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- PDB-1xau: STRUCTURE OF THE BTLA ECTODOMAIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xau
タイトルSTRUCTURE OF THE BTLA ECTODOMAIN
要素B- and T-lymphocyte attenuator
キーワードIMMUNE SYSTEM / IG DOMAIN / BETA SANDWICH / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


Costimulation by the CD28 family / negative regulation of alpha-beta T cell proliferation / immune response-regulating cell surface receptor signaling pathway / negative regulation of B cell proliferation / plasma membrane => GO:0005886 / negative regulation of T cell proliferation / signaling receptor activity / adaptive immune response / cell surface receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
B- and T-lymphocyte attenuator / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / B- and T-lymphocyte attenuator
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Nelson, C.A. / Fremont, D.H. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2008
タイトル: Structural determinants of herpesvirus entry mediator recognition by murine B and T lymphocyte attenuator.
著者: Nelson, C.A. / Fremont, M.D. / Sedy, J.R. / Norris, P.S. / Ware, C.F. / Murphy, K.M. / Fremont, D.H.
履歴
登録2004年8月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
Remark 999SEQUENCE GB 31880025 is for the mouse strain "129/SvEv" while the deposited sequence is from the ...SEQUENCE GB 31880025 is for the mouse strain "129/SvEv" while the deposited sequence is from the mouse strain BALB/c. The BALB/c sequence has not yet been submitted to genbank.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: B- and T-lymphocyte attenuator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3733
ポリマ－14,1481
非ポリマー2252
水4,053225
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)36.670, 37.542, 90.151
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 B- and T-lymphocyte attenuator


分子量: 14147.902 Da / 分子数: 1 / 断片: BTLA ectodomain (residues 30-150) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: BALB/c BTLA / プラスミド: pET-28 (EMD Biosciences) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL codon (+) E.coli cells (Stratagene)
参照: UniProt: Q7TSA3
#2: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: 10mM Cadmium Chloride, 100mM Citric Acid/NaOH, 220mM Ammonium Acetate, 26% PEG 4000, 10mM Trimethylamine-HCl, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.54978, 2.06637
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月5日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.549781
22.066371
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 11536 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 18.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 1.83→1.92 Å / 冗長度: 2.46 % / Rmerge(I) obs: 0.185 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 1086

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
d*TREKデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→28.85 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Data cutoff high absF: 997841.34 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.269 577 5 %RANDOM
Rwork0.206 ---
obs0.206 11536 95.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.7192 Å2 / ksol: 0.350394 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 29.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5 Å20 Å20 Å2
2---1.44 Å20 Å2
3---0.94 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.26 Å0.2 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.08 Å0.09 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→28.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数846 0 2 225 1073
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.023
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d27.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.43
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.351.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.312
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.732
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.622.5
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.037 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.446 76 5.1 %
Rwork0.356 1403 -
obs--75.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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