PDB-1wnx: D136E mutant of Heme Oxygenase from Corynebacterium diphtheriae (HmuO)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1wnx

タイトル

D136E mutant of Heme Oxygenase from Corynebacterium diphtheriae (HmuO)

要素

Heme oxygenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Heme / alpha-helix

機能・相同性

機能・相同性情報

heme oxygenase (biliverdin-producing) / heme oxidation / heme oxygenase (decyclizing) activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Unno, M. / Matsui, T. / Ikeda-Saito, M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Roles of Distal Asp in Heme Oxygenase from Corynebacterium diphtheriae, HmuO: A WATER-DRIVEN OXYGEN ACTIVATION MECHANISM
著者: Matsui, T. / Furukawa, M. / Unno, M. / Tomita, T. / Ikeda-Saito, M.

履歴

登録	2004年8月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2004年11月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2021年11月10日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1wnx.cif.gz	188.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1wnx.ent.gz	150.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1wnx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1wnx_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1wnx_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	1wnx_validation.xml.gz	21.9 KB	表示
CIF形式データ	1wnx_validation.cif.gz	32 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wn/1wnx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wn/1wnx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1wnvC 1wnwC 1iw0 1iw1 1v8x C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4gpc-1 4lps-2 3i8r-1 1v8x-2 2q8y-d 3moo-1 4gpc-2 4wx4-d 5tca-1 4lps-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Heme oxygenase

B: Heme oxygenase

ヘテロ分子

50.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Heme oxygenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Heme oxygenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	106.151, 63.722, 79.296
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 130.28, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Heme oxygenase 分子量: 24184.184 Da / 分子数: 2 / 変異: D136E / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌) プラスミド: pMW172 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P71119, heme oxygenase (biliverdin-producing)
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 367 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.84 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: MES, Sodium Iodide, Ammonium Sulfate, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 34677 / Num. obs: 34677 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 1.85→1.92 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.85→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU B: 2.965 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.135 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20081	3443	10 %	RANDOM
R_work	0.1502	-	-	-
all	0.15521	-	-	-
obs	0.15521	31087	99.91 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.628 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.92 Å²	0 Å²	-0.67 Å²
2-	-	-1.58 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3326	0	142	367	3835

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.021	3534
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	3112
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.888	2.037	4810
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.944	3	7188
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.055	5	415
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.114	0.2	498
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	3927
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.008	0.02	725
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	857
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.251	0.2	3643
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.089	0.2	1898
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.163	0.2	276
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.114	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.179	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.312	0.2	112
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.173	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.182	1.5	2066
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.008	2	3283
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.34	3	1468
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.293	4.5	1527

LS精密化シェル

解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.266	240
R_work	0.198	2269

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5366	-0.0086	0.1094	0.5218	0.3025	1.4101	-0.009	0.0065	-0.0045	-0.0132	-0.0175	0.0486	-0.0388	-0.0022	0.0265	0.0652	-0.0123	0.0571	0.111	0.0069	0.0648	-28.809	-0.052	2.187
2	1.2423	0.4553	0.6117	0.6183	0.4247	0.9466	-0.0359	0.0071	0.0713	-0.0213	0.0183	0.0175	-0.0537	-0.011	0.0177	0.0834	0.0115	0.0639	0.1081	0.004	0.0492	-52.408	15.432	32.949
3	12.9458	-4.5157	-3.5948	6.3462	2.9052	11.5701	0.0388	-0.8586	0.7394	-0.0519	0.0843	-0.2536	-0.1957	0.8608	-0.1231	0.0946	-0.0366	0.0526	0.1344	-0.0796	0.0857	-29.031	9.977	0.875
4	15.2126	7.0594	-2.3157	9.3718	11.6088	16.9481	0.0244	-0.6955	1.109	-0.559	0.158	0.1751	-1.276	0.6582	-0.1824	0.1215	-0.0041	0.0223	0.0567	-0.0533	0.1818	-53.634	25.243	32.407

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	7 - 212	7 - 212
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	7 - 212	7 - 212
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	O	901	1
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	P	902	1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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