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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1wm5 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the N-terminal TPR domain (1-203) of p67phox | ||||||
![]() | Neutrophil cytosol factor 2 | ||||||
![]() | Hormone/Growth Factor / Tetratricopeptide repeats / Hormone-Growth Factor COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() superoxide-generating NADPH oxidase activator activity / phagolysosome / superoxide-generating NAD(P)H oxidase activity / Cross-presentation of particulate exogenous antigens (phagosomes) / NADPH oxidase complex / respiratory burst / ROS and RNS production in phagocytes / superoxide anion generation / superoxide metabolic process / Detoxification of Reactive Oxygen Species ...superoxide-generating NADPH oxidase activator activity / phagolysosome / superoxide-generating NAD(P)H oxidase activity / Cross-presentation of particulate exogenous antigens (phagosomes) / NADPH oxidase complex / respiratory burst / ROS and RNS production in phagocytes / superoxide anion generation / superoxide metabolic process / Detoxification of Reactive Oxygen Species / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / cellular defense response / phagocytosis / RAC1 GTPase cycle / acrosomal vesicle / small GTPase binding / VEGFA-VEGFR2 Pathway / electron transfer activity / innate immune response / membrane / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Inagaki, F. / Suzuki, N.N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the N-terminal TPR domain (1-203) of p67phox 著者: Inagaki, F. / Suzuki, N.N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 58.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 41.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1e96S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23893.926 Da / 分子数: 1 / 断片: TPR domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.85 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9 詳細: ammonium sulfate, HEPES, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→41.9 Å / Num. all: 17115 / Num. obs: 17115 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 25.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 8 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2.06 Å / Rmerge(I) obs: 0.189 / % possible all: 60.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1E96 解像度: 1.95→30.42 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1328861.14 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 60.614 Å2 / ksol: 0.401592 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→30.42 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.95→2.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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