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万見
- PDB-1vyd: Crystal structure of cytochrome C2 mutant G95E -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vyd
タイトルCrystal structure of cytochrome C2 mutant G95E
要素CYTOCHROME C2
キーワードELECTRON TRANSPORT / REDOX
機能・相同性
機能・相同性情報


photosynthesis / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c, class IA/ IB / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome c2
類似検索 - 構成要素
生物種RHODOBACTER CAPSULATUS (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Dumortier, C. / Fitch, J. / Van Petegem, F. / Vermeulen, W. / Meyer, T.E. / Van Beeumen, J.J. / Cusanovich, M.A.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: Protein Dynamics in the Region of the Sixth Ligand Methionine Revealed by Studies of Imidazole Binding to Rhodobacter Capsulatus Cytochrome C2 Hinge Mutants.
著者: Dumortier, C. / Fitch, J. / Van Petegem, F. / Vermeulen, W. / Meyer, T.E. / Van Beeumen, J.J. / Cusanovich, M.A.
履歴
登録2004年4月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月20日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22018年6月13日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME C2
B: CYTOCHROME C2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9494
ポリマ－24,7162
非ポリマー1,2332
水1,47782
1
A: CYTOCHROME C2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9752
ポリマ－12,3581
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: CYTOCHROME C2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9752
ポリマ－12,3581
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)100.230, 100.230, 162.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.26323, -0.45915, -0.84846), (-0.40994, -0.74289, 0.5292), (-0.8733, 0.48712, 0.00733)
ベクター: 59.40797, 98.56004, 0.79309)

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要素

#1: タンパク質 CYTOCHROME C2


分子量: 12358.074 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) RHODOBACTER CAPSULATUS (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P00094
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED MUTATION GLY 116 GLU

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.21 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: pH 7.50

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データ収集

回折平均測定温度: 294 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: NONIUS / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MAC Science DIP-2030 / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→10 Å / Num. obs: 12459 / % possible obs: 88 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 13.27

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: WILD TYPE CYTOCHROME C2

解像度: 2.3→10 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 -5 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs-12459 88 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1736 0 86 82 1904

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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