PDB-1vr6: Crystal structure of Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1vr6

タイトル

Crystal structure of Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase (DAHP synthase) (TM0343) from Thermotoga Maritima at 1.92 A resolution

要素

Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase

キーワード

TRANSFERASE / TM0343 / PHOSPHO-2-DEHYDRO-3-DEOXYHEPTONATE ALDOLASE (EC 2.5.1.54) (DAHP SYNTHASE) / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI

機能・相同性

機能・相同性情報

3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase / 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase activity / aldehyde-lyase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.92 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase (DAHP synthase) (TM0343) from Thermotoga Maritima at 1.92 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2005年2月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年3月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年1月25日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2023年9月20日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1vr6.cif.gz	277 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1vr6.ent.gz	223.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1vr6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/1vr6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/1vr6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1rzmS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3pg9-1 3pg9-2 4grs-d 1szo-6 1v8f-2 2ixd-1 4jyj-1 5tiq-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 282218

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase

B: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase

C: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase

D: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase

156 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.151, 74.226, 249.540
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
1	2	A
2	2	B
3	2	C
4	2	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 6

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	HIS	HIS	LYS	LYS	A	A	-4 - 70	8 - 82
2	1	HIS	HIS	LYS	LYS	B	B	-3 - 70	9 - 82
3	1	HIS	HIS	LYS	LYS	C	C	-4 - 70	8 - 82
4	1	HIS	HIS	LYS	LYS	D	D	-2 - 70	10 - 82
1	2	LEU	LEU	ASN	ASN	A	A	71 - 338	83 - 350
2	2	LEU	LEU	ASN	ASN	B	B	71 - 338	83 - 350
3	2	LEU	LEU	ASN	ASN	C	C	71 - 338	83 - 350
4	2	LEU	LEU	ASN	ASN	D	D	71 - 338	83 - 350

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase / Phospho-2-keto-3-deoxyheptonate aldolase / DAHP synthetase / 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7- ...Phospho-2-keto-3-deoxyheptonate aldolase / DAHP synthetase / 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase 分子量: 38891.762 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 遺伝子: TM0343 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9WYH8, 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 615 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase / Phospho-2-keto-3-deoxyheptonate aldolase / DAHP synthetase / 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7- ...

分子量: 38891.762 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: TM0343 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9WYH8, 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 615 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.59 %
結晶化	温度: 293 K 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop pH: 5.5 詳細: 35.0% Ethylene-Glycol, 0.1M Acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月3日 / 詳細: fixed-height exit beam, toroidal focusing mirror
放射	モノクロメーター: Double-crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.92→47.76 Å / Num. obs: 102464 / % possible obs: 98.79 % / 冗長度: 3.57 % / B_iso Wilson estimate: 44.73 Å² / R_sym value: 0.065 / Net I/σ(I): 23.07
反射シェル	解像度: 1.93→1.96 Å / 冗長度: 2.63 % / Mean I/σ(I) obs: 1.49 / Num. unique all: 4594 / R_sym value: 0.659 / % possible all: 90.38

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.2.0005	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1RZM

1rzm

解像度: 1.92→47.76 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / SU B: 7.386 / SU ML: 0.107 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.153 / ESU R Free: 0.142 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. THERE IS A LARGE POSITIVE PEAK BETWEEN RESIDUE 211 OF CHAINS A AND C AND B AND D.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21519	5111	5 %	RANDOM
R_work	0.17089	-	-	-
obs	0.1732	97241	98.54 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.205 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.29 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.92→47.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10375	0	0	615	10990

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	10573
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	9954
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.516	1.979	14297
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.842	3	23062
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.943	5	1353
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.389	23.858	438
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.676	15	1853
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.19	15	69
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	1655
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	11752
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2053
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	2051
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.192	0.2	10028
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.086	0.2	6179
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.18	0.2	591
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.271	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.298	0.2	68
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.179	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.113	3	6915
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.604	3	2786
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.095	5	10835
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.247	8	4023
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.058	11	3462
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	5162

