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万見
- PDB-1vyc: Neurotoxin from Bungarus candidus -

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IDまたはキーワード:

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vyc
タイトルNeurotoxin from Bungarus candidus
要素BUCAIN
キーワードNEUROTOXIN / SNAKE NEUROTOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Snake toxin and toxin-like protein / Snake toxin, conserved site / Snake toxins signature. / Snake three-finger toxin / : / Snake toxin cobra-type / Snake toxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種BUNGARUS CANDIDUS (コブラ)
手法溶液NMR / 理論モデル / distance geometry
Model type detailsMINIMIZED AVERAGE
データ登録者Gopinath, G.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of Neurotoxin from Bungarus Candidus
著者: Gopinath, G.
履歴
登録2004年4月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: pdbx_nmr_spectrometer / struct / Item: _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct.title
改定 1.42019年8月21日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.52024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BUCAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,2291
ポリマ－7,2291
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 20MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 BUCAIN / NEUROTOXIN


分子量: 7228.554 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: MALAYSIAN KRAIT / 由来: (天然) BUNGARUS CANDIDUS (コブラ) / 参照: UniProt: P83346
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験
手法
溶液NMR
理論モデル
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111COSY
121DQF-COSY
232TOCSY
242NOESY
NMR実験の詳細Text: MEAN STRUCTURE. THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING 2D 1H-NMR

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試料調製

試料状態
Conditions-IDpH温度 (K)
15.8303 K
24.8303 K

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データ収集

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AMBrukerAM5001
Bruker DMXBrukerDMX6002

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解析

NMR software
名称開発者分類
Swiss-PdbViewerNICHOLAS GUEX精密化
X-PLOR構造決定
精密化手法: distance geometry / ソフトェア番号: 1 / 詳細: TORSTEN SCHWEDE, NICOLAS GUEX & MANUEL C. PEITSCH
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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