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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1xk2 | ||||||
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タイトル | NADPH- and Ascorbate-Supported Heme Oxygenase Reactions are Distinct. Regiospecificity of Heme Cleavage by the R183E Mutant | ||||||
要素 | Heme oxygenase 1 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / heme / heme degradation / catalytic mechanism | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Regulation of HMOX1 expression and activity / heme oxygenase (biliverdin-producing) / low-density lipoprotein particle clearance / cellular response to cisplatin / heme oxidation / smooth muscle hyperplasia / heme oxygenase (decyclizing) activity / negative regulation of leukocyte migration / wound healing involved in inflammatory response / positive regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis ...Regulation of HMOX1 expression and activity / heme oxygenase (biliverdin-producing) / low-density lipoprotein particle clearance / cellular response to cisplatin / heme oxidation / smooth muscle hyperplasia / heme oxygenase (decyclizing) activity / negative regulation of leukocyte migration / wound healing involved in inflammatory response / positive regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / heme catabolic process / cellular response to arsenic-containing substance / positive regulation of epithelial cell apoptotic process / endothelial cell proliferation / erythrocyte homeostasis / negative regulation of ferroptosis / epithelial cell apoptotic process / Heme degradation / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / negative regulation of macroautophagy / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of macroautophagy / The NLRP3 inflammasome / regulation of angiogenesis / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / positive regulation of chemokine production / cellular response to cadmium ion / macroautophagy / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / Iron uptake and transport / Heme signaling / response to nicotine / response to hydrogen peroxide / Cytoprotection by HMOX1 / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of angiogenesis / cellular response to heat / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / angiogenesis / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / intracellular iron ion homeostasis / response to oxidative stress / mitochondrial outer membrane / intracellular signal transduction / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / regulation of transcription by RNA polymerase II / structural molecule activity / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / extracellular space / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / nucleus / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, J. / Lad, L. / Poulos, T.L. / Ortiz de montellano, P.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005 タイトル: Regiospecificity determinants of human heme oxygenase: differential NADPH- and ascorbate-dependent heme cleavage by the R183E mutant. 著者: Wang, J. / Lad, L. / Poulos, T.L. / Ortiz de montellano, P.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1xk2.cif.gz | 104 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1xk2.ent.gz | 80.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1xk2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xk/1xk2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xk/1xk2 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26870.535 Da / 分子数: 2 / 変異: R183E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HMOX1, HO1, HO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P09601, heme oxygenase (biliverdin-producing) #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: NH4SO4, hepes, hexanediol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.53 Å |
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検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年6月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.53 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 25306 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.2 Å / % possible all: 99 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→50 Å / σ(F): 2 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
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拘束条件 | タイプ: c_bond_d / Dev ideal: 0.006 |