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- PDB-3v1x: Crystal structure of 2-methylisoborneol synthase from Streptomyce... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3v1x
タイトルCrystal structure of 2-methylisoborneol synthase from Streptomyces coelicolor A3(2) in complex with Mg2+ and 2-fluorogeranyl diphosphate
要素2-methylisoborneol synthase
キーワードLYASE / class I terpenoid cyclase fold / DDXXXXD motif / NDXXSXXXE motif / 2-methylisoborneol biosynthesis / Biosynthesis of 2-methylisoborneol
機能・相同性
機能・相同性情報


2-methylisoborneol synthase / terpene metabolic process / terpene synthase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Terpene cyclase-like 2 / Terpene synthase family 2, C-terminal metal binding / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0FV / 2-methylisoborneol synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces coelicolor (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.955 Å
データ登録者Koksal, M. / Christianson, D.W.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Structure of 2-Methylisoborneol Synthase from Streptomyces coelicolor and Implications for the Cyclization of a Noncanonical C-Methylated Monoterpenoid Substrate.
著者: Koksal, M. / Chou, W.K. / Cane, D.E. / Christianson, D.W.
履歴
登録2011年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月25日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-methylisoborneol synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,5264
ポリマ－50,1451
非ポリマー3813
水4,504250
1
A: 2-methylisoborneol synthase
ヘテロ分子

A: 2-methylisoborneol synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,0518
ポリマ－100,2902
非ポリマー7626
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_554-y,-x,-z-1/41
Buried area5130 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area23680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.635, 99.635, 104.811
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number95
Space group name H-MP4322

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要素

#1: タンパク質 2-methylisoborneol synthase / 2-MIB synthase


分子量: 50144.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (バクテリア)
株: A3(2) / 遺伝子: SC1A4.08, SCBAC12C8.01, SCO7700 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9F1Y6, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; リン酸基の付加脱離
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-0FV / (2Z)-2-fluoro-3,7-dimethylocta-2,6-dien-1-yl trihydrogen diphosphate / 2-fluorogeranyl diphosphate


分子量: 332.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H19FO7P2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 250 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.58 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.8 M Succinic acid pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月11日
放射モノクロメーター: Si(111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 38813 / Num. obs: 37222 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.5 % / Rmerge(I) obs: 0.128 / Rsym value: 0.128 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 0.849 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 3531 / Rsym value: 0.849 / % possible all: 93.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHENIXAutoMRモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIXAutoMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3V1V

3v1v


解像度: 1.955→46.381 Å / SU ML: 0.21 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.03 / 位相誤差: 21.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2193 1881 5.38 %RANDOM
Rwork0.1764 ---
all0.1787 38813 --
obs0.1787 34994 90.21 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.325 Å2 / ksol: 0.395 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.3536 Å2-0 Å20 Å2
2---3.3536 Å2-0 Å2
3---6.7073 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.021 Å0.021 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.021 Å0.019 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.955→46.381 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2473 0 22 250 2745
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0222585
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.7883536
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.94930
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.128371
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011469
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9546-2.00750.29081300.23122189X-RAY DIFFRACTION80
2.0075-2.06660.27281310.21662306X-RAY DIFFRACTION83
2.0666-2.13330.23791250.19942315X-RAY DIFFRACTION84
2.1333-2.20950.24371430.17392394X-RAY DIFFRACTION86
2.2095-2.2980.20661350.18132504X-RAY DIFFRACTION89
2.298-2.40260.24771530.18122533X-RAY DIFFRACTION91
2.4026-2.52920.26091430.1932606X-RAY DIFFRACTION93
2.5292-2.68770.23851490.18692622X-RAY DIFFRACTION93
2.6877-2.89520.22211510.17912627X-RAY DIFFRACTION93
2.8952-3.18640.22211540.18252669X-RAY DIFFRACTION94
3.1864-3.64740.21351550.16862730X-RAY DIFFRACTION96
3.6474-4.59470.1821480.14412752X-RAY DIFFRACTION95
4.5947-46.39410.19061640.16982866X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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