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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1w2h | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure Of Mycobacterium Tuberculosis Thymidylate Kinase Complexed With Azidothymidine Monophosphate (AZT-MP) (2.0 A Resolution) | |||||||||
![]() | THYMIDYLATE KINASE TMK | |||||||||
![]() | TRANSFERASE / MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS / THYMIDYLATE KINASE / AZT / INHIBITION MECHANISM | |||||||||
機能・相同性 | ![]() TMP metabolic process / dUDP biosynthetic process / dTMP kinase / thymidylate kinase activity / dTDP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / phosphorylation / GTP binding / magnesium ion binding / protein homodimerization activity ...TMP metabolic process / dUDP biosynthetic process / dTMP kinase / thymidylate kinase activity / dTDP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / phosphorylation / GTP binding / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Fioravanti, E. / Adam, V. / Munier-Lehmann, H. / Bourgeois, D. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: The crystal structure of Mycobacterium tuberculosis thymidylate kinase in complex with 3'-azidodeoxythymidine monophosphate suggests a mechanism for competitive inhibition. 著者: Fioravanti, E. / Adam, V. / Munier-Lehmann, H. / Bourgeois, D. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 91.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 69.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22662.525 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: PET22B / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.51 % |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年5月12日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→42.26 Å / Num. obs: 30873 / % possible obs: 92.2 % / Observed criterion σ(I): 1.7 / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 4.6 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.11 Å / Rmerge(I) obs: 0.42 / % possible all: 92.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1N5K 解像度: 2→50 Å / Data cutoff high absF: 10000 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: DISORDERED REGIONS WERE CUT FROM THE MODEL AND SOME RESIDUES WERE MODELED IN ALTERNATE CONFORMATIONS
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原子変位パラメータ |
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
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拘束条件 |
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