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万見
- PDB-2p7a: Crystal Structure of Estrogen Related Receptor g in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2p7a
タイトルCrystal Structure of Estrogen Related Receptor g in complex with 3-methyl phenol
要素Estrogen-related receptor gamma
キーワードHORMONE RECEPTOR / three layered alpha helical sandwich
機能・相同性
機能・相同性情報


AF-2 domain binding / nuclear steroid receptor activity / estrogen response element binding / retinoic acid receptor signaling pathway / steroid binding / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of cold-induced thermogenesis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific ...AF-2 domain binding / nuclear steroid receptor activity / estrogen response element binding / retinoic acid receptor signaling pathway / steroid binding / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of cold-induced thermogenesis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Oestrogen-related receptor / Retinoic acid receptor / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type ...Oestrogen-related receptor / Retinoic acid receptor / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
4-CHLORO-3-METHYLPHENOL / Estrogen-related receptor gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Abad, M.C.
引用ジャーナル: J.Steroid Biochem.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structural determination of estrogen-related receptor gamma in the presence of phenol derivative compounds.
著者: Abad, M.C. / Askari, H. / O'Neill, J. / Klinger, A.L. / Milligan, C. / Lewandowski, F. / Springer, B. / Spurlino, J. / Rentzeperis, D.
履歴
登録2007年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Estrogen-related receptor gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5302
ポリマ－28,3871
非ポリマー1431
水2,540141
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.279, 64.279, 137.178
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Estrogen-related receptor gamma / Estrogen receptor-related protein 3 / ERR gamma-2


分子量: 28386.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ESRRG, ERR3, ERRG2, KIAA0832, NR3B3 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62508
#2: 化合物 ChemComp-43M / 4-CHLORO-3-METHYLPHENOL / 4-クロロ-3-メチルフェノ-ル


分子量: 142.583 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H7ClO
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.7 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 22.6% polyethylene glycol 4000, 0.1M Tris pH 8.5 and 0.2M Sodium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: BRUKER SMART 6000 / 検出器: CCD / 日付: 2003年12月18日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→64.103 Å / Num. obs: 13237 / 冗長度: 11.06 % / Biso Wilson estimate: 11.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル解像度: 2.3→2.39 Å / 冗長度: 6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.55 / Num. unique all: 727 / Rsym value: 0.2924

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
PROTEUM PLUSPLUSデータ収集
SAINTデータ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: ERRg BPA structure

解像度: 2.3→64 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 1356 10.1 %random
Rwork0.205 ---
all-13434 --
obs-13197 98.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 10.806 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.712 Å20 Å20 Å2
2--2.712 Å20 Å2
3----5.424 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1773 0 9 141 1923
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.2571.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.1812
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.9762
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.1882.5
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d1.976
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.257
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2inh.par
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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