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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1vzz | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF MUTANT ENZYME Y32F/D103L OF KETOSTEROID ISOMERASE FROM PSEUDOMONAS PUTIDA BIOTYPE B | ||||||
要素 | STEROID DELTA-ISOMERASE | ||||||
キーワード | ISOMERASE / CONESHELL / CLOSED BARREL / CURVED B-SHEET | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | PSEUDOMONAS PUTIDA (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Jang, D.S. / Cha, H.J. / Choi, K.Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2004 タイトル: Structural Double-Mutant Cycle Analysis of a Hydrogen Bond Network in Ketosteroid Isomerase from Pseudomonas Putida Biotype B. 著者: Jang, D.S. / Cha, H.J. / Cha, S.S. / Hong, B.H. / Ha, N.C. / Lee, J.Y. / Oh, B.H. / Lee, H.S. / Choi, K.Y. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000 タイトル: Contribution of the Hydrogen Bond Network Involving a Tyrosine Triad in the Active Site to Structure and Function of a Highly Proficient Ketosteroid Isomerase from Pseudomonas Putida Biotype B 著者: Kim, D.H. / Jang, D.S. / Nam, G.H. / Choi, G.D. / Kim, J.S. / Ha, N.C. / Kim, M.S. / Oh, B.H. / Choi, K.Y. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1vzz.cif.gz | 60.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1vzz.ent.gz | 44.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1vzz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/1vzz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/1vzz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14530.571 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS PUTIDA (バクテリア) / プラスミド: PKK223-3 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P07445, steroid Delta-isomerase #2: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | ENGINEERED | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.05 % |
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結晶化 | pH: 4.6 / 詳細: SODIUM ACETATE, AMMONIUM ACETATE, pH 4.60 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6B / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年3月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→20 Å / Num. obs: 6746 / % possible obs: 91.7 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 13.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 6.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.25 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.226 / % possible all: 82.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1DMQ 解像度: 2.3→28.41 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 2640441.64 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / ksol: 0.379582 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→28.41 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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