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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1vt6 | ||||||||||||||||||
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タイトル | Molecular structure of the octamer D(G-G-C-C-G-G-C-C) modified A-DNA | ||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / A-DNA / DOUBLE HELIX | 機能・相同性 | DNA | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / 解像度: 2.25 Å | データ登録者 | Wang, A.H.-J. / Fujii, S. / Van Boom, J.H. / Rich, A. | 引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1982 | タイトル: Molecular structure of the octamer d(G-G-C-C-G-G-C-C): modified A-DNA. 著者: Wang, A.H. / Fujii, S. / van Boom, J.H. / Rich, A. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1vt6.cif.gz | 10.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1vt6.ent.gz | 6.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1vt6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1vt6_validation.pdf.gz | 313.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1vt6_full_validation.pdf.gz | 314.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1vt6_validation.xml.gz | 1.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1vt6_validation.cif.gz | 1.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/1vt6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/1vt6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 2428.593 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthesized oligomer |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.33 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7 / 詳細: Sodium cacodylate, spermine, MgCl2, pH 7.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 265 K |
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放射光源 | 由来: SEALED TUBE / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: NICOLET P3 / 検出器: DIFFRACTOMETER |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 1224 |
-解析
精密化 | 最高解像度: 2.25 Å / σ(I): 3 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2.25 Å
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