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- PDB-1wa8: Solution Structure of the CFP-10.ESAT-6 Complex. Major Virulence ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wa8
タイトルSolution Structure of the CFP-10.ESAT-6 Complex. Major Virulence Determinants of Pathogenic Mycobacteria
要素
  • 6 KDA EARLY SECRETORY ANTIGENIC TARGET (ESAT-6)
  • ESAT-6 LIKE PROTEIN ESXB
キーワードTUBERCULOSIS / CFP-10 / ESAT-6 / HELIX-TURN-HELIX / FOUR HELIX BUNDLE / MYCOBACTERIA / PATHOGENESIS / SOLUTION STRUCTURE / PSI / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / TB STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / TBSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host T-cell mediated immune response / symbiont-mediated perturbation of host signal transduction pathway / protein secretion by the type VII secretion system / Manipulation of host energy metabolism / : / host cell surface binding / host cell endoplasmic reticulum / host cell membrane / membrane => GO:0016020 / peptidoglycan-based cell wall ...symbiont-mediated suppression of host T-cell mediated immune response / symbiont-mediated perturbation of host signal transduction pathway / protein secretion by the type VII secretion system / Manipulation of host energy metabolism / : / host cell surface binding / host cell endoplasmic reticulum / host cell membrane / membrane => GO:0016020 / peptidoglycan-based cell wall / Modulation by Mtb of host immune system / host cell surface / host cell plasma membrane / protein homodimerization activity / extracellular region / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ESAT-6-like superfamily / Type VII secretion system ESAT-6-like / Proteins of 100 residues with WXG / ESAT-6-like / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ESAT-6-like protein EsxB / ESAT-6-like protein EsxB / 6 kDa early secretory antigenic target / 6 kDa early secretory antigenic target
類似検索 - 構成要素
生物種MYCOBACTERIUM BOVIS (結核菌)
MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
手法溶液NMR / CANDID
データ登録者Renshaw, P.S. / Lightbody, K.L. / Veverka, V. / Muskett, F.W. / Kelly, G. / Frenkiel, T.A. / Gordon, S.V. / Hewinson, R.G. / Burke, B. / Norman, J. ...Renshaw, P.S. / Lightbody, K.L. / Veverka, V. / Muskett, F.W. / Kelly, G. / Frenkiel, T.A. / Gordon, S.V. / Hewinson, R.G. / Burke, B. / Norman, J. / Williamson, R.A. / Carr, M.D. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2005
タイトル: Structure and Function of the Complex Formed by the Tuberculosis Virulence Factors Cfp-10 and Esat-6
著者: Renshaw, P.S. / Lightbody, K.L. / Veverka, V. / Muskett, F.W. / Kelly, G. / Frenkiel, T.A. / Gordon, S.V. / Hewinson, R.G. / Burke, B. / Norman, J. / Williamson, R.A. / Carr, M.D.
履歴
登録2004年10月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / Item: _pdbx_database_related.db_name
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_spectrometer.model
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ESAT-6 LIKE PROTEIN ESXB
B: 6 KDA EARLY SECRETORY ANTIGENIC TARGET (ESAT-6)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5802
ポリマ－20,5802
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)28 / 100LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデルモデル #9

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要素

#1: タンパク質 ESAT-6 LIKE PROTEIN ESXB / 10 KDA CULTURE FILTRATE ANTIGEN CFP10 / SECRETED ANTIGENIC PROTEIN MTSA-10


分子量: 10671.546 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-99 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PRODUCED MINUS THE N-TERMINAL MET / 由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM BOVIS (結核菌) / 株: AN5 / プラスミド: PET21A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O69739, UniProt: P0A567*PLUS
#2: タンパク質 6 KDA EARLY SECRETORY ANTIGENIC TARGET (ESAT-6) / ESAT-6


分子量: 9908.800 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-95 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
株: H37RV / プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q57165, UniProt: P9WNK7*PLUS
配列の詳細THE SEQUENCE OF CFP-10 IN THE UNIPROT SEQUENCE DATABASE IS 99 AMINO ACIDS LONG, BUT THE SEQUENCE ...THE SEQUENCE OF CFP-10 IN THE UNIPROT SEQUENCE DATABASE IS 99 AMINO ACIDS LONG, BUT THE SEQUENCE PRESENTED IN THE TUBERCULIST DATABASE AT HTTP://WWW.GENOLIST.PASTEUR.FR/TUBERCULIST/ AND DESCRIBED BY BERHET ET AL., MICROBIOLOGY, VOLUME 144, 3195 (1998) IS 100 AMINO ACIDS LONG WITH A N-TERMINAL METHIONINE. THE SEQUENCE OF EAST-6 IN THE UNIPROT SEQUENCE DATABASE IS 94 AMINO ACIDS LONG. HOWEVER, THE DEFINING PAPER BY SORENSON ET AL., INFECTION AND IMMUNITY, VOLUME 63, 1710(1995) HAS A FULL LENGTH PROTEIN OF 95 AMINO ACIDS INCLUDING AN N-TERMINAL METHIONINE.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121TOCSY
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON 13C, 15N-LABELED CFP-10 AND ESAT-6.

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試料調製

詳細内容: 90% WATER/10% D2O
試料状態イオン強度: 100 mM / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 308.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA8001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6002

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解析

NMR software
名称開発者分類
CYANAGUNTERT,MUMENTHALER,WUTHRICH精密化
XEASY構造決定
精密化手法: CANDID / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 28

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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