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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1x8h | ||||||
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タイトル | The Mono-Zinc Carbapenemase CphA (N220G mutant) Shows a Zn(II)- NH2 ARG Coordination | ||||||
![]() | Beta-lactamase | ||||||
![]() | HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Garau, G. / Dideberg, O. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A Metallo-beta-lactamase Enzyme in Action: Crystal Structures of the Monozinc Carbapenemase CphA and its Complex with Biapenem 著者: Garau, G. / Bebrone, C. / Anne, C. / Galleni, M. / Frere, J.M. / Dideberg, O. #1: ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2004 タイトル: Update of the standard numbering scheme for class B beta-lactamases 著者: Garau, G. / Garcia-Saez, I. / Bebrone, C. / Anne, C. / Mercuri, P. / Galleni, M. / Frere, J.M. / Dideberg, O. #2: ![]() タイトル: The 3-D structure of a zinc metallo-beta-lactamase from Bacillus cereus reveals a new type of protein fold 著者: Carfi, A. / Pares, S. / Duee, E. / Galleni, M. / Duez, C. / Frere, J.M. / Dideberg, O. #3: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2002 タイトル: Guanidine is a Zn(2+)-binding ligand at neutral pH in aqueous solution 著者: Aoki, S. / Iwaida, K. / Hanamoto, N. / Shiro, M. / Kimura, E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 67.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 48.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 461 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 461.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 25250.846 Da / 分子数: 1 / 変異: N220G / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: cphA / プラスミド: PUC20-CPHA / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 265分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/CO3.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CO3.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||||
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#3: 化合物 | ChemComp-CO3 / | ||||
#4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 % |
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結晶化 | 温度: 280 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG, AS, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 280K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月18日 |
放射 | モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9797 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 32222 / % possible obs: 93.1 % / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 8.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Mean I/σ(I) obs: 8.1 / Rsym value: 0.07 / % possible all: 93.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 11.165 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20 /
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