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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1wkk | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Nucleoside Diphosphate Kinase from Thermus thermophilus HB8 in Complex with GDP | ||||||
要素 | nucleoside diphosphate kinase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / nucleoside diphosphate kinase / complex with GDP / Thermus themophilus HB8 / kinase / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nucleoside-diphosphate kinase / CTP biosynthetic process / UTP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / phosphorylation / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Takeishi, S. / Nakagawa, N. / Masui, R. / Kuramitsu, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal Structure of Nucleoside Diphosphate Kinase from Thermus thermophilus HB8 著者: Takeishi, S. / Nakagawa, N. / Masui, R. / Kuramitsu, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1wkk.cif.gz | 66.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1wkk.ent.gz | 49.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1wkk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1wkk_validation.pdf.gz | 455.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1wkk_full_validation.pdf.gz | 459.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1wkk_validation.xml.gz | 7.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1wkk_validation.cif.gz | 11.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wk/1wkk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wk/1wkk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a hexamer generated from the dimer in the asymmetric unit by the operations: -y+1, x-y+1, z and -x+y, -x+1, z. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15366.903 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) 遺伝子: ndk / プラスミド: pET11a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5SLV5, nucleoside-diphosphate kinase #2: 化合物 | ChemComp-GDP / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 67 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4 詳細: 13% PEG4000, 0.09M Ammonium Acetate, 15% Glycerol, 0.1M Sodium Citrate, 0.001M GTP, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2003年12月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 161023 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.1 % / Biso Wilson estimate: 53 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 40.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.251 / Mean I/σ(I) obs: 16.2 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1WKJ 解像度: 2.7→50 Å / Isotropic thermal model: Restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 37.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→50 Å
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拘束条件 |
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