PDB-1w2f: Human Inositol (1,4,5)-trisphosphate 3-kinase substituted with se...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1w2f

タイトル

Human Inositol (1,4,5)-trisphosphate 3-kinase substituted with selenomethionine

要素

INOSITOL-TRISPHOSPHATE 3-KINASE A

キーワード

TRANSFERASE / INOSITOL PHOSPHATE KINASE / CALMODULIN-BINDING

機能・相同性

機能・相同性情報

inositol-trisphosphate 3-kinase / inositol-1,4,5-trisphosphate 3-kinase activity / inositol hexakisphosphate kinase activity / inositol phosphate biosynthetic process / modification of postsynaptic actin cytoskeleton / inositol metabolic process / positive regulation of dendritic spine morphogenesis / postsynaptic actin cytoskeleton / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / dendritic spine maintenance ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Gonzalez, B. / Schell, M.J. / Irvine, R.F. / Williams, R.L.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2004
タイトル: Structure of a Human Inositol 1,4,5-Trisphosphate 3-Kinase; Substrate Binding Reveals Why It is not a Phosphoinositide 3-Kinase
著者: Gonzalez, B. / Schell, M.J. / Letcher, A.J. / Veprintsev, D.B. / Irvine, R.F. / Williams, R.L.

履歴

登録	2004年7月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2004年9月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1w2f.cif.gz	127.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1w2f.ent.gz	100.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1w2f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1w2f_validation.pdf.gz	453.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1w2f_full_validation.pdf.gz	490.6 KB	表示
XML形式データ	1w2f_validation.xml.gz	29.9 KB	表示
CIF形式データ	1w2f_validation.cif.gz	39.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w2/1w2f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w2/1w2f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1w2cC 1w2dC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ryk-d 6uqx-2 3otx-1 7cyk-2 2iew-1 6uqw-2 6r7u-1 4pib-1 6r7v-d 6idw-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: INOSITOL-TRISPHOSPHATE 3-KINASE A

B: INOSITOL-TRISPHOSPHATE 3-KINASE A

ヘテロ分子

64.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: INOSITOL-TRISPHOSPHATE 3-KINASE A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: INOSITOL-TRISPHOSPHATE 3-KINASE A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.304, 95.798, 180.352
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-2063- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.2322, 0.5509, 0.8016), (0.5509, -0.6048, 0.5752), (0.8016, 0.5752, -0.163)
ベクター: -59.4911, 13.1535, 47.9401)

#1: タンパク質	INOSITOL-TRISPHOSPHATE 3-KINASE A / INOSITOL 1 / 4 / 5-TRISPHOSPHATE 3-KINASE / IP3-3K 分子量: 31876.359 Da / 分子数: 2 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 186-461 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: P23677, EC: 2.1.7.127
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.5 %
結晶化	pH: 8 / 詳細: 0.9 M NA CITRATE, 0.1 M NACL, 0.1 M TRIS PH 8.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9795
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月15日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→57.74 Å / Num. obs: 53000 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.15 % / B_iso Wilson estimate: 28 Å² / R_merge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 4.892
反射シェル	解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 5.87 % / R_merge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 2.35 / % possible all: 84.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法: OTHER / 解像度: 1.8→45.17 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 2.934 / SU ML: 0.092 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.141 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.241	2576	5 %	RANDOM
R_work	0.203	-	-	-
obs	0.204	48647	91.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.11 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.86 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.47 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→45.17 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4405	0	20	265	4690

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.021	0.021	4511
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	4135
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.655	1.966	6081
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.833	3	9589
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.589	5	549
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	650
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	4997
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	977
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	1481
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.264	0.2	6408
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.097	0.2	3447
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.175	0.2	433
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.2	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.256	0.2	96
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.221	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.239	154
R_work	0.209	2918

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1851	0.0513	0.0507	0.0333	-0.0581	2.2605	-0.0119	-0.0755	0.1213	0.0732	-0.023	-0.0757	-0.3298	0.1217	0.0349	0.1768	0.0194	-0.0278	0.0849	-0.0223	0.1209	28.544	25.916	77.119
2	0.771	-0.1801	-0.3002	0.4836	0.1642	0.4891	0.0353	0.0498	-0.013	0.0463	-0.0845	0.0263	0.0019	-0.0919	0.0492	0.1048	0.0428	0.015	0.1042	-0.0106	0.1152	14.139	16.421	68.877
3	2.574	-0.2171	-0.2751	0.6751	0.1541	0.3057	0.0335	0.0193	0.062	0.0817	-0.0036	0.0273	-0.0048	0.042	-0.0299	0.1079	0.0298	0.0565	0.131	-0.0097	0.0849	0.143	27.659	84.311
4	0.9919	0.7387	-0.4497	1.5542	0.03	1.4735	0.027	-0.2043	-0.0008	0.2905	0.0476	-0.1293	-0.0406	0.3971	-0.0746	0.1168	0.0519	-0.0509	0.2091	-0.0531	0.0994	9.746	58.565	73.095
5	0.2675	0.0508	-0.195	0.6393	-0.0117	0.982	-0.1007	0.0177	0.0376	0.0353	0.0943	0.0361	0.0841	0.1323	0.0064	0.0976	0.0481	0.0167	0.1045	-0.0034	0.1162	1.582	50.544	57.818
6	0.9612	0.1632	-0.227	2.7463	-0.3346	0.8266	-0.0882	-0.1342	-0.1301	-0.1478	-0.1457	-0.5032	0.0906	0.3014	0.2339	0.0488	0.0933	0.0654	0.2436	0.0308	0.2242	23.823	45.227	50.503

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	192 - 256
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	257 - 268
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	324 - 461
4	X-RAY DIFFRACTION	3	A	269 - 323
5	X-RAY DIFFRACTION	4	B	192 - 256
6	X-RAY DIFFRACTION	5	B	257 - 268
7	X-RAY DIFFRACTION	5	B	324 - 461
8	X-RAY DIFFRACTION	6	B	269 - 323

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