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- PDB-1vlp: Crystal structure of a putative nicotinate phosphoribosyltransfer... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vlp
タイトルCrystal structure of a putative nicotinate phosphoribosyltransferase (yor209c, npt1) from saccharomyces cerevisiae at 1.75 A resolution
要素nicotinate phosphoribosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI
機能・相同性
機能・相同性情報


nicotinate nucleotide salvage / Nicotinate metabolism / nicotinate phosphoribosyltransferase / nicotinate phosphoribosyltransferase activity / NAD+ biosynthetic process via the salvage pathway / rDNA heterochromatin formation / subtelomeric heterochromatin formation / Neutrophil degranulation / transferase activity / chromosome, telomeric region ...nicotinate nucleotide salvage / Nicotinate metabolism / nicotinate phosphoribosyltransferase / nicotinate phosphoribosyltransferase activity / NAD+ biosynthetic process via the salvage pathway / rDNA heterochromatin formation / subtelomeric heterochromatin formation / Neutrophil degranulation / transferase activity / chromosome, telomeric region / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nicotinate phosphoribosyltransferase / nicotinate phosphoribosyltransferase / nicotinate phosphoribosyltransferase / Nicotinate phosphoribosyltransferase, N-terminal domain / Nicotinate phosphoribosyltransferase (NAPRTase) N-terminal domain / Nicotinate phosphoribosyltransferase family / Nicotinate/nicotinamide phosphoribosyltransferase / Nicotinate phosphoribosyltransferase (NAPRTase) family / Nicotinate phosphoribosyltransferase-like, C-terminal / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Nicotinate phosphoribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: Structure / 年: 2005
タイトル: The structure of a eukaryotic nicotinic acid phosphoribosyltransferase reveals structural heterogeneity among type II PRTases.
著者: Chappie, J.S. / Canaves, J.M. / Han, G.W. / Rife, C.L. / Xu, Q. / Stevens, R.C.
履歴
登録2004年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: nicotinate phosphoribosyltransferase
B: nicotinate phosphoribosyltransferase
C: nicotinate phosphoribosyltransferase
D: nicotinate phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)204,92015
ポリマ－204,0524
非ポリマー86811
水22,8971271
1
A: nicotinate phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,3394
ポリマ－51,0131
非ポリマー3263
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: nicotinate phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2685
ポリマ－51,0131
非ポリマー2554
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: nicotinate phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2064
ポリマ－51,0131
非ポリマー1923
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: nicotinate phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1082
ポリマ－51,0131
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.406, 83.103, 107.237
Angle α, β, γ (deg.)97.35, 95.67, 97.99
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
nicotinate phosphoribosyltransferase / NAPRTase


分子量: 51013.023 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: NPT1, YOR209C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P39683, EC: 2.4.2.11

-
非ポリマー , 5種, 1282分子

#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1271 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)解説
12.3246.9
22.2945.77TWO CRYSTALS WERE USED FOR THE SOLUTION OF THIS STRUCTURE. 3 A MAD DATA FROM ONE CRYSTAL WAS USED TO PHASE THE STRUCTURE. THE INITIAL MODEL WAS THEN EXTENDED AND REBUILT USING ARP/WARP WITH AMPLITUDES FROM A DIFFERENT CRYSTAL THAT DIFFRACTED TO 1.75 A. REFINEMENT WAS AGAINST THE 1.75 A DATA.
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法詳細
2771蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop0.06M MES, 0.04M MES_Na, 14% PEG MME 5000 , VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K
2772蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop15% PEG MME 5000, 0.06M MES, 0.04M MES_Na , VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長波長 (Å)
シンクロトロンALS 8.2.110.9686
シンクロトロンALS 8.2.221.0332, 0.9798
検出器
タイプID検出器日付
ADSC1CCD2004年1月8日
ADSC2CCD2003年12月19日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Double Crystal Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Double Crystal Si(111)MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.96861
21.03321
30.97981
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 177740 / % possible obs: 96.81 % / 冗長度: 3.79 % / Biso Wilson estimate: 28.97 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 18.09
反射 シェル解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 2.23 % / Rmerge(I) obs: 0.451 / Mean I/σ(I) obs: 1.64 / Num. unique all: 16630 / % possible all: 90.05

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXCD位相決定
SHARP位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.75→48.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 4.444 / SU ML: 0.074 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.112 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20962 8921 5 %RANDOM
Rwork0.16964 ---
obs0.17163 168817 96.23 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 7.224 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å20.01 Å2-0.03 Å2
2--0.04 Å20.01 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→48.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13317 0 47 1271 14635
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.02213808
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0212289
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5441.95518690
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.859328770
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.16851669
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.48324.72625
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.068152466
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7561548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.22071
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0215100
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022743
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2150.22844
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1760.211954
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.27300
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1180.2900
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2380.232
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2350.2118
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1680.253
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1638545
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.55833379
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.854513599
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.73685976
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.54115090
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1820.26720
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.796 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 570 5.18 %
Rwork0.234 10442 -
obs--80.87 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.53580.07360.12510.29010.24250.5819-0.00370.03180.01620.00250.0394-0.04070.04150.0377-0.0357-0.05230.0113-0.0164-0.09040.0059-0.075828.05747.1755-47.3839
20.5241-0.23660.0880.75520.25880.469-0.0842-0.0330.06920.06880.0746-0.0597-0.1227-0.0490.00960.04580.02190.023-0.06390.0075-0.01141.047643.6244-34.5756
30.643-0.11850.40040.4151-0.03460.7522-0.0077-0.01320.0126-0.00530.01240.0187-0.0209-0.075-0.0047-0.1547-0.01180.0345-0.07550.0181-0.1221-1.7695-0.8488-1.8235
40.55670.29210.38820.97890.3410.8260.0105-0.016-0.06370.08440.0572-0.0670.04520.0108-0.0676-0.0633-0.02840.0176-0.04710.01140.0129-20.238954.5574-83.0286
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA-2 - 41510 - 427
21AE5001
32BB1 - 41913 - 431
42BF5001
53CC-1 - 41611 - 428
63CG5001
74DD0 - 41512 - 427
84DH5001

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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