PDB-1x9q: 4m5.3 anti-fluorescein single chain antibody fragment (scFv)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1x9q

タイトル

4m5.3 anti-fluorescein single chain antibody fragment (scFv)

要素

4m5.3 anti-fluorescein single chain antibody fragment

キーワード

IMMUNE SYSTEM / very high affinity / antibody binding / electrostatics / directed evolution / single chain antibody

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / ACETATE ION / 2-(6-HYDROXY-3-OXO-3H-XANTHEN-9-YL)-BENZOIC ACID

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Midelfort, K.S. / Hernandez, H.H. / Lippow, S.M. / Tidor, B. / Drennan, C.L. / Wittrup, K.D.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Substantial energetic improvement with minimal structural perturbation in a high affinity mutant antibody
著者: Midelfort, K.S. / Hernandez, H.H. / Lippow, S.M. / Tidor, B. / Drennan, C.L. / Wittrup, K.D.

履歴

登録	2004年8月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年3月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Advisory / Database references / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.4	2023年8月23日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 999

SEQUENCE The flag tag has 14 residues (1-14). Residues 15-126 correspond to VL. There is a 25- ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1x9q.cif.gz	111.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1x9q.ent.gz	85.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1x9q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	1x9q_validation.pdf.gz	768.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1x9q_full_validation.pdf.gz	770.8 KB	表示
XML形式データ	1x9q_validation.xml.gz	7.9 KB	表示
CIF形式データ	1x9q_validation.cif.gz	12.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x9/1x9q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x9/1x9q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1flrS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4p48-d 2a9n-1 5tbd-4 4r3s-d 3dur-2 1a7p-d 5a2i-d 6tgg-d 1n4x-2 5yd4-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 4m5.3 anti-fluorescein single chain antibody fragment

ヘテロ分子

30.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.780, 57.450, 79.220
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体	4m5.3 anti-fluorescein single chain antibody fragment / scFv 分子量: 29482.742 Da / 分子数: 1 / 断片: antibody binding fragment / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: GAL1-10 promoter / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): YVH10
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-FLU / 2-(6-HYDROXY-3-OXO-3H-XANTHEN-9-YL)-BENZOIC ACID / FLUORESCEIN / 2-(3-オキソ-6-ヒドロキシ-3H-キサンテン-9-イル)安息香酸分子量: 332.306 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₁₂O₅
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 43 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.15 M Sodium Acetate, 0.1 M Ammonium Acetate, 20% PEG 4000, 10% Glycerol, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.984 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年1月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.984 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 40648 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7 % / R_sym value: 0.03

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
DENZO	データ削減
SCALEPACK	データスケーリング
XTALVIEW	精密化
REFMAC	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 1FLR

1flr

解像度: 1.5→28.75 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Of 268 residues, residues 14-268 were observed in electron density maps, with one chain break from residues 125-148.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.193	4049	-	RANDOM
R_work	0.1648	-	-	-
obs	0.1929	40648	98.8 %	-
all	-	44697	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→28.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1843	0	44	233	2120

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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