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- PDB-1xk8: Divalent cation tolerant protein CUTA from Homo sapiens O60888 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xk8
タイトルDivalent cation tolerant protein CUTA from Homo sapiens O60888
要素Divalent cation tolerant protein CUTA
キーワードstructural genomics / unknown function / human / Homo sapiens / divalent cation tolerant protein CUTA / PSI / Protein Structure Initiative / Southeast Collaboratory for Structural Genomics / SECSG
機能・相同性
機能・相同性情報


response to metal ion / protein localization / copper ion binding / enzyme binding / extracellular exosome / membrane
類似検索 - 分子機能
Divalent ion tolerance protein, CutA / CutA1 divalent ion tolerance protein / Alpha-Beta Plaits - #120 / Nitrogen regulatory PII-like, alpha/beta / Nitrogen regulatory protein PII/ATP phosphoribosyltransferase, C-terminal / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Tempel, W. / Chen, L. / Liu, Z.-J. / Lee, D. / Shah, A. / Dailey, T.A. / Mayer, M.R. / Arendall III, W.B. / Rose, J.P. / Dailey, H.A. ...Tempel, W. / Chen, L. / Liu, Z.-J. / Lee, D. / Shah, A. / Dailey, T.A. / Mayer, M.R. / Arendall III, W.B. / Rose, J.P. / Dailey, H.A. / Richardson, J.S. / Richardson, D.C. / Wang, B.-C. / Southeast Collaboratory for Structural Genomics (SECSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Divalent cation tolerant protein CUTA from Homo sapiens O60888
著者: Tempel, W. / Chen, L. / Liu, Z.-J. / Lee, D. / Shah, A. / Dailey, T.A. / Mayer, M.R. / Arendall III, W.B. / Rose, J.P. / Dailey, H.A. / Richardson, J.S. / Richardson, D.C. / Wang, B.-C.
履歴
登録2004年9月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 300BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 6 CHAIN(S). ...BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 6 CHAIN(S). THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Divalent cation tolerant protein CUTA
B: Divalent cation tolerant protein CUTA
C: Divalent cation tolerant protein CUTA
D: Divalent cation tolerant protein CUTA
E: Divalent cation tolerant protein CUTA
F: Divalent cation tolerant protein CUTA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,4279
ポリマ－95,3586
非ポリマー693
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16040 Å2
ΔGint-136 kcal/mol
Surface area23490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.157, 89.517, 125.847
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71A
81B
91C
101D
111E
121F
131A
141B
151C
161D
171E
181F

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11TYRTYRTYRTYRAA40 - 8431 - 75
21TYRTYRTYRTYRBB40 - 8431 - 75
31TYRTYRTYRTYRCC40 - 8431 - 75
41TYRTYRTYRTYRDD40 - 8431 - 75
51TYRTYRTYRTYREE40 - 8431 - 75
61TYRTYRTYRTYRFF40 - 8431 - 75
72ILEILEVALVALAA90 - 11481 - 105
82ILEILEVALVALBB90 - 11481 - 105
92ILEILEVALVALCC90 - 11481 - 105
102ILEILEVALVALDD90 - 11481 - 105
112ILEILEVALVALEE90 - 11481 - 105
122ILEILEVALVALFF90 - 11481 - 105
133GLUGLUGLUGLUAA121 - 146112 - 137
143GLUGLUGLUGLUBB121 - 146112 - 137
153GLUGLUGLUGLUCC121 - 146112 - 137
163GLUGLUGLUGLUDD121 - 146112 - 137
173GLUGLUGLUGLUEE121 - 146112 - 137
183GLUGLUGLUGLUFF121 - 146112 - 137

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要素

#1: タンパク質
Divalent cation tolerant protein CUTA


分子量: 15892.998 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60888
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.59 %
結晶化温度: 291 K / 手法: modified microbatch / pH: 8.6
詳細: 1.5M potassium hydrogen phosphate, 0.1M TRIS, pH 8.6, modified microbatch, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 24132 / Rmerge(I) obs: 0.073
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obs% possible all
2.4-2.490.3226.7
2.49-2.590.37335.5
2.59-2.70.27754.2
2.7-2.850.22772.9
2.85-3.020.19590.3
3.02-3.260.15499.1
3.26-3.580.10599.8
3.58-4.10.08483.3
4.1-5.170.055100
5.17-500.04699.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMACrefmac_5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT1データ抽出
MAR345データ収集
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1OSC

1osc


解像度: 2.7→32.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 3.511 / ESU R Free: 0.387 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28316 1053 5.1 %RANDOM
Rwork0.24459 ---
obs0.24664 19505 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 52.063 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.61 Å20 Å20 Å2
2---0.48 Å20 Å2
3----4.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→32.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4828 0 3 0 4831
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0224934
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.024577
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0481.9626764
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.69310574
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0055637
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.81725.137183
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.45515747
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.8811515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.2816
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.025476
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02908
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2030.2949
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2130.23898
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1730.22401
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1090.22338
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1390.2135
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1650.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2240.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1380.238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2070.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2561.53215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other01.51274
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.50525230
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.78131719
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.4674.51534
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
A567tight positional0.020.05
B567tight positional0.020.05
C567tight positional0.030.05
D567tight positional0.020.05
E567tight positional0.020.05
F567tight positional0.030.05
A744medium positional0.290.5
B744medium positional0.330.5
C744medium positional0.30.5
D744medium positional0.340.5
E744medium positional0.290.5
F744medium positional0.310.5
A567tight thermal0.050.5
B567tight thermal0.050.5
C567tight thermal0.050.5
D567tight thermal0.040.5
E567tight thermal0.050.5
F567tight thermal0.050.5
A744medium thermal0.282
B744medium thermal0.252
C744medium thermal0.252
D744medium thermal0.222
E744medium thermal0.232
F744medium thermal0.242
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.471 81 -
Rwork0.378 1022 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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