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万見
- PDB-1x0c: Improved Crystal Structure of Isopullulanase from Aspergillus nig... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1x0c
タイトルImproved Crystal Structure of Isopullulanase from Aspergillus niger ATCC 9642
要素Isopullulanase
キーワードHYDROLASE / pullulan / Glycoside Hydrolase family 49 / glycoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


isopullulanase / isopullulanase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Dex49a from penicillium minioluteum complex, domain 1 / Dextranase, N-terminal / Glycoside hydrolase, family 49, C-terminal / Glycoside hydrolase, family 49, N-terminal domain / Dextranase, N-terminal / Isopullulanase beta-solenoid repeat / Dextranase, beta solenoid repeat / Glycosyl hydrolase family 49 / Glycosyl hydrolase family 49 N-terminal Ig-like domain / Isopullulanase beta-solenoid repeat ...Dex49a from penicillium minioluteum complex, domain 1 / Dextranase, N-terminal / Glycoside hydrolase, family 49, C-terminal / Glycoside hydrolase, family 49, N-terminal domain / Dextranase, N-terminal / Isopullulanase beta-solenoid repeat / Dextranase, beta solenoid repeat / Glycosyl hydrolase family 49 / Glycosyl hydrolase family 49 N-terminal Ig-like domain / Isopullulanase beta-solenoid repeat / Beta solenoid repeat from Dextranase / Single-stranded right-handed beta-helix, Pectin lyase-like / Pectate Lyase C-like / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor / 3 Solenoid / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Aspergillus niger (黒麹菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Mizuno, M. / Tonozuka, T. / Yamamura, A. / Miyasaka, Y. / Akeboshi, H. / Kamitori, S. / Nishikawa, A. / Sakano, Y.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Crystal Structure of Aspergillus niger Isopullulanase, a Member of Glycoside Hydrolase Family 49
著者: Mizuno, M. / Koide, A. / Yamamura, A. / Akeboshi, H. / Yoshida, H. / Kamitori, S. / Sakano, Y. / Nishikawa, A. / Tonozuka, T.
履歴
登録2005年3月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年1月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isopullulanase
B: Isopullulanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,16525
ポリマ－120,0772
非ポリマー5,08823
水22,9331273
1
A: Isopullulanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,47212
ポリマ－60,0391
非ポリマー2,43311
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Isopullulanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,69313
ポリマ－60,0391
非ポリマー2,65412
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)99.725, 136.158, 84.473
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Isopullulanase


分子量: 60038.719 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus niger (黒麹菌) / プラスミド: pHIL-S1 / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): GS 115 / 参照: UniProt: O00105, isopullulanase
#2: 糖...
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1273 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.9
詳細: PEG 8000, sodium acetate, pH 4.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 125747 / Num. obs: 125747 / % possible obs: 99.1 % / Biso Wilson estimate: 15.8 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→49.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 2600250.95 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.229 12531 10 %RANDOM
Rwork0.195 ---
obs0.195 125619 99 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 53.3088 Å2 / ksol: 0.349008 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 19.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.1 Å20 Å20 Å2
2--1.17 Å20 Å2
3---2.93 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.23 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.17 Å0.12 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→49.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8484 0 322 1273 10079
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.75
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 2067 9.9 %
Rwork0.247 18750 -
obs--99.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION2CARBOHYDRATE.PARAMCARBOHYDRATE.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.PARAM
X-RAY DIFFRACTION4WATER_REP.PARAMWATER_REP.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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