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- PDB-1wav: CRYSTAL STRUCTURE OF FORM B MONOCLINIC CRYSTAL OF INSULIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wav
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF FORM B MONOCLINIC CRYSTAL OF INSULIN
要素(INSULIN) x 2
キーワードHORMONE / INSULIN / PHENOL
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of lipoprotein lipase activity / Insulin processing / IRS activation / Signal attenuation / Insulin receptor signalling cascade / Signaling by Insulin receptor / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Insulin receptor recycling / glycoprotein biosynthetic process ...positive regulation of lipoprotein lipase activity / Insulin processing / IRS activation / Signal attenuation / Insulin receptor signalling cascade / Signaling by Insulin receptor / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Insulin receptor recycling / glycoprotein biosynthetic process / response to L-arginine / lactate biosynthetic process / positive regulation of glucose metabolic process / positive regulation of fatty acid biosynthetic process / lipoprotein biosynthetic process / COPI-mediated anterograde transport / negative regulation of glycogen catabolic process / positive regulation of nitric oxide mediated signal transduction / negative regulation of feeding behavior / negative regulation of fatty acid metabolic process / lipid biosynthetic process / positive regulation of respiratory burst / negative regulation of acute inflammatory response / alpha-beta T cell activation / positive regulation of dendritic spine maintenance / negative regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / negative regulation of protein secretion / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / negative regulation of gluconeogenesis / positive regulation of glycogen biosynthetic process / fatty acid homeostasis / negative regulation of lipid catabolic process / regulation of protein localization to plasma membrane / nitric oxide-cGMP-mediated signaling / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / insulin-like growth factor receptor binding / neuron projection maintenance / positive regulation of mitotic nuclear division / positive regulation of glycolytic process / positive regulation of cytokine production / positive regulation of DNA replication / acute-phase response / positive regulation of protein secretion / positive regulation of D-glucose import / insulin receptor binding / wound healing / hormone activity / negative regulation of protein catabolic process / positive regulation of protein localization to nucleus / vasodilation / glucose metabolic process / insulin receptor signaling pathway / glucose homeostasis / protease binding / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of cell migration / G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of gene expression / positive regulation of cell population proliferation / extracellular space / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Insulin / Insulin family / Insulin-like / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. / Insulin, conserved site / Insulin family signature. / Insulin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Liang, D.-C. / Ding, J.-H. / Chang, W.-R. / Wan, Z.-L.
引用
ジャーナル: Sci.China, Ser.C: Life Sci. / 年: 1996
タイトル: Molecular replacement study on form-B monoclinic crystal of insulin.
著者: Ding, J. / Wan, Z. / Chang, W. / Liang, D.
#1: ジャーナル: Sci.China,Ser.B / 年: 1994
タイトル: Phase Relationship in Phenol-Insulin Crystal Growth System
著者: Liang, D.-C. / Song, L.-Z. / Wan, Z.-L. / Chang, W.-R.
#2: ジャーナル: Chin.Sci.Bull. / 年: 1993
タイトル: Preliminary Crystallographic Studies on a New Monoclinic Crystal Form of Phenol-Insulin
著者: Song, L.-Z. / Wan, Z.-L. / Chang, W.-R. / Liang, D.-C.
#3: ジャーナル: Sci.China,Ser.B / 年: 1989
タイトル: Crystal Structure Determination of 4-Zinc Bovine Insulin at 1.9 A Resolution
著者: Li, M. / Wang, D.C. / Liang, D.C.
履歴
登録1996年2月28日処理サイト: BNL
改定 1.01997年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: INSULIN
B: INSULIN
C: INSULIN
D: INSULIN
E: INSULIN
F: INSULIN
G: INSULIN
H: INSULIN
I: INSULIN
J: INSULIN
K: INSULIN
L: INSULIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,42120
ポリマ－34,72612
非ポリマー6958
水2,018112
1
A: INSULIN
B: INSULIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,9474
ポリマ－5,7882
非ポリマー1602
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1330 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area4200 Å2
手法PISA
2
C: INSULIN
D: INSULIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,9474
ポリマ－5,7882
非ポリマー1602
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1300 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area4140 Å2
手法PISA
3
E: INSULIN
F: INSULIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,8823
ポリマ－5,7882
非ポリマー941
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1200 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area4120 Å2
手法PISA
4
G: INSULIN
H: INSULIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,9764
ポリマ－5,7882
非ポリマー1882
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1230 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area4250 Å2
手法PISA
5
I: INSULIN
J: INSULIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,8823
ポリマ－5,7882
非ポリマー941
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1210 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area4170 Å2
手法PISA
6
K: INSULIN
L: INSULIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,7882
ポリマ－5,7882
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1080 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area4410 Å2
手法PISA
7


