PDB-1wko: Terminal flower 1 (tfl1) from arabidopsis thaliana

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1wko

タイトル

Terminal flower 1 (tfl1) from arabidopsis thaliana

要素

TERMINAL FLOWER 1 protein

キーワード

SIGNALING PROTEIN / cis-peptide / pebp

機能・相同性

機能・相同性情報

meristem determinacy / negative regulation of flower development / flower development / response to sucrose / protein targeting to vacuole / vacuole / transcription coregulator activity / vesicle / cell differentiation / nucleus ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Miller, D. / Banfield, M.J. / Winter, V.J. / Brady, R.L.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2006
タイトル: A divergent external loop confers antagonistic activity on floral regulators FT and TFL1.
著者: Ahn, J.H. / Miller, D. / Winter, V.J. / Banfield, M.J. / Lee, J.H. / Yoo, S.Y. / Henz, S.R. / Brady, R.L. / Weigel, D.

履歴

登録	2004年6月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年6月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年10月25日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1wko.cif.gz	89.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1wko.ent.gz	67.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1wko.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1wko_validation.pdf.gz	427.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1wko_full_validation.pdf.gz	428.2 KB	表示
XML形式データ	1wko_validation.xml.gz	18.3 KB	表示
CIF形式データ	1wko_validation.cif.gz	27.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wk/1wko ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wk/1wko	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1wkpC 1qouS 1a44 1bd9 1beh 1fjj 1fux 1kn3 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1wkp-1 1wkp-4 3qgj-1 1xzo-1 4x8p-d 4a87-d 5rvr-d 6dn8-3 6gll-1 7cw1-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: TERMINAL FLOWER 1 protein

B: TERMINAL FLOWER 1 protein

40.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: TERMINAL FLOWER 1 protein

登録者が定義した集合体
20.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: TERMINAL FLOWER 1 protein

登録者が定義した集合体
20.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.347, 109.347, 64.697
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	150
Space group name H-M	P321

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-354- HOH
2	1	B-355- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	VAL	VAL	GLY	GLY	6	A	A	8 - 15	11 - 18
2	1	1	VAL	VAL	GLY	GLY	6	B	B	8 - 15	11 - 18
3	2	1	PHE	PHE	LEU	LEU	6	A	A	146 - 159	149 - 162
4	2	1	PHE	PHE	LEU	LEU	6	B	B	146 - 159	149 - 162
5	3	1	LYS	LYS	ILE	ILE	6	A	A	54 - 59	57 - 62
6	3	1	LYS	LYS	ILE	ILE	6	B	B	54 - 59	57 - 62
7	4	1	ALA	ALA	GLU	GLU	6	A	A	168 - 171	171 - 174
8	4	1	ALA	ALA	GLU	GLU	6	B	B	168 - 171	171 - 174
9	5	1	LEU	LEU	ASN	ASN	5	A	A	85 - 95	88 - 98
10	5	1	LEU	LEU	ASN	ASN	5	B	B	85 - 95	88 - 98
11	6	1	ASP	ASP	PHE	PHE	4	A	A	82 - 84	85 - 87
12	6	1	ASP	ASP	PHE	PHE	4	B	B	82 - 84	85 - 87
13	7	1	ILE	ILE	ILE	ILE	6	A	A	96 - 120	99 - 123
14	7	1	ILE	ILE	ILE	ILE	6	B	B	96 - 120	99 - 123
15	8	1	HIS	HIS	PHE	PHE	1	A	A	121 - 128	124 - 131
16	8	1	HIS	HIS	PHE	PHE	1	B	B	121 - 128	124 - 131
17	9	1	PRO	PRO	ASN	ASN	5	A	A	160 - 167	163 - 170
18	9	1	PRO	PRO	ASN	ASN	5	B	B	160 - 167	163 - 170
19	10	1	ASP	ASP	PRO	PRO	5	A	A	76 - 80	79 - 83
20	10	1	ASP	ASP	PRO	PRO	5	B	B	76 - 80	79 - 83
21	11	1	PHE	PHE	LEU	LEU	4	A	A	68 - 70	71 - 73
22	11	1	PHE	PHE	LEU	LEU	4	B	B	68 - 70	71 - 73
23	12	1	THR	THR	VAL	VAL	4	A	A	29 - 40	32 - 43
24	12	1	THR	THR	VAL	VAL	4	B	B	29 - 40	32 - 43
25	13	1	VAL	VAL	PHE	PHE	4	A	A	17 - 24	20 - 27
26	13	1	VAL	VAL	PHE	PHE	4	B	B	17 - 24	20 - 27
27	14	1	MET	MET	PRO	PRO	4	A	A	72 - 75	75 - 78
28	14	1	MET	MET	PRO	PRO	4	B	B	72 - 75	75 - 78
1	1	2	PHE	PHE	SER	SER	5	A	A	47 - 49	50 - 52
2	1	2	PHE	PHE	SER	SER	5	B	B	47 - 49	50 - 52
1	1	3	ILE	ILE	ILE	ILE	6	A	A	136 - 140	139 - 143
2	1	3	ILE	ILE	ILE	ILE	6	B	B	136 - 140	139 - 143
1	1	4	SER	SER	GLY	GLY	6	A	A	41 - 43	44 - 46
2	1	4	SER	SER	GLY	GLY	6	B	B	41 - 43	44 - 46
1	1	5	PHE	PHE	THR	THR	1	A	A	25 - 28	28 - 31
2	1	5	PHE	PHE	THR	THR	1	B	B	25 - 28	28 - 31

