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万見
- PDB-1vq0: Crystal structure of 33 kDa chaperonin (Heat shock protein 33 hom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vq0
タイトルCrystal structure of 33 kDa chaperonin (Heat shock protein 33 homolog) (HSP33) (TM1394) from Thermotoga maritima at 2.20 A resolution
要素33 kDa chaperonin
キーワードCHAPERONE / TM1394 / 33 KDA chaperonin (heat shock protein 33 homolog) (HSP33) / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI
機能・相同性
機能・相同性情報


protein folding chaperone / unfolded protein binding / protein refolding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
HSP33 redox switch-like / Hsp33 domain / Hsp33 domain / Heat shock protein Hsp33 / Heat shock protein Hsp33, N-terminal / Heat shock protein Hsp33, C-terminal / Hsp33 protein / CBS domain Like / 3-Layer(bab) Sandwich / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Unknown ligand / 33 kDa chaperonin
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of Hsp33 chaperone (TM1394) from Thermotoga maritima at 2.20 A resolution.
著者: Jaroszewski, L. / Schwarzenbacher, R. / McMullan, D. / Abdubek, P. / Agarwalla, S. / Ambing, E. / Axelrod, H. / Biorac, T. / Canaves, J.M. / Chiu, H.J. / Deacon, A.M. / DiDonato, M. / ...著者: Jaroszewski, L. / Schwarzenbacher, R. / McMullan, D. / Abdubek, P. / Agarwalla, S. / Ambing, E. / Axelrod, H. / Biorac, T. / Canaves, J.M. / Chiu, H.J. / Deacon, A.M. / DiDonato, M. / Elsliger, M.A. / Godzik, A. / Grittini, C. / Grzechnik, S.K. / Hale, J. / Hampton, E. / Han, G.W. / Haugen, J. / Hornsby, M. / Klock, H.E. / Koesema, E. / Kreusch, A. / Kuhn, P. / Lesley, S.A. / Miller, M.D. / Moy, K. / Nigoghossian, E. / Paulsen, J. / Quijano, K. / Reyes, R. / Rife, C. / Spraggon, G. / Stevens, R.C. / van den Bedem, H. / Velasquez, J. / Vincent, J. / White, A. / Wolf, G. / Xu, Q. / Hodgson, K.O. / Wooley, J. / Wilson, I.A.
履歴
登録2004年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.32023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 33 kDa chaperonin
B: 33 kDa chaperonin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,47611
ポリマ－68,0882
非ポリマー3889
水4,918273
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.213, 101.673, 113.686
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ZN / End label comp-ID: ZN / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 1 - 300 / Label seq-ID: 13

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA - C
2BB - G

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 33 kDa chaperonin / Heat shock protein 33 homolog / HSP33


分子量: 34044.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: hslO, TM1394 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X1B4

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非ポリマー , 5種, 282分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 273 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.47 %
結晶化温度: 277 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
pH: 7.5
詳細: 15.0% Glycerol, 8.5% iso-Propanol, 17.0% PEG-4000, 0.1M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.979121
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月8日 / 詳細: Flat mirror
放射モノクロメーター: single crystal Si(311) bent monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979121 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→49.62 Å / Num. obs: 44233 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 43.5 Å2 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 2842 / Rsym value: 0.413 / % possible all: 86.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALA4.2)データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.1.9999精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1I7F

1i7f


解像度: 2.2→49.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 10.015 / SU ML: 0.131 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.209 / ESU R Free: 0.186 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24079 2228 5 %RANDOM
Rwork0.19824 ---
obs0.20033 41981 96.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.973 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.28 Å20 Å20 Å2
2---0.16 Å20 Å2
3---1.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→49.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4570 0 42 273 4885
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0224687
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.024403
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5881.9656323
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.903310221
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3235578
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.92924.272213
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.19715848
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.111532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2714
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025146
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02932
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2220.2894
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2160.24215
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.110.22577
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1650.2214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2020.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2490.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1540.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9731.53150
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2531.51186
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.88724642
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.68931994
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.2484.51681
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 4415 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
medium positional0.110.5
medium thermal0.472
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 125 4.41 %
Rwork0.254 2707 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.24510.0873-0.42921.77460.14611.9123-0.0756-0.1942-0.20260.1945-0.01260.11060.2360.0680.0882-0.0915-0.01160.0721-0.10110.0089-0.086415.169411.927945.7518
27.04920.27312.46284.4752-1.84769.5242-0.40111.15140.996-1.07150.35810.2039-0.81920.24810.0430.223-0.1754-0.08590.10710.11470.0806-0.752921.427415.4698
32.9021-0.35220.26222.445-0.211.6342-0.1097-0.32460.31940.30510.0382-0.0747-0.2252-0.12410.0715-0.07560.0096-0.0591-0.1007-0.0154-0.096223.033249.3645.5283
46.1691-0.1087-1.75713.95562.86818.9053-0.15410.8122-0.741-0.80370.23040.01080.51890.0218-0.07630.1117-0.06750.0183-0.0675-0.0176-0.021239.119239.48615.313
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-1 - 232
2X-RAY DIFFRACTION2A233 - 287
3X-RAY DIFFRACTION3B-1 - 232
4X-RAY DIFFRACTION4B233 - 287

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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