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- PDB-1xap: Structure of the ligand binding domain of the Retinoic Acid Recep... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xap
タイトルStructure of the ligand binding domain of the Retinoic Acid Receptor beta
要素Retinoic acid receptor beta
キーワードTRANSCRIPTION / nuclear receptor / ligand binding domain / retinoic acid receptor beta / TTNPB
機能・相同性
機能・相同性情報


ventricular cardiac muscle cell differentiation / embryonic eye morphogenesis / glandular epithelial cell development / growth plate cartilage development / embryonic digestive tract development / striatum development / outflow tract septum morphogenesis / negative regulation of chondrocyte differentiation / embryonic hindlimb morphogenesis / neural precursor cell proliferation ...ventricular cardiac muscle cell differentiation / embryonic eye morphogenesis / glandular epithelial cell development / growth plate cartilage development / embryonic digestive tract development / striatum development / outflow tract septum morphogenesis / negative regulation of chondrocyte differentiation / embryonic hindlimb morphogenesis / neural precursor cell proliferation / heterocyclic compound binding / regulation of myelination / Signaling by Retinoic Acid / ureteric bud development / nuclear retinoid X receptor binding / retinoic acid receptor signaling pathway / negative regulation of stem cell proliferation / neurogenesis / stem cell proliferation / Nuclear Receptor transcription pathway / multicellular organism growth / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of apoptotic process / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / protein-containing complex binding / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / Retinoic acid receptor / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. ...: / : / Retinoic acid receptor / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-TTB / Retinoic acid receptor beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Germain, P. / Kammerer, S. / Peluso-Iltis, C. / Tortolani, D. / Zusi, F.C. / Starrett, J. / Lapointe, P. / Daris, J.P. / Marinier, A. / De Lera, A.R. ...Germain, P. / Kammerer, S. / Peluso-Iltis, C. / Tortolani, D. / Zusi, F.C. / Starrett, J. / Lapointe, P. / Daris, J.P. / Marinier, A. / De Lera, A.R. / Rochel, N. / Gronemeyer, H.
引用ジャーナル: Embo Rep. / 年: 2004
タイトル: Rational design of RAR-selective ligands revealed by RARbeta crystal structure
著者: Germain, P. / Kammerer, S. / Perez, E. / Peluso-Iltis, C. / Tortolani, D. / Zusi, F.C. / Starrett, J. / Lapointe, P. / Daris, J.P. / Marinier, A. / De Lera, A.R. / Rochel, N. / Gronemeyer, H.
履歴
登録2004年8月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32016年12月28日Group: Database references
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Retinoic acid receptor beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5272
ポリマ－30,1791
非ポリマー3481
水2,072115
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.276, 57.808, 90.289
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Retinoic acid receptor beta / RAR-beta / RAR-epsilon / HBV-activated protein


分子量: 30178.961 Da / 分子数: 1 / 断片: ligand binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: P10826
#2: 化合物 ChemComp-TTB / 4-[(1E)-2-(5,5,8,8-TETRAMETHYL-5,6,7,8-TETRAHYDRONAPHTHALEN-2-YL)PROP-1-ENYL]BENZOIC ACID / TTNPB / TTNPB


分子量: 348.478 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H28O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.029 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.05 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: PEG 8000, potassium chloride, magnesium chloride, MES, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.8856 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年11月15日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→20 Å / Num. all: 14703 / Num. obs: 14703 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 35.28
反射 シェル解像度: 2.1→2.17 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 1419 / Rsym value: 0.271 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
HKL-2000データ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3LBD

3lbd


解像度: 2.1→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 1460 -random
Rwork0.213 ---
obs0.213 14703 9.7 %-
all-14703 --
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.24 Å0.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1831 0 26 115 1972
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.136
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.753
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.99
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.17 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 127 -
Rwork0.21 --
obs-1099 74.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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