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- PDB-1xks: The crystal structure of the N-terminal domain of Nup133 reveals ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xks
タイトルThe crystal structure of the N-terminal domain of Nup133 reveals a beta-propeller fold common to several nucleoporins
要素Nuclear pore complex protein Nup133
キーワードPROTEIN TRANSPORT / beta-propeller (Βプロペラドメイン) / helical insertions
機能・相同性
機能・相同性情報


nephron development / transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear pore organization / nuclear pore outer ring / somite development / Nuclear Pore Complex (NPC) Disassembly / paraxial mesoderm development / Transport of Ribonucleoproteins into the Host Nucleus / Regulation of Glucokinase by Glucokinase Regulatory Protein / Defective TPR may confer susceptibility towards thyroid papillary carcinoma (TPC) ...nephron development / transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear pore organization / nuclear pore outer ring / somite development / Nuclear Pore Complex (NPC) Disassembly / paraxial mesoderm development / Transport of Ribonucleoproteins into the Host Nucleus / Regulation of Glucokinase by Glucokinase Regulatory Protein / Defective TPR may confer susceptibility towards thyroid papillary carcinoma (TPC) / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / NS1 Mediated Effects on Host Pathways / SUMOylation of SUMOylation proteins / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / structural constituent of nuclear pore / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA / SUMOylation of RNA binding proteins / Nuclear import of Rev protein / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / tRNA processing in the nucleus / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / neural tube development / nucleocytoplasmic transport / Viral Messenger RNA Synthesis / poly(A)+ mRNA export from nucleus / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / Vpr-mediated nuclear import of PICs / SUMOylation of DNA replication proteins / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / mRNA export from nucleus / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / 核膜孔 / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / SUMOylation of chromatin organization proteins / 神経発生 / HCMV Late Events / RHO GTPases Activate Formins / Transcriptional regulation by small RNAs / ISG15 antiviral mechanism / 動原体 / HCMV Early Events / Separation of Sister Chromatids / protein import into nucleus / 核膜 / snRNP Assembly / 核膜 / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / 生体膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Nuclear pore complex protein Nup133-like / Nucleoporin, Nup133/Nup155-like, C-terminal / Non-repetitive/WGA-negative nucleoporin C-terminal / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Nuclear pore complex protein Nup133
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Berke, I.C. / Boehmer, T. / Blobel, G. / Schwartz, T.U.
引用ジャーナル: J.Cell Biol. / 年: 2004
タイトル: Structural and functional analysis of Nup133 domains reveals modular building blocks of the nuclear pore complex.
著者: Berke, I.C. / Boehmer, T. / Blobel, G. / Schwartz, T.U.
履歴
登録2004年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear pore complex protein Nup133


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7981
ポリマ－48,7981
非ポリマー00
水1,71195
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.588, 84.588, 139.048
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Nuclear pore complex protein Nup133 / / Nucleoporin Nup133 / 133 kDa nucleoporin


分子量: 48798.430 Da / 分子数: 1 / 変異: F345L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUP133 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q8WUM0
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.5 %
結晶化温度: 277 K / pH: 5.7
詳細: PEG 3350, lithium sulfate, bis-tris, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K, pH 5.70

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.0781
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年1月28日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL, SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0781 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→40.5 Å / Num. obs: 20899 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 71.03 Å2
反射 シェル解像度: 2.35→2.39 Å / % possible all: 93.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: Model built by SAD data from SeMet derivative

解像度: 2.35→40.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.308 / ESU R Free: 0.227 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 2036 9.8 %RANDOM
Rwork0.196 ---
obs0.2 20899 96.5 %-
all-20899 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 65.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.79 Å20 Å20 Å2
2---0.79 Å20 Å2
3---1.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→40.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2845 0 0 95 2940
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.0222895
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1671.9523934
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0295365
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.66925.086116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.46515468
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.311159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1580.2457
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022147
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2530.31164
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.330.51958
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2050.5266
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2570.329
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2520.57
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.71621847
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.68632966
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.98321048
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5393968
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.42 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.477 135 -
Rwork0.342 1283 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.12792.9346-1.53332.7533-1.43850.7516-0.4510.1030.3670.0620.30650.54680.50510.12420.14450.017-0.0393-0.087-0.0882-0.01720.0111-25.98623.09855.174
23.44642.40022.25182.28631.10071.8267-0.0762-0.23840.42520.0763-0.1860.41040.2269-0.1060.26220.08730.01650.0478-0.0311-0.106-0.1134-22.71116.76470.729
31.108-0.38950.28661.8001-0.3931.1978-0.0183-0.1821-0.21150.0230.13720.1463-0.0870.0005-0.11890.11950.10330.00990.01480.0033-0.2198-9.88214.3774.858
40.5347-0.8219-0.25682.0996-0.66231.4592-0.2474-0.07990.09450.24170.25350.0763-0.00630.2324-0.00610.12970.1981-0.03160.0386-0.0051-0.21232.34619.12171.134
50.26480.04560.47442.2138-1.4051.85180.04710.05060.2496-0.1584-0.18920.07930.21490.32450.14210.050.1610.02690.07170.0485-0.19833.97122.89659.136
61.1922-1.86520.47053.149-1.08550.71430.16730.09290.2138-0.1303-0.3976-0.09140.10960.11750.23030.06730.06880.0127-0.04060.0472-0.0847-3.86139.5749.402
72.11512.5287-0.7593.0233-0.90750.2724-0.31350.17790.0549-0.12630.2350.4150.03070.30970.07840.09710.0327-0.0524-0.0275-0.0634-0.1278-16.42929.149.717
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA75 - 8711 - 23
2X-RAY DIFFRACTION1AA450 - 477386 - 413
3X-RAY DIFFRACTION2AA88 - 14624 - 82
4X-RAY DIFFRACTION3AA149 - 20185 - 137
5X-RAY DIFFRACTION4AA206 - 251142 - 187
6X-RAY DIFFRACTION5AA270 - 310206 - 246
7X-RAY DIFFRACTION6AA312 - 397248 - 333
8X-RAY DIFFRACTION7AA404 - 443340 - 379

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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