ソフトウェア 名称 バージョン 分類 CNS1.1 精密化 DENZOデータ削減 SCALEPACKデータスケーリング SOLVE位相決定
精密化 構造決定の手法 : 単波長異常分散 / 解像度 : 1.8→29.82 Å / Rfactor Rfree error : 0.002 / Data cutoff high absF : 404980.95 / Data cutoff low absF : 0 / Isotropic thermal model : RESTRAINED / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 2 / 立体化学のターゲット値 : Engh & HuberRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.237 9398 4.9 % RANDOM Rwork 0.212 - - - obs 0.212 190372 86.8 % -
溶媒の処理 溶媒モデル : FLAT MODEL / Bsol : 47.2042 Å2 / ksol : 0.397272 e/Å3 原子変位パラメータ Biso mean : 23.3 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- -3.44 Å2 0 Å2 -0.41 Å2 2- - 6.99 Å2 0 Å2 3- - - -3.56 Å2
Refine analyze Free Obs Luzzati coordinate error 0.24 Å 0.21 Å Luzzati d res low - 5 Å Luzzati sigma a 0.13 Å 0.1 Å
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 1.8→29.82 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 7359 0 0 630 7989
拘束条件 大きな表を表示 (3 x 19) 大きな表を隠す Refine-ID タイプ Dev ideal X-RAY DIFFRACTION c_bond_d0.005 X-RAY DIFFRACTION c_bond_d_naX-RAY DIFFRACTION c_bond_d_protX-RAY DIFFRACTION c_angle_dX-RAY DIFFRACTION c_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_angle_deg1.3 X-RAY DIFFRACTION c_angle_deg_naX-RAY DIFFRACTION c_angle_deg_protX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d22.5 X-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d0.78 X-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_mcbond_itX-RAY DIFFRACTION c_mcangle_itX-RAY DIFFRACTION c_scbond_itX-RAY DIFFRACTION c_scangle_it
LS精密化 シェル 解像度 : 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error : 0.008 / Total num. of bins used : 6 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.254 1136 5.2 % Rwork 0.225 20744 - obs - - 59.4 %
Xplor file Refine-ID Serial no Param file Topol file X-RAY DIFFRACTION 1 PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION 2 WATER_REP.PARAMWATER.TOPX-RAY DIFFRACTION 4 ION.PARAMION.TOP