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5

詳細

monomer is the biological unit

#1: タンパク質	TERMINAL FLOWER 1 protein 分子量: 20469.510 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: TFL1 / プラスミド: pet-28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): bl21 (de3) / 参照: UniProt: P93003
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 399 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

TERMINAL FLOWER 1 protein

分子量: 20469.510 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: TFL1 / プラスミド: pet-28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): bl21 (de3) / 参照: UniProt: P93003

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 399 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.9 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.3M (NH4)2SO4, 22% w/v PEG 5000 MME, 0.1M cacodylate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.1 / 波長: 1.488 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年1月12日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.488 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 41659 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 20.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 1qou

1qou

解像度: 1.8→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20672	2074	5 %	RANDOM
R_work	0.1844	-	-	-
obs	0.1855	39517	99.99 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.238 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.31 Å²	0.16 Å²	0 Å²
2-	-	0.31 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2649	0	0	399	3048

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	2763
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.539	1.943	3747
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.351	5	328
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.111	0.2	409
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2122
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.195	0.2	1204
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.167	0.2	292
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.224	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.236	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.834	1.5	1657
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.365	2	2733
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.935	3	1106
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.074	4.5	1014

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	76	tight positional	0.36	0.05
5	32	tight positional	0.06	0.05
1	334	medium positional	0.17	0.5
2	12	medium positional	0.05	0.5
1	529	loose positional	0.36	5
2	12	loose positional	0.27	5
3	42	loose positional	0.34	5
4	18	loose positional	0.12	5
1	76	tight thermal	0.24	0.5
5	32	tight thermal	0.35	0.5
1	334	medium thermal	0.74	2
2	12	medium thermal	3.27	2
1	529	loose thermal	1.49	10
2	12	loose thermal	3.08	10
3	42	loose thermal	3.4	10
4	18	loose thermal	0.33	10

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.258	147
R_work	0.197	2896

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9572	-0.048	-0.4116	1.5795	0.7786	3.9186	-0.0168	0.0809	-0.026	-0.0823	0.0016	0.0621	0.2644	-0.3664	0.0153	0.0725	-0.0451	-0.0248	0.0437	-0.004	0.0562	-21.3313	82.4021	19.6178
2	1.308	0.5926	-0.0546	3.8851	0.8505	1.5551	0.0165	-0.0892	0.1091	0.2991	-0.103	0.6196	0.0742	-0.1898	0.0865	0.0437	-0.0343	0.0452	0.065	-0.0094	0.0952	-18.8598	59.8062	-14.4779

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	8 - 171	11 - 174
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	8 - 171	11 - 174

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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