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- PDB-1vlr: Crystal structure of mRNA decapping enzyme (DcpS) from Mus muscul... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vlr
タイトルCrystal structure of mRNA decapping enzyme (DcpS) from Mus musculus at 1.83 A resolution
要素mRNA decapping enzyme
キーワードRNA BINDING PROTEIN / 16740816 / mRNA decapping enzyme (DcpS) / STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / Joint Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to menadione / : / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / 5'-(N7-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / RNA 7-methylguanosine cap binding / negative regulation of programmed cell death / mRNA cis splicing, via spliceosome / P-body / mitochondrion ...cellular response to menadione / : / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / 5'-(N7-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / RNA 7-methylguanosine cap binding / negative regulation of programmed cell death / mRNA cis splicing, via spliceosome / P-body / mitochondrion / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
mRNA decapping enzyme DcpS N-terminal fold / mRNA decapping enzyme DcpS N-terminal domain / Scavenger mRNA decapping enzyme, N-terminal domain / Scavenger mRNA decapping enzyme DcpS/DCS2 / Scavenger mRNA decapping enzyme, N-terminal / Scavenger mRNA decapping enzyme (DcpS) N-terminal / Scavenger mRNA decapping enzyme C-term binding / Histidine triad, conserved site / HIT domain signature. / HIT-like ...mRNA decapping enzyme DcpS N-terminal fold / mRNA decapping enzyme DcpS N-terminal domain / Scavenger mRNA decapping enzyme, N-terminal domain / Scavenger mRNA decapping enzyme DcpS/DCS2 / Scavenger mRNA decapping enzyme, N-terminal / Scavenger mRNA decapping enzyme (DcpS) N-terminal / Scavenger mRNA decapping enzyme C-term binding / Histidine triad, conserved site / HIT domain signature. / HIT-like / HIT family, subunit A / HIT-like superfamily / Phosphorylase Kinase; domain 1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
m7GpppX diphosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of an Apo mRNA decapping enzyme (DcpS) from Mouse at 1.83 A resolution.
著者: Han, G.W. / Schwarzenbacher, R. / McMullan, D. / Abdubek, P. / Ambing, E. / Axelrod, H. / Biorac, T. / Canaves, J.M. / Chiu, H.J. / Dai, X. / Deacon, A.M. / DiDonato, M. / Elsliger, M.A. / ...著者: Han, G.W. / Schwarzenbacher, R. / McMullan, D. / Abdubek, P. / Ambing, E. / Axelrod, H. / Biorac, T. / Canaves, J.M. / Chiu, H.J. / Dai, X. / Deacon, A.M. / DiDonato, M. / Elsliger, M.A. / Godzik, A. / Grittini, C. / Grzechnik, S.K. / Hale, J. / Hampton, E. / Haugen, J. / Hornsby, M. / Jaroszewski, L. / Klock, H.E. / Koesema, E. / Kreusch, A. / Kuhn, P. / Lesley, S.A. / McPhillips, T.M. / Miller, M.D. / Moy, K. / Nigoghossian, E. / Paulsen, J. / Quijano, K. / Reyes, R. / Spraggon, G. / Stevens, R.C. / van den Bedem, H. / Velasquez, J. / Vincent, J. / White, A. / Wolf, G. / Xu, Q. / Hodgson, K.O. / Wooley, J. / Wilson, I.A.
履歴
登録2004年8月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年1月25日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: mRNA decapping enzyme
B: mRNA decapping enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,3828
ポリマ－81,0102
非ポリマー3726
水14,520806
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8820 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area27390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.399, 59.231, 100.140
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.80, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 mRNA decapping enzyme / histidine triad protein member 5


分子量: 40504.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: DcpS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9DAR7
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 806 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.29 %
結晶化温度: 277 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
pH: 7.2
詳細: 0.2M KF, 20.0% PEG-3350, No Buffer pH 7.2, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月8日
放射モノクロメーター: Single crystal, cylindrically bent, Si(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→37.58 Å / Num. obs: 64852 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.69 % / Biso Wilson estimate: 24.23 Å2 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 18.07
反射 シェル解像度: 1.83→1.9 Å / 冗長度: 3.07 % / Mean I/σ(I) obs: 3.04 / Num. unique all: 5575 / Rsym value: 0.389 / % possible all: 84.84

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0001精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1st0

1st0


解像度: 1.83→37.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 2.301 / SU ML: 0.072 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THERE IS A LARGE UNMODELED PEAK IN THE DIFFERENCE MAP NEAR THE CARBONYL OXYGEN OF PRO-287 IN BOTH CHAINS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20101 3300 5.1 %RANDOM
Rwork0.15838 ---
obs0.16053 61546 97.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.046 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å20 Å20.28 Å2
2--0.31 Å20 Å2
3----0.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.83→37.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4885 0 24 812 5721
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0225021
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024668
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6671.9566816
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.036310820
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4295593
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.32423.15254
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.13715885
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6911548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2768
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.025497
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021043
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2150.21003
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1990.25150
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.23254
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1430.2612
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2250.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2820.2117
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2060.270
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2891.53154
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3341.51174
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.79824858
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.75132211
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8644.51958
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0150.21
LS精密化 シェル解像度: 1.825→1.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 185 4.79 %
Rwork0.195 3680 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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