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万見
- PDB-1x31: Crystal Structure of Heterotetrameric Sarcosine Oxidase from Cory... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1x31
タイトルCrystal Structure of Heterotetrameric Sarcosine Oxidase from Corynebacterium sp. U-96
要素(Sarcosine oxidase ...) x 4
キーワードOXIDOREDUCTASE / Heterotetrameric sarcosine oxidase / flavoenzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


sarcosine oxidase (5,10-methylenetetrahydrofolate-forming) / sarcosine catabolic process / sarcosine oxidase activity / tetrahydrofolate metabolic process / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / nucleotide binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Folate-binding fold / Folate-binding superfamily / Heterotetrameric sarcosine oxidase / Sarcosine oxidase, alpha subunit / Sarcosine oxidase subunit beta / Sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric / Sarcosine oxidase, gamma subunit, heterotetrameric / Sarcosine oxidase, gamma subunit / Sarcosine oxidase subunit delta superfamily / Sarcosine oxidase, delta subunit family ...Folate-binding fold / Folate-binding superfamily / Heterotetrameric sarcosine oxidase / Sarcosine oxidase, alpha subunit / Sarcosine oxidase subunit beta / Sarcosine oxidase, delta subunit, heterotetrameric / Sarcosine oxidase, gamma subunit, heterotetrameric / Sarcosine oxidase, gamma subunit / Sarcosine oxidase subunit delta superfamily / Sarcosine oxidase, delta subunit family / Sarcosine oxidase, gamma subunit family / SoxA, A3 domain / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain, N-terminal / Sarcosine oxidase A3 domain / FAD dependent oxidoreductase / Glycine cleavage T-protein, C-terminal barrel domain / Glycine cleavage T-protein C-terminal barrel domain / Glycine cleavage T-protein/YgfZ, C-terminal / Probable tRNA modification gtpase trme; domain 1 / Aminomethyltransferase-like / Aminomethyltransferase, folate-binding domain / Aminomethyltransferase folate-binding domain / GTP-binding protein TrmE/Aminomethyltransferase GcvT, domain 1 / FAD dependent oxidoreductase / FAD dependent oxidoreductase / D-Amino Acid Oxidase, subunit A, domain 2 / D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 / Rhodanese-like domain / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Gyrase A; domain 2 / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N,N-DIMETHYLGLYCINE / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Sarcosine oxidase subunit gamma / Sarcosine oxidase subunit alpha / Sarcosine oxidase subunit delta / Sarcosine oxidase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Corynebacterium sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Ida, K. / Moriguchi, T. / Suzuki, H.
引用ジャーナル: BIOCHEM.BIOPHYS.RES.COMMUN. / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of heterotetrameric sarcosine oxidase from Corynebacterium sp. U-96
著者: Ida, K. / Moriguchi, T. / Suzuki, H.
履歴
登録2005年4月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sarcosine oxidase alpha subunit
B: Sarcosine oxidase beta subunit
C: Sarcosine oxidase gamma subunit
D: Sarcosine oxidase delta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,92017
ポリマ－180,0774
非ポリマー2,84213
水20,4291134
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21660 Å2
ΔGint-177 kcal/mol
Surface area55020 Å2
手法PISA
2
A: Sarcosine oxidase alpha subunit
B: Sarcosine oxidase beta subunit
C: Sarcosine oxidase gamma subunit
D: Sarcosine oxidase delta subunit
ヘテロ分子

A: Sarcosine oxidase alpha subunit
B: Sarcosine oxidase beta subunit
C: Sarcosine oxidase gamma subunit
D: Sarcosine oxidase delta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)365,83934
ポリマ－360,1558
非ポリマー5,68526
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation9_555-x,-x+y,-z+1/31
Buried area46210 Å2
ΔGint-367 kcal/mol
Surface area107160 Å2
手法PISA
3
A: Sarcosine oxidase alpha subunit
B: Sarcosine oxidase beta subunit
C: Sarcosine oxidase gamma subunit
D: Sarcosine oxidase delta subunit
ヘテロ分子

A: Sarcosine oxidase alpha subunit
B: Sarcosine oxidase beta subunit
C: Sarcosine oxidase gamma subunit
D: Sarcosine oxidase delta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)365,83934
ポリマ－360,1558
非ポリマー5,68526
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/61
Buried area45690 Å2
ΔGint-371 kcal/mol
Surface area107670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)199.112, 199.112, 197.205
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-3557-

HOH

21A-4078-

HOH

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要素

-
Sarcosine oxidase ... , 4種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Sarcosine oxidase alpha subunit


分子量: 102850.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium sp. (バクテリア)
株: U-96 / プラスミド: pET31b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q50LF0, sarcosine oxidase (formaldehyde-forming)
#2: タンパク質 Sarcosine oxidase beta subunit


分子量: 44048.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium sp. (バクテリア)
株: U-96 / プラスミド: pET31b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q50LF2, sarcosine oxidase (formaldehyde-forming)
#3: タンパク質 Sarcosine oxidase gamma subunit


分子量: 21732.541 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 1-200 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium sp. (バクテリア)
株: U-96 / プラスミド: pET31b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q50LE9, sarcosine oxidase (formaldehyde-forming)
#4: タンパク質 Sarcosine oxidase delta subunit


分子量: 11445.771 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium sp. (バクテリア)
株: U-96 / プラスミド: pET31b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q50LF1, sarcosine oxidase (formaldehyde-forming)

-
非ポリマー , 7種, 1147分子

#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#7: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#8: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#9: 化合物 ChemComp-DMG / N,N-DIMETHYLGLYCINE / DIMETHYLGLYCINE / N,N-ジメチルグリシン


分子量: 103.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H9NO2
#10: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Tris-HCl, 1.9M ammonium sulfate, 10mM CuSO4, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPhoton Factory AR-NW12A11.00817
シンクロトロンPhoton Factory AR-NW12A21.00868, 1.00934, 1.02000
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 2101CCD2004年10月26日
ADSC QUANTUM 2102CCD
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.008171
21.008681
31.009341
41.021
反射解像度: 2.15→70.06 Å / Num. obs: 124207 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.3 % / Biso Wilson estimate: 24.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092
反射 シェル解像度: 2.15→2.27 Å / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.319 / Num. unique all: 17623 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.15→70.06 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 5651970.42 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 12401 10 %RANDOM
Rwork0.188 ---
obs0.188 124087 99.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 62.9327 Å2 / ksol: 0.372631 e/Å3
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.28 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.23 Å0.16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→70.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12504 0 176 1134 13814
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.791
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.941.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.72
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.52
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.762.5
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.28 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 1986 9.9 %
Rwork0.217 18149 -
obs--98.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2fadfmnnad-PRODRG.paramfadfmnnad-PRODRG.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5dmg.paramdmg.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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