク)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.38 Å
データ登録者Quillin, M.L. / Anstrom, D.M. / Shu, X. / O'Leary, S. / Kallio, K. / Chudakov, D.M. / Remington, S.J.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: Kindling Fluorescent Protein from Anemonia sulcata: Dark-State Structure at 1.38 Resolution
著者: Quillin, M.L. / Anstrom, D.M. / Shu, X. / O'Leary, S. / Kallio, K. / Chudakov, D.M. / Remington, S.J.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000
タイトル: Natural Animal Coloration Can be Determined by a Nonfluorescent Green Fluorescent Protein Homolog
著者: Lukyanov, K.A. / Fradkov, A.F. / Gurskaya, N.G. / Matz, M.V. / Labas, Y.A. / Savitsky, A.P. / Markelov, M.L. / Zaraisky, A.G. / Zhao, X. / Fang, Y. / Tan, W. / Lukyanov, S.A.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: Alternative Cyclization in Gfp-Like Proteins Family. The Formation and Structure of the Chromophore of a Purple Chromoprotein from Anemonia Sulcata
著者: Martynov, V.I. / Savitsky, A.P. / Martynova, N.Y. / Savitsky, P.A. / Lukyanov, K.A. / Lukyanov, S.A.
#3: ジャーナル: BMC BIOCHEM. / 年: 2002
タイトル: Interconversion of Anthozoa Gfp-Like Fluorescent and Nonfluorescent Proteins by Mutagenesis
著者: Bulina, M.E. / Chudakov, D.M. / Mudrik, N.N. / Lukyanov, K.A.
#4: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Chromophore Environment Provides Clue to "Kindling Fluorescent Protein" Riddle
著者: Chudakov, D.M. / Foefanov, A.V. / Mudrik, N.N. / Lukyanov, S. / Lukyanov, K.A.
#5: ジャーナル: NAT.BIOTECHNOL. / 年: 2003
タイトル: Kindling Fluorescent Proteins for Precise in Vivo Photolabeling
著者: Chudakov, D.M. / Belousov, V.V. / Zaraisky, A.G. / Novoselov, V.V. / Staroverov, D.B. / Zorov, D.B. / Lukyanov, S. / Lukyanov, K.A.
#6: ジャーナル: To be Published
タイトル: Synthesis and Properties of the Chromophore of Asulcp Chromoprotein from Anemonia Sulcata
著者: Yampolsky, I.V. / Remington, S.J. / Potapov, V.K. / Lukyanov, K.A.
履歴
登録2004年10月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.02024年2月28日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / struct_asym / struct_biol / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_alt_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_mutation / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_mod_residue.auth_asym_id / _pdbx_struct_mod_residue.details / _pdbx_struct_mod_residue.label_asym_id / _pdbx_struct_mod_residue.label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_3 / _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id / _struct_asym.entity_id / _struct_conf.beg_auth_asym_id / _struct_conf.beg_label_asym_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_auth_asym_id / _struct_conf.end_label_asym_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id / _struct_mon_prot_cis.label_asym_id / _struct_mon_prot_cis.label_seq_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 / _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 / _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 / _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id / _struct_sheet_range.beg_label_asym_id / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_asym_id / _struct_sheet_range.end_label_asym_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_asym_id / _struct_site_gen.label_asym_id / _struct_site_gen.label_seq_id
改定 3.02024年7月10日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / struct_conn
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _entity.formula_weight / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
Remark 999SEQUENCE RESIDUE MET 63, TYR 64 AND GLY 65 ARE MODIFIED TO FORM A CHROMOPHORE (CRK 65) IN BOTH CHAINS
Remark 400COMPOUND THE AMINO GROUP (NH2 240) FOLLOWING CYS 62 IS DERIVED FROM THE PEPTIDE NITROGEN OF MET 63

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GFP-like non-fluorescent chromoprotein FP595 chain 1
C: GFP-like non-fluorescent chromoprotein FP595 chain 2
B: GFP-like non-fluorescent chromoprotein FP595 chain 1
D: GFP-like non-fluorescent chromoprotein FP595 chain 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,96511
ポリマ－54,4184
非ポリマー5477
水8,341463
1
A: GFP-like non-fluorescent chromoprotein FP595 chain 1
C: GFP-like non-fluorescent chromoprotein FP595 chain 2
B: GFP-like non-fluorescent chromoprotein FP595 chain 1
D: GFP-like non-fluorescent chromoprotein FP595 chain 2
ヘテロ分子

A: GFP-like non-fluorescent chromoprotein FP595 chain 1
C: GFP-like non-fluorescent chromoprotein FP595 chain 2
B: GFP-like non-fluorescent chromoprotein FP595 chain 1
D: GFP-like non-fluorescent chromoprotein FP595 chain 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,92922
ポリマ－108,8358
非ポリマー1,09414
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+3/21
Buried area34420 Å2
ΔGint-195 kcal/mol
Surface area31410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.520, 125.400, 92.750
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.188266, 0.002404, -0.982115), (0.004802, -0.999987, -0.001527), (-0.982106, -0.004428, -0.188275)
ベクター: 99.384, 67.755, 120.493)

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要素

#1: タンパク質 GFP-like non-fluorescent chromoprotein FP595 chain 1


分子量: 8065.189 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Anemonia sulcata (イソギンチャク)
プラスミド: PQE-30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM-109 / 参照: UniProt: Q9GZ28
#2: タンパク質 GFP-like non-fluorescent chromoprotein FP595 chain 2


分子量: 19143.678 Da / 分子数: 2 / Mutation: A143G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Anemonia sulcata (イソギンチャク)
プラスミド: PQE-30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM-109 / 参照: UniProt: Q9GZ28
#3: 化合物
ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 463 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: 26% PEG 1550, 0.14 M SODIUM CITRATE, 0.1 M TRIS, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.38→50 Å / Num. all: 89428 / Num. obs: 89428 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 14.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 49.1
反射 シェル解像度: 1.38→1.43 Å / Rmerge(I) obs: 0.166 / Mean I/σ(I) obs: 8.4 / Num. unique all: 8895 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR位相決定
SHELXL-97精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1G7K

1g7k


解像度: 1.38→50 Å / Num. parameters: 38699 / Num. restraintsaints: 48588 / Isotropic thermal model: INDIVIDUAL ANISOTROPIC B-FACTORS / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1913 4307 5.1 %SHELLS
Rwork0.1393 ---
all0.1404 89373 --
obs0.1404 89373 96.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: A solvent model based on Moews & Kretsinger, 1975 was applied during refinement.
Refine analyzeNum. disordered residues: 46 / Occupancy sum hydrogen: 3322 / Occupancy sum non hydrogen: 4108
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.38→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3615 0 30 463 4108
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.031
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0327
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.07
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.076
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.024
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.004
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.035
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.09

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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