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19320 Å2
ΔGint-206 kcal/mol
Surface area13510 Å2
手法PISA
8
A: INSULIN
B: INSULIN
E: INSULIN
F: INSULIN
I: INSULIN
J: INSULIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,71110
ポリマ－17,3636
非ポリマー3484
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5740 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area10580 Å2
手法PISA
9
C: INSULIN
D: INSULIN
G: INSULIN
H: INSULIN
K: INSULIN
L: INSULIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,71110
ポリマ－17,3636
非ポリマー3484
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5520 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area11000 Å2
手法PISA
10
A: INSULIN
B: INSULIN
C: INSULIN
D: INSULIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,8948
ポリマ－11,5754
非ポリマー3194
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4030 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area6950 Å2
手法PISA
11
E: INSULIN
F: INSULIN
G: INSULIN
H: INSULIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,8587
ポリマ－11,5754
非ポリマー2823
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4150 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area6650 Å2
手法PISA
12
I: INSULIN
J: INSULIN
K: INSULIN
L: INSULIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6695
ポリマ－11,5754
非ポリマー941
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3940 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area6930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.240, 60.940, 48.180
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.80, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.042378, 0.894002, -0.446055), (0.282521, 0.438957, 0.852935), (0.958325, -0.089875, -0.271176)16.6293, -14.77004, 7.59824
2given(-0.111306, 0.210137, 0.971315), (0.870401, 0.492297, -0.006763), (-0.479597, 0.844681, -0.237699)-2.48977, -9.23689, 19.9711
3given(-0.073613, 0.910422, -0.40708), (0.076187, 0.412128, 0.907935), (0.994372, 0.035821, -0.0997)15.6551, -15.77083, 4.70136
4given(-0.103506, 0.446346, 0.888854), (0.959385, 0.280588, -0.029181), (-0.262427, 0.849732, -0.45726)-1.16102, -7.9521, 23.93507
5given(-0.091159, 0.804272, -0.587228), (0.328155, 0.581008, 0.744811), (0.940215, -0.124806, -0.31689)21.85742, -12.0536, 7.97467
6given(-0.098254, 0.513685, 0.852334), (0.905666, 0.401129, -0.13735), (-0.412451, 0.758435, -0.50464)-0.01082, -6.10795, 26.95847
7given(-0.22724, 0.933342, -0.277911), (0.425039, 0.351817, 0.834006), (0.876187, 0.071397, -0.476654)13.37659, -13.8331, 11.09769
8given(0.157726, 0.227914, 0.960821), (0.860769, 0.445112, -0.246886), (-0.483941, 0.865986, -0.125976)-2.60638, -4.0892, 17.17687

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド
INSULIN


分子量: 2383.698 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 組織: PANCREAS / 参照: UniProt: P01315
#2: タンパク質・ペプチド
INSULIN


分子量: 3403.927 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 組織: PANCREAS / 参照: UniProt: P01315
#3: 化合物
ChemComp-IPH / PHENOL / フェノ-ル


分子量: 94.111 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H6O
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1
検出器検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年5月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→10 Å / Num. obs: 11200 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.0625

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
WEISデータ収集
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
WEISデータ削減
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 2.5→10 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.206 --
obs0.206 11285 92 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2418 0 8 119 2545
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.858
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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