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万見
- PDB-1x6m: Crystal structure of the glutathione-dependent formaldehyde-activ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1x6m
タイトルCrystal structure of the glutathione-dependent formaldehyde-activating enzyme (Gfa)
要素Glutathione-dependent formaldehyde-activating enzyme
キーワードLYASE / zn-enzyme / formaldehyde / 3_10 helix
機能・相同性
機能・相同性情報


S-(hydroxymethyl)glutathione synthase / S-(hydroxymethyl)glutathione synthase activity / formaldehyde catabolic process / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
glutathione-dependent formaldehyde- activating enzyme (gfa) / glutathione-dependent formaldehyde- activating enzyme (gfa) / Glutathione-dependent formaldehyde-activating enzyme / CENP-V/GFA domain profile. / CENP-V/GFA domain / Glutathione-dependent formaldehyde-activating enzyme / Mss4-like superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glutathione-dependent formaldehyde-activating enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Paracoccus denitrificans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / Se-SAD / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Neculai, A.M. / Neculai, D. / Vorholt, J.A. / Becker, S.
引用
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: A glutathione-dependent formaldehyde-activating enzyme (Gfa) from Paracoccus denitrificans detected and purified via two-dimensional proton exchange NMR spectroscopy
著者: Goenrich, M. / Bartoschek, S. / Hagemeier, C.H. / Griesinger, C. / Vorholt, J.A.
履歴
登録2004年8月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED
Remark 700SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutathione-dependent formaldehyde-activating enzyme
B: Glutathione-dependent formaldehyde-activating enzyme
C: Glutathione-dependent formaldehyde-activating enzyme
D: Glutathione-dependent formaldehyde-activating enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,42024
ポリマ－84,7644
非ポリマー1,65620
水4,594255
1
A: Glutathione-dependent formaldehyde-activating enzyme
D: Glutathione-dependent formaldehyde-activating enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,12011
ポリマ－42,3822
非ポリマー7389
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2740 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area18270 Å2
手法PISA
2
B: Glutathione-dependent formaldehyde-activating enzyme
C: Glutathione-dependent formaldehyde-activating enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,30013
ポリマ－42,3822
非ポリマー91811
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3440 Å2
ΔGint-110 kcal/mol
Surface area18300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.360, 118.860, 95.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.48, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is a dimer

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要素

#1: タンパク質
Glutathione-dependent formaldehyde-activating enzyme / Gfa


分子量: 21191.076 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paracoccus denitrificans (バクテリア)
遺伝子: gfa / プラスミド: pET16b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q51669, Lyases; Carbon-sulfur lyases
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 255 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: (NH4)2SO4, PEG 400, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9798 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月18日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→74.33 Å / Num. all: 49354 / Num. obs: 49354 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2.08 / Observed criterion σ(I): 2.08 / 冗長度: 1.95 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rsym value: 0.0889 / Net I/σ(I): 8.66
反射 シェル解像度: 2.35→2.45 Å / 冗長度: 1.96 % / Rmerge(I) obs: 0.383 / Mean I/σ(I) obs: 2.17 / Num. unique all: 5774 / Rsym value: 0.4846 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MAR345データ収集
XDSデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: Se-SAD / 解像度: 2.35→74.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 6.78 / SU ML: 0.162 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.08 / ESU R: 0.25 / ESU R Free: 0.223 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25022 3455 7 %RANDOM
Rwork0.18923 ---
all0.19348 45898 --
obs0.19348 45898 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.93 Å20 Å2-0.59 Å2
2---1.48 Å20 Å2
3---2.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→74.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5904 0 73 255 6232
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0216152
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9871.9578330
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1335776
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.86323.077273
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.62415968
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.9911552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1390.2902
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024690
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2240.22608
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.23997
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1940.2342
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1990.269
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1720.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0051.53972
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7426227
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.87432400
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4824.52103
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.411 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.333 256 -
Rwork0.249 3403 -
obs-5774 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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