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- PDB-1wnv: D136A mutant of Heme Oxygenase from Corynebacterium diphtheriae (HmuO) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wnv
タイトルD136A mutant of Heme Oxygenase from Corynebacterium diphtheriae (HmuO)
要素Heme oxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Heme / alpha-helix
機能・相同性
機能・相同性情報


heme oxygenase (biliverdin-producing) / heme oxidation / heme oxygenase (decyclizing) activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Haem oxygenase conserved site / Heme oxygenase signature. / Haem oxygenase / Haem oxygenase-like / Heme oxygenase / Heme oxygenase-like / Heme Oxygenase; Chain A / Haem oxygenase-like, multi-helical / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Heme oxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Matsui, T. / Unno, M. / Ikeda-Saito, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Roles of Distal Asp in Heme Oxygenase from Corynebacterium diphtheriae, HmuO: A WATER-DRIVEN OXYGEN ACTIVATION MECHANISM
著者: Matsui, T. / Furukawa, M. / Unno, M. / Tomita, T. / Ikeda-Saito, M.
履歴
登録2004年8月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heme oxygenase
B: Heme oxygenase
C: Heme oxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,70811
ポリマ－72,3783
非ポリマー2,3308
水5,549308
1
A: Heme oxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8393
ポリマ－24,1261
非ポリマー7132
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Heme oxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9354
ポリマ－24,1261
非ポリマー8093
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Heme oxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9354
ポリマ－24,1261
非ポリマー8093
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
B: Heme oxygenase
ヘテロ分子

C: Heme oxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,8708
ポリマ－48,2522
非ポリマー1,6176
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y+1/2,-z+11
Buried area4460 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area18770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.129, 62.781, 107.993
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Heme oxygenase


分子量: 24126.148 Da / 分子数: 3 / 変異: D136A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium diphtheriae (ジフテリア菌)
プラスミド: pMW172 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: UniProt: P71119, heme oxygenase (biliverdin-producing)
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 308 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: MES, Ammonium sulfate, sodium iodide, dioxane, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月7日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 59737 / Num. obs: 59737 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 2.69 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20428 6049 10.1 %RANDOM
Rwork0.16363 ---
all0.16776 53640 --
obs0.16776 53640 98.12 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.173 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.43 Å20 Å20.47 Å2
2--0.62 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4964 0 154 308 5426
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0215230
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.024660
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7772.0297109
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.988310759
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3765621
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.2741
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.025862
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.020.021086
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2240.21236
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2470.25331
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.22841
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1520.2238
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0820.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1360.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2430.290
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.160.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2031.53089
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.15524901
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.52632141
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.7054.52208
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.263 413
Rwork0.197 3827
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.21430.73311.17782.1710.29531.70120.1557-0.0280.0075-0.0111-0.0884-0.02330.03260.0237-0.06730.20370.0277-0.02210.1394-0.03390.127623.8930.569-0.193
21.22440.4529-0.07760.57260.02830.4832-0.03840.1064-0.027-0.06790.0554-0.0221-0.0508-0.0486-0.01690.1874-0.0009-0.00530.22860.01720.14667.8216.44727.329
30.789-0.1478-0.02060.169-0.47850.599-0.0889-0.1122-0.03910.0629-0.0406-0.0466-0.04110.02860.12940.18420.0059-0.00110.22540.0360.175428.976.28251.859
436.18924.755716.14671.60242.7038-6.1922-0.5080.7267-2.52130.00431.2826-1.08420.91630.482-0.77460.25410.0207-0.07280.2069-0.16960.195524.646-9.1970.775
59.81359.39561.610311.1573-0.56623.4936-0.20410.23510.0713-0.92810.0907-0.2357-0.5132-0.16280.11350.1091-0.04520.03540.15360.05390.04635.69319.07817.96
64.968-5.3547-9.0428.6306-4.320911.428-0.1483-0.1404-0.45360.45530.04630.3928-0.22170.19820.1020.0838-0.08140.03420.14020.00940.064531.0791.5860.299
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA7 - 2137 - 213
2X-RAY DIFFRACTION2BB306 - 5156 - 215
3X-RAY DIFFRACTION3CC607 - 8137 - 213
4X-RAY DIFFRACTION4AI9011
5X-RAY DIFFRACTION5BJ9021
6X-RAY DIFFRACTION6CK9031

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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