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- PDB-1pj6: Crystal structure of dimethylglycine oxidase of Arthrobacter glob... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pj6
タイトルCrystal structure of dimethylglycine oxidase of Arthrobacter globiformis in complex with folic acid
要素N,N-dimethylglycine oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / channelling / folate binding / FAD binding / amine oxidation
機能・相同性
機能・相同性情報


dimethylglycine oxidase / dimethylglycine oxidase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
FAD dependent oxidoreductase, central domain / FAD dependent oxidoreductase central domain / Aminomethyltransferase beta-barrel domains / Aminomethyltransferase beta-barrel domains / Glycine cleavage T-protein, C-terminal barrel domain / Glycine cleavage T-protein C-terminal barrel domain / Glycine cleavage T-protein/YgfZ, C-terminal / Probable tRNA modification gtpase trme; domain 1 / Aminomethyltransferase-like / Aminomethyltransferase, folate-binding domain ...FAD dependent oxidoreductase, central domain / FAD dependent oxidoreductase central domain / Aminomethyltransferase beta-barrel domains / Aminomethyltransferase beta-barrel domains / Glycine cleavage T-protein, C-terminal barrel domain / Glycine cleavage T-protein C-terminal barrel domain / Glycine cleavage T-protein/YgfZ, C-terminal / Probable tRNA modification gtpase trme; domain 1 / Aminomethyltransferase-like / Aminomethyltransferase, folate-binding domain / Aminomethyltransferase folate-binding domain / GTP-binding protein TrmE/Aminomethyltransferase GcvT, domain 1 / FAD dependent oxidoreductase / FAD dependent oxidoreductase / D-Amino Acid Oxidase, subunit A, domain 2 / D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 / Gyrase A; domain 2 / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FOLIC ACID / Dimethylglycine oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Arthrobacter globiformis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Leys, D. / Basran, J. / Scrutton, N.S.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2003
タイトル: Channelling and formation of 'active' formaldehyde in dimethylglycine oxidase.
著者: Leys, D. / Basran, J. / Scrutton, N.S.
履歴
登録2003年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N,N-dimethylglycine oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,3254
ポリマ－90,0751
非ポリマー1,2503
水29,0401612
1
A: N,N-dimethylglycine oxidase
ヘテロ分子

A: N,N-dimethylglycine oxidase
ヘテロ分子

A: N,N-dimethylglycine oxidase
ヘテロ分子

A: N,N-dimethylglycine oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)365,30216
ポリマ－360,3024
非ポリマー5,00012
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area18440 Å2
ΔGint-130 kcal/mol
Surface area112050 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)70.877, 222.506, 119.304
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number21
Space group name H-MC222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-3535-

HOH

21A-3664-

HOH

31A-3665-

HOH

41A-3671-

HOH

51A-3746-

HOH

61A-3865-

HOH

71A-4018-

HOH

81A-4083-

HOH

91A-4192-

HOH

101A-4217-

HOH

111A-4344-

HOH

121A-4365-

HOH

詳細DMGO is a tetramer (dimer of dimers) formed by applying the 222 point symmetry of the C222 spacegroup

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要素

#1: タンパク質 N,N-dimethylglycine oxidase


分子量: 90075.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arthrobacter globiformis (バクテリア)
プラスミド: puc19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9AGP8, dimethylglycine oxidase
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-FOL / FOLIC ACID / 葉酸


分子量: 441.397 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H19N7O6
#4: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1612 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.87 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 15% PEG 2000MME, 0.2 MgCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
115 mg/mlprotein1drop
215 %PEG5000 MME1reservoir
30.2 M1reservoirpH7.5MgCl2
40.1 MHEPES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年5月1日
放射モノクロメーター: sychrotron / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→15 Å / Num. all: 106504 / Num. obs: 106504 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 1.65→1.7 Å / % possible all: 99
反射 シェル
*PLUS
最低解像度: 1.7 Å / Rmerge(I) obs: 0.346 / Mean I/σ(I) obs: 2.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.08精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1PJ5

1pj5


解像度: 1.65→14.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 1.568 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.089 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19283 5618 5 %RANDOM
Rwork0.15567 ---
all0.15752 106504 --
obs0.15752 106504 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.253 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→14.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6285 0 86 1612 7983
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0216524
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6341.9698896
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9515827
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg12.15915990
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.2986
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.025006
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.220.23179
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1660.21165
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2940.245
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2030.284
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9231.54107
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.58226572
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5332417
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0494.52324
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.692 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.242 426
Rwork0.212 7704
精密化
*PLUS
最低解像度: 15 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.193 / Rfactor Rwork: 0.158
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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