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万見
- PDB-1x25: Crystal Structure of a Member of YjgF Family from Sulfolobus Toko... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1x25
タイトルCrystal Structure of a Member of YjgF Family from Sulfolobus Tokodaii (ST0811)
要素Hypothetical UPF0076 protein ST0811
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / YJGF-LIKE PROTEIN / ARCHAEA / ST0811
機能・相同性
機能・相同性情報


deaminase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
RidA, conserved site / Uncharacterized protein family UPF0076 signature. / RidA family / RutC-like / YjgF/YER057c/UK114 family / Endoribonuclease L-PSP / RutC-like superfamily / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RutC family protein STK_08110
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus tokodaii (古細菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Miyakawa, T. / Lee, W.C. / Hatano, K. / Kato, Y. / Sawano, Y. / Miyazono, K. / Nagata, K. / Tanokura, M.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of the YjgF/YER057c/UK114 family protein from the hyperthermophilic archaeon Sulfolobus tokodaii strain 7
著者: Miyakawa, T. / Lee, W.C. / Hatano, K. / Kato, Y. / Sawano, Y. / Miyazono, K. / Nagata, K. / Tanokura, M.
履歴
登録2005年4月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical UPF0076 protein ST0811
B: Hypothetical UPF0076 protein ST0811


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3112
ポリマ－28,3112
非ポリマー00
水3,783210
1
A: Hypothetical UPF0076 protein ST0811

A: Hypothetical UPF0076 protein ST0811

A: Hypothetical UPF0076 protein ST0811


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4663
ポリマ－42,4663
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area6040 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area15100 Å2
手法PISA, PQS
2
B: Hypothetical UPF0076 protein ST0811


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1551
ポリマ－14,1551
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Hypothetical UPF0076 protein ST0811

B: Hypothetical UPF0076 protein ST0811

B: Hypothetical UPF0076 protein ST0811


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4663
ポリマ－42,4663
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)54.980, 54.980, 221.557
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-168-

HOH

21B-221-

HOH

31B-222-

HOH

詳細The biological assembly is a trimer generated from a molecule in the asymmetric unit by the operations: -y, x-y, z and -x+y, -x, z.

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical UPF0076 protein ST0811 / YJGF-LIKE PROTEIN


分子量: 14155.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus tokodaii (古細菌) / 株: str. 7 / 遺伝子: ST0811 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: Q973T6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.3
詳細: PEG 10000, Bis-Tris, ammonium acetate, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS VII / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年9月1日
放射モノクロメーター: CONFOCAL MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→22.051 Å / Num. all: 16882 / Num. obs: 16882 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 5.1 / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 17.336 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.151 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / Num. unique all: 182 / Rsym value: 0.137 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.19精密化
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QD9

1qd9


解像度: 2→19.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 2.786 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.163 / ESU R Free: 0.141 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18799 852 5 %RANDOM
Rwork0.14578 ---
all0.14787 16877 --
obs0.14787 16877 99.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.27 Å20.14 Å20 Å2
2--0.27 Å20 Å2
3----0.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→19.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1979 0 0 210 2189
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0222017
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4881.9662729
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3435252
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.2316
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021490
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2150.2916
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1420.2164
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1770.2103
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.120.227
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0051.51273
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7922081
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0283744
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.9874.5648
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.193 62
Rwork0.118 1168
obs-1230

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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