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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6tv2 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Heme d1 biosynthesis associated Protein NirF | ||||||
Components | Protein NirF | ||||||
Keywords | UNKNOWN FUNCTION / 8-bladed beta-propeller / heme d1 biosynthesis / homodimer | ||||||
| Function / homology | Cytochrome cd1-nitrite reductase, C-terminal domain superfamily / Cytochrome D1 heme domain / : / Cytochrome cd1-nitrite reductase-like, haem d1 domain superfamily / cytoplasm / Protein NirF Function and homology information | ||||||
| Biological species | Pseudomonas aeruginosa PAO1 (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.561 Å | ||||||
Authors | Kluenemann, T. / Layer, G. / Blankenfeldt, W. | ||||||
| Funding support | Germany, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Febs J. / Year: 2021Title: Crystal structure of NirF: insights into its role in heme d 1 biosynthesis. Authors: Klunemann, T. / Nimtz, M. / Jansch, L. / Layer, G. / Blankenfeldt, W. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6tv2.cif.gz | 1.7 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6tv2.ent.gz | 1.4 MB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6tv2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6tv2_validation.pdf.gz | 504.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6tv2_full_validation.pdf.gz | 518.7 KB | Display | |
| Data in XML | 6tv2_validation.xml.gz | 135.6 KB | Display | |
| Data in CIF | 6tv2_validation.cif.gz | 206.4 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/6tv2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/6tv2 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6tv9C ![]() 6rteS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| 4 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 41999.281 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (bacteria) / Gene: nirF, PA0516 / Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.39 Å3/Da / Density % sol: 48.62 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 10% (w/v) PEG 4000 20% (v/v)glycerol 0.03 NaNO3 0.03 Na2HPO4 0.03 (NH4)2SO4 0.1M MOPS/HEPES pH7.5 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: EMBL/DESY, HAMBURG / Beamline: X11 / Wavelength: 1 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: May 28, 2018 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.561→107.6 Å / Num. obs: 289596 / % possible obs: 94.7 % / Redundancy: 3.7 % / CC1/2: 0.995 / Rpim(I) all: 0.067 / Net I/av σ(I): 6.4 / Net I/σ(I): 6.4 |
| Reflection shell | Resolution: 1.561→1.73 Å / Redundancy: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 14420 / CC1/2: 0.655 / Rpim(I) all: 0.394 / % possible all: 69.3 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 6rte Resolution: 1.561→59.46 Å / SU ML: 0.15 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 24.83
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 117.99 Å2 / Biso mean: 22.2603 Å2 / Biso min: 4.05 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.561→59.46 Å
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Pseudomonas aeruginosa PAO1 (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
Germany, 1items
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