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- PDB-4c7u: Crystal structure of manganese superoxide dismutase from Arabidop... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4c7u | ||||||
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Title | Crystal structure of manganese superoxide dismutase from Arabidopsis thaliana | ||||||
![]() | SUPEROXIDE DISMUTASE [MN] 1, MITOCHONDRIAL | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / OXIDATIVE STRESS / OXIDATION-REDUCTION | ||||||
Function / homology | ![]() embryo development ending in seed dormancy / response to zinc ion / superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / manganese ion binding / mitochondrial matrix / defense response to bacterium / copper ion binding / mitochondrion / metal ion binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Marques, A. / Santos, S.P. / Rosa, M. / Carrondo, M.A. / Abreu, I.A. / Romao, C.V. / Frazao, C. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal Structure of the Arabidopsis Thaliana Manganese Superoxide Dismutase at 1.95 A Resolution Authors: Marques, A. / Santos, S.P. / Rosa, M. / Carrondo, M.A. / Abreu, I.A. / Romao, C.V. / Frazao, C. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 492.2 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 59.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 84.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 1cojS ![]() 1gv3S ![]() 1ix9S ![]() 1luwS ![]() 3ak2S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper:
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Components
#1: Protein | Mass: 25091.205 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-MN / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.07 Å3/Da / Density % sol: 40.7 % / Description: NONE |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.2 M SODIUM FORMATE, 20 % PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 277 K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 20, 2013 / Details: TOROIDAL MIRROR |
Radiation | Monochromator: SI(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9611 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.95→53.98 Å / Num. obs: 98683 / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 1.74 % / Biso Wilson estimate: 28.14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 7.64 |
Reflection shell | Resolution: 1.95→2.07 Å / Redundancy: 1.45 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 1.09 / % possible all: 92.3 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRIES 3AK2 1GV3 1IX9 1LUW 1COJ Resolution: 1.951→53.985 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.96 / Phase error: 16.14 / Stereochemistry target values: ML Details: MNSOD REFINEMENT CONVERGED TO R- -WORK AND R-FREE OF 0.1759 AND 0.2153, RESPECTIVELY, USING A THIN-SHELLS R-FREE SET WITH 2149 REFLECTIONS. THEN A LAST REFINEMENT CYCLE WAS PERFORMED USING ...Details: MNSOD REFINEMENT CONVERGED TO R- -WORK AND R-FREE OF 0.1759 AND 0.2153, RESPECTIVELY, USING A THIN-SHELLS R-FREE SET WITH 2149 REFLECTIONS. THEN A LAST REFINEMENT CYCLE WAS PERFORMED USING THE FULL DATA SET IN ORDER TO OBTAIN THE FINAL MNSOD MODEL.
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.951→53.985 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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