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1026	loose positional	0.62	5
1	2	B	1026	loose positional	0.62	5
1	3	C	1026	loose positional	0.66	5
1	4	D	1026	loose positional	0.67	5
1	1	A	1026	loose thermal	2.05	10
1	2	B	1026	loose thermal	2.22	10
1	3	C	1026	loose thermal	2.73	10
1	4	D	1026	loose thermal	2.39	10
2	1	A	3784	loose positional	0.49	5
2	2	B	3784	loose positional	0.53	5
2	3	C	3784	loose positional	0.49	5
2	4	D	3784	loose positional	0.48	5
2	1	A	3784	loose thermal	3.48	10
2	2	B	3784	loose thermal	2.84	10
2	3	C	3784	loose thermal	2.6	10
2	4	D	3784	loose thermal	2.57	10

LS精密化シェル

解像度: 1.92→1.975 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.29	321	4.79 %
R_work	0.21	6387	-
obs	-	-	88.53 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.2752	0.4146	2.1389	3.4076	1.7575	1.4194	-0.0864	-0.5558	0.0864	0.2051	0.057	0.2715	-0.0737	-0.3104	0.0294	-0.1122	0.0711	-0.0268	0.0785	0.0375	0.0528	-38.129	-17.688	38.319
2	1.9343	-0.1985	0.6319	1.4756	-0.389	1.7715	0.0154	-0.2259	-0.0134	0.0176	-0.0584	-0.1058	0.0726	-0.0381	0.043	-0.2787	0.0049	-0.0086	-0.1489	-0.0426	-0.2117	-1.651	-30.888	51.091
3	5.0641	2.5242	-0.7374	6.355	0.795	1.791	-0.0821	0.305	-0.1858	-0.7356	0.148	-0.2934	-0.3286	-0.0731	-0.066	0.0681	0.0084	0.0743	-0.1533	-0.0455	-0.0535	-3.738	-64.875	24.034
4	1.3398	0.1374	-0.4672	2.9019	-0.4827	2.1186	-0.1	0.2663	0.0787	-0.6367	0.0396	-0.0938	0.0433	-0.1146	0.0604	-0.0412	-0.0261	0.0602	-0.1817	0.0046	-0.2064	-0.446	-24.682	16.69
5	5.4116	1.8828	-0.1802	3.6391	-0.1948	1.7045	0.0495	-0.3733	-0.3409	0.0435	0.0483	-0.2844	-0.0262	0.0349	-0.0977	-0.1148	0.019	0.0437	-0.0468	-0.0003	-0.0277	4.859	-58.851	40.238
6	2.752	-0.2207	-0.5042	1.4718	0.1032	2.3699	-0.0441	-0.2089	-0.0631	0.0171	-0.0193	0.2766	-0.046	-0.2965	0.0634	-0.2603	-0.032	0.0029	-0.0417	0.0141	-0.093	-33.234	-46.904	47.374
7	4.329	1.2707	0.9366	6.0154	1.1819	2.0994	0.0509	0.268	0.4192	-0.5847	-0.0383	0.279	-0.3094	-0.1106	-0.0126	0.0066	0.0606	-0.0582	-0.0359	0.0545	0.0746	-26.859	-9.838	25.319
8	1.3216	-0.1667	0.3319	2.7022	0.6457	3.0486	-0.0147	0.2993	-0.1375	-0.6461	-0.055	0.1675	0.1886	-0.1286	0.0697	0.0722	-0.0549	-0.1198	-0.0489	-0.0582	-0.1207	-28.124	-49.513	13.261

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	-4 - 70	8 - 82
2	2	A	A	71 - 338	83 - 350
3	3	B	B	-3 - 70	9 - 82
4	4	B	B	71 - 338	83 - 350
5	5	C	C	-4 - 70	8 - 82
6	6	C	C	71 - 338	83 - 350
7	7	D	D	-2 - 70	10 - 82
8	8	D	D	71 - 338	83 - 350

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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