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- PDB-1wr8: Crystal structure of hypothetical protein PH1421 from Pyrococcus ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wr8
タイトルCrystal structure of hypothetical protein PH1421 from Pyrococcus horikoshii.
要素Phosphoglycolate phosphatase
キーワードHYDROLASE / alpha / beta core domain / had superfamily / structural genomics / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoglycolate phosphatase / phosphoglycolate phosphatase activity / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphoglycolate phosphatase / Hypothetical Protein Ta0175; Chain: A, domain 2 - #10 / Hypothetical Protein Ta0175; Chain: A, domain 2 / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily/HAD-like / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold ...Phosphoglycolate phosphatase / Hypothetical Protein Ta0175; Chain: A, domain 2 - #10 / Hypothetical Protein Ta0175; Chain: A, domain 2 / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily/HAD-like / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Phosphoglycolate phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Yamamoto, H. / Kunishima, N. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2008
タイトル: Structure of a haloacid dehalogenase superfamily phosphatase PH1421 from Pyrococcus horikoshii OT3: oligomeric state and thermoadaptation mechanism.
著者: Yamamoto, H. / Takio, K. / Sugahara, M. / Kunishima, N.
履歴
登録2004年10月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoglycolate phosphatase
B: Phosphoglycolate phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,3403
ポリマ－51,2812
非ポリマー591
水10,233568
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2660 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area18890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.795, 81.772, 86.949
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is a dimer in asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 Phosphoglycolate phosphatase / PGP / Haloacid dehalogenase-like hydrolase


分子量: 25640.629 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 株: OT3 / 遺伝子: PH1421 / プラスミド: pET 11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus (DE3)-RIL / 参照: UniProt: O50129, phosphoglycolate phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 568 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.2 %
結晶化温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 4.6
詳細: ammonium acetate, sodium acetate, PEG 4000, glycerol, potassium dihydrogen phosphate, pH 4.6, MICROBATCH, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 103 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1.0000, 1.590996, 1.591394, 1.594101
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS V / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年7月4日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21.5909961
31.5913941
41.5941011
反射解像度: 1.6→40 Å / Num. all: 60470 / Num. obs: 59382 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 19.403 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rsym value: 0.039 / Net I/σ(I): 19.1
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.296 / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / Rsym value: 0.27 / % possible all: 96.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.6→37 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2117 3003 -RANDOM
Rwork0.1973 ---
obs0.1973 59331 97.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 22.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.16 Å2-3.85 Å21.69 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.21 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.16 Å0.13 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3600 0 4 568 4172
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.78
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.012
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 481 -
Rwork0.234 --
obs-8895 93.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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