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- PDB-1vl4: CRYSTAL STRUCTURE OF A PUTATIVE MODULATOR OF A DNA GYRASE (TM0727... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vl4
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A PUTATIVE MODULATOR OF A DNA GYRASE (TM0727) FROM THERMOTOGA MARITIMA MSB8 AT 1.95 A RESOLUTION
要素pmbA-related protein
キーワードGENE REGULATION / PMBA-RELATED PROTEIN / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI
機能・相同性
機能・相同性情報


metallopeptidase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
PmbA/TldD fold / PmbA/TldD superfamily / PmbA/TldA metallopeptidase C-terminal domain / Metalloprotease TldD/E, N-terminal domain / Metalloprotease TldD/PmbA, N-terminal / Metalloprotease TldD/PmbA superfamily / PmbA/TldA metallopeptidase domain 1 / PmbA/TldA metallopeptidase central domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PmbA-related protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of a putative modulator of DNA gyrase (pmbA) from Thermotoga maritima at 1.95 A resolution reveals a new fold.
著者: Rife, C. / Schwarzenbacher, R. / McMullan, D. / Abdubek, P. / Ambing, E. / Axelrod, H. / Biorac, T. / Canaves, J.M. / Chiu, H.J. / Deacon, A.M. / DiDonato, M. / Elsliger, M.A. / Godzik, A. / ...著者: Rife, C. / Schwarzenbacher, R. / McMullan, D. / Abdubek, P. / Ambing, E. / Axelrod, H. / Biorac, T. / Canaves, J.M. / Chiu, H.J. / Deacon, A.M. / DiDonato, M. / Elsliger, M.A. / Godzik, A. / Grittini, C. / Grzechnik, S.K. / Hale, J. / Hampton, E. / Han, G.W. / Haugen, J. / Hornsby, M. / Jaroszewski, L. / Klock, H.E. / Koesema, E. / Kreusch, A. / Kuhn, P. / Lesley, S.A. / Miller, M.D. / Moy, K. / Nigoghossian, E. / Paulsen, J. / Quijano, K. / Reyes, R. / Sims, E. / Spraggon, G. / Stevens, R.C. / van den Bedem, H. / Velasquez, J. / Vincent, J. / White, A. / Wolf, G. / Xu, Q. / Hodgson, K.O. / Wooley, J. / Wilson, I.A.
履歴
登録2004年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年1月25日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年5月22日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: pmbA-related protein
B: pmbA-related protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,6562
ポリマ－99,6562
非ポリマー00
水8,881493
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2300 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area36330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.367, 106.637, 120.382
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 1 - 432 / Label seq-ID: 13 - 444

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 pmbA-related protein


分子量: 49827.891 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
株: MSB8 / 遺伝子: TM0727 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WZI6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 493 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)解説
12.5952.46
22.5751.71DATA FROM A CRYSTAL OF SE-MET SUBSTITUTED PROTEIN WAS USED FOR THE MAD PHASING EXPERIMENTS AND DATA FROM A CRYSTAL OF NATIVE PROTEIN WAS USED FOR THE FINAL REFINEMENT.
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2771蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop7TRIS pH 7, 0.5M (NH4)2SO4, 10% Glycerol, 30% PEG-600 , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K
2772蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop70.5M (NH4)2SO4, 10% Glycerol, 30% PEG-600, TRIS pH 7, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長波長 (Å)
シンクロトロンSSRL BL9-210.980078
シンクロトロンSSRL BL11-120.979264,0.979562,0.898404
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 3151CCD2004年4月15日
ADSC QUANTUM 3152CCD2004年5月24日flat mirror
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1double crystal monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2single crystal Si(311) bent monochromatorMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9800781
20.9792641
30.9795621
40.8984041
反射解像度: 1.95→48.75 Å / Num. obs: 71567 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 32.71 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.458 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 3069 / % possible all: 56.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALA4.2)データスケーリング
autoSHARP位相決定
SOLOMON位相決定
REFMAC5.2.0001精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.95→48.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 6.844 / SU ML: 0.1 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. THERE IS NO DENSITY PRESENT FOR RESIDUES 87-90 AND 434-435, SO THEY HAVE NOT BEEN MODELED. 3. THE FOLLOWING RESIDUES HAVE MISSING ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. THERE IS NO DENSITY PRESENT FOR RESIDUES 87-90 AND 434-435, SO THEY HAVE NOT BEEN MODELED. 3. THE FOLLOWING RESIDUES HAVE MISSING ATOMS: A1, A16, A40, A48, A65, A70, A151, A199, A222, A311, A314, A315, A319, B1, B9, B34, B40, B60, B70, B86, B110, B125, B199, B216, B311, B315, B340, B348. 4. THE DATA USED IN THE FINAL REFINEMENT WAS FROM A NATIVE CRYSTAL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22099 3584 5 %RANDOM
Rwork0.17389 ---
obs0.17628 67979 94.05 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.661 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.34 Å20 Å20 Å2
2--0.41 Å20 Å2
3----0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→48.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6596 0 0 493 7089
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0226810
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026274
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6691.9789203
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.833314658
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7055876
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.81425.433289
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.752151239
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4661527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.21040
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.027609
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021286
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2350.21265
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.180.26198
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.24219
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.170.2388
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1810.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2320.254
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1510.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.70634454
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.77531772
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.62456967
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.27882638
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.817112236
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1770.23240
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 6152 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
medium positional0.360.5
medium thermal12
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 157 5.12 %
Rwork0.225 2909 -
obs--55.43 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.02180.42460.64231.25870.25431.2633-0.10.28520.0618-0.11020.0442-0.0871-0.05890.32520.0558-0.1151-0.02970.0116-0.04410.043-0.155429.6213-1.874117.9305
21.3396-0.4969-0.3520.86720.10410.6075-0.0295-0.1478-0.020.07850.0091-0.06770.00770.07220.0203-0.120.0107-0.018-0.1540.0102-0.165128.74314.8422-14.0058
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth seq-ID: 1 - 433 / Label seq-ID: 13 - 445

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
22BB

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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