PDB-1xi8: Molybdenum cofactor biosynthesis protein from Pyrococcus furiosus...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1xi8

タイトル

Molybdenum cofactor biosynthesis protein from Pyrococcus furiosus Pfu-1657500-001

要素

Molybdenum cofactor biosynthesis protein

キーワード

Structural genomics / unknown function / Molybdenum cofactor biosynthesis protein / Pyrococcus furiosus / Southeast Collaboratory for Structural Genomics / hyperthermophile / PSI / Protein Structure Initiative / SECSG

機能・相同性

機能・相同性情報

molybdopterin cofactor biosynthetic process / Mo-molybdopterin cofactor biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrococcus furiosus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.504 Å

データ登録者

Zhou, W. / Zhao, M. / Chang, J.C. / Liu, Z.-J. / Chen, L. / Horanyi, P. / Xu, H. / Yang, H. / Habel, J.E. / Lee, D. ...

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Molybdenum cofactor biosynthesis protein from Pyrococcus furiosus Pfu-1657500-001
著者: Zhou, W. / Zhao, M. / Chang, J.C. / Liu, Z.-J. / Chen, L. / Horanyi, P. / Xu, H. / Yang, H. / Habel, J.E. / Lee, D. / Chang, S.-H. / Rose, J.P. / Wang, B.-C. / Southeast Collaboratory for Structural Genomics

履歴

登録	2004年9月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2004年11月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2023年10月25日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1xi8.cif.gz	104.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1xi8.ent.gz	74.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1xi8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1xi8_validation.pdf.gz	436.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1xi8_full_validation.pdf.gz	445.2 KB	表示
XML形式データ	1xi8_validation.xml.gz	18.1 KB	表示
CIF形式データ	1xi8_validation.cif.gz	24.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xi/1xi8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xi/1xi8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1fc5S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3azq-1 1w6k-d 6tv2-2 5w2s-1 2az5-d 1j0b-7 30045 7c72-1 6tv2-3 4axk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: Pfu-1657500-001

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Molybdenum cofactor biosynthesis protein

B: Molybdenum cofactor biosynthesis protein

89.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.547, 116.599, 147.226
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

not known

#1: タンパク質	Molybdenum cofactor biosynthesis protein 分子量: 44799.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / プラスミド: pET24d Bam / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Star DE3 pRIL / 参照: UniProt: Q8U034

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.59 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: modified microbatch 詳細: 25.5%w/v PEG-8000, 0.17M ammonium sulfate, 15%v/v glycerol, pH no buffer, modified microbatch, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月16日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 37143 / % possible obs: 96.6 % / R_merge(I) obs: 0.051 / Χ²: 0.964

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Χ²	% possible all
2.5-2.59	0.316	3050	0.767	81.2
2.59-2.69	0.281	3392	1.015	89.8
2.69-2.82	0.212	3642	0.774	95.8
2.82-2.96	0.194	3770	0.795	99.5
2.96-3.15	0.124	3812	0.858	100
3.15-3.39	0.08	3808	0.961	100
3.39-3.73	0.062	3845	1.267	100
3.73-4.27	0.04	3855	1.088	100
4.27-5.38	0.029	3907	0.975	100
5.38-50	0.025	4062	1.015	99.3

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	refmac_5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	1	データ抽出
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 1FC5

1fc5

解像度: 2.504→42.954 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.88 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.847 / WR_factor R_free: 0.326 / WR_factor R_work: 0.3 / SU B: 12.319 / SU ML: 0.271 / SU R Cruickshank DPI: 0.363 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.363 / ESU R Free: 0.3

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.343	1875	5.067 %	thin shells
R_work	0.306	-	-	-
all	0.308	-	-	-
obs	-	37001	96.199 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 52.75 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.018 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.038 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.021 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.504→42.954 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4034	0	0	0	4034

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	4092
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.267	1.995	5564
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.963	5	524
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.751	24.286	154
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.515	15	665
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.271	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	675
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	3002
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.244	0.3	1787
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.328	0.5	2816
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.176	0.5	204
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.277	0.3	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.318	0.5	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0	1.5	2698
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0	2	4236
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0	3	1565
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0	4.5	1328

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.504-2.568	0.472	125	0.424	2039	2773	78.038
2.568-2.639	0.502	125	0.41	2213	2734	85.516
2.639-2.715	0.435	125	0.382	2308	2645	91.985
2.715-2.798	0.411	125	0.348	2329	2572	95.412
2.798-2.889	0.39	125	0.346	2370	2520	99.008
2.889-2.99	0.362	125	0.345	2279	2405	99.958
2.99-3.103	0.34	125	0.322	2224	2350	99.957
3.103-3.229	0.405	125	0.345	2119	2246	99.911
3.229-3.371	0.356	125	0.331	2049	2175	99.954
3.371-3.535		0	0.327	2063	2096	98.426
3.535-3.725	0.366	125	0.312	1840	1977	99.393
3.725-3.949	0.307	125	0.28	1725	1863	99.302
3.949-4.219	0.294	125	0.259	1660	1798	99.277
4.219-4.553		0	0.232	1654	1655	99.94
4.553-4.982	0.231	125	0.232	1396	1521	100
4.982-5.561	0.351	69	0.278	1347	1416	100
5.561-6.403	0.365	56	0.321	1193	1249	100
6.403-7.799		0	0.339	1073	1073	100
7.799-10.852	0.371	125	0.264	729	857	99.65
10.852-42.954		0	0.419	516	538	95.911

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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