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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1wht | |||||||||
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タイトル | STRUCTURE OF THE COMPLEX OF L-BENZYLSUCCINATE WITH WHEAT SERINE CARBOXYPEPTIDASE II AT 2.0 ANGSTROMS RESOLUTION | |||||||||
![]() | (SERINE CARBOXYPEPTIDASE ...) x 2 | |||||||||
![]() | SERINE CARBOXYPEPTIDASE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() | |||||||||
![]() | Bullock, T.L. / Remington, S.J. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the complex of L-benzylsuccinate with wheat serine carboxypeptidase II at 2.0-A resolution. 著者: Bullock, T.L. / Branchaud, B. / Remington, S.J. #1: ![]() タイトル: Structure of Wheat Serine Carboxypeptidase II at 3.5 Angstroms Resolution 著者: Liao, D.-I. / Remington, S.J. #2: ![]() タイトル: Crystallization of Serine Carboxypeptidases 著者: Wilson, K.P. / Liao, D.-I. / Bullock, T. / Remington, S.J. / Breddam, K. #3: ![]() タイトル: Primary Structure and Enzymatic Properties of Carboxypeptidase II from Wheat Bran 著者: Breddam, K. / Sorensen, S.B. / Svendsen, I. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 102.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 80.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 576.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 594.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO A 43 / 2: CIS PROLINE - PRO A 54 / 3: CIS PROLINE - PRO A 96 |
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要素
-SERINE CARBOXYPEPTIDASE ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 28492.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 17320.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
-糖 , 3種, 3分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#3: 多糖 | alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy- ...alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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#4: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#5: 糖 | ChemComp-NAG / |
-非ポリマー , 2種, 431分子 ![](data/chem/img/BZS.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#6: 化合物 | ChemComp-BZS / |
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#7: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.3 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
反射 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / Num. obs: 57926 / % possible obs: 87 % / Num. measured all: 185798 / Rmerge(I) obs: 0.077 |
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解析
ソフトウェア | 名称: TNT / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | Rfactor obs: 0.176 / 最高解像度: 2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Rfactor obs: 0.176 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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