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- PDB-3gsi: Crystal structure of D552A dimethylglycine oxidase mutant of Arth... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gsi
タイトルCrystal structure of D552A dimethylglycine oxidase mutant of Arthrobacter globiformis in complex with tetrahydrofolate
要素N,N-dimethylglycine oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Channelling / FAD binding / folinic acid / folate binding / amine oxidation
機能・相同性
機能・相同性情報


dimethylglycine oxidase / dimethylglycine oxidase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
FAD dependent oxidoreductase, central domain / FAD dependent oxidoreductase central domain / Aminomethyltransferase beta-barrel domains / Aminomethyltransferase beta-barrel domains / Glycine cleavage T-protein, C-terminal barrel domain / Glycine cleavage T-protein C-terminal barrel domain / Glycine cleavage T-protein/YgfZ, C-terminal / Probable tRNA modification gtpase trme; domain 1 / Aminomethyltransferase-like / Aminomethyltransferase, folate-binding domain ...FAD dependent oxidoreductase, central domain / FAD dependent oxidoreductase central domain / Aminomethyltransferase beta-barrel domains / Aminomethyltransferase beta-barrel domains / Glycine cleavage T-protein, C-terminal barrel domain / Glycine cleavage T-protein C-terminal barrel domain / Glycine cleavage T-protein/YgfZ, C-terminal / Probable tRNA modification gtpase trme; domain 1 / Aminomethyltransferase-like / Aminomethyltransferase, folate-binding domain / Aminomethyltransferase folate-binding domain / GTP-binding protein TrmE/Aminomethyltransferase GcvT, domain 1 / FAD dependent oxidoreductase / FAD dependent oxidoreductase / D-Amino Acid Oxidase, subunit A, domain 2 / D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 / Gyrase A; domain 2 / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / (6S)-5,6,7,8-TETRAHYDROFOLATE / Dimethylglycine oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Arthrobacter globiformis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2 Å
データ登録者Tralau, T. / Lafite, P. / Levy, C. / Combe, J.P. / Scrutton, N.S. / Leys, D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: An internal reaction chamber in dimethylglycine oxidase provides efficient protection from exposure to toxic formaldehyde.
著者: Tralau, T. / Lafite, P. / Levy, C. / Combe, J.P. / Scrutton, N.S. / Leys, D.
履歴
登録2009年3月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N,N-dimethylglycine oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,9974
ポリマ－89,7421
非ポリマー1,2553
水19,4561080
1
A: N,N-dimethylglycine oxidase
ヘテロ分子

A: N,N-dimethylglycine oxidase
ヘテロ分子

A: N,N-dimethylglycine oxidase
ヘテロ分子

A: N,N-dimethylglycine oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)363,99016
ポリマ－358,9694
非ポリマー5,02112
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area8490 Å2
ΔGint-29.5 kcal/mol
Surface area113920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.215, 224.548, 119.382
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number21
Space group name H-MC222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1296-

HOH

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要素

#1: タンパク質 N,N-dimethylglycine oxidase


分子量: 89742.125 Da / 分子数: 1 / 変異: D552A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arthrobacter globiformis (バクテリア)
遺伝子: dmg / プラスミド: pEH1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: Q9AGP8, dimethylglycine oxidase
#2: 化合物 ChemComp-THG / (6S)-5,6,7,8-TETRAHYDROFOLATE / (6S)-テトラヒドロ葉酸


分子量: 445.429 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H23N7O6
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1080 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.74 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 15% PEG MME 5000, 0.1M Hepes pH 7.5, 0.2M MgCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.072 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.072 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→39.809 Å / Num. obs: 62960 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

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解析

ソフトウェア
名称分類
DNAデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2→39.794 Å / SU ML: 0.25 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2015 3193 5.07 %
Rwork0.1502 --
obs0.1529 62960 96.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.433 Å2 / ksol: 0.362 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→39.794 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6270 0 86 1080 7436
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 23

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2-2.02990.22541210.168253795
2.0299-2.06160.25611220.166254195
2.0616-2.09540.21931360.1598253795
2.0954-2.13150.21981460.153247895
2.1315-2.17030.21921380.1493253795
2.1703-2.2120.21571440.1472252196
2.212-2.25720.22611520.1519251495
2.2572-2.30620.21971400.1465253595
2.3062-2.35990.20191440.1453253396
2.3599-2.41890.22661360.1433252195
2.4189-2.48430.19061220.1538256896
2.4843-2.55740.24541230.1544257296
2.5574-2.63990.23711580.1546255596
2.6399-2.73420.23421310.161258596
2.7342-2.84370.22151260.1659260197
2.8437-2.9730.22291350.1645261698
2.973-3.12970.21041260.1666264998
3.1297-3.32570.20611560.15782664100
3.3257-3.58240.16431560.13772689100
3.5824-3.94260.16041470.1272696100
3.9426-4.51240.1591470.11782722100
4.5124-5.68250.16281450.13492755100
5.6825-39.80170.19791420.1603284198

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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