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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6j6a | ||||||
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タイトル | Crystal structure of TldE from Thermococcus kodakarensis | ||||||
![]() | Zinc-dependent protease, TldD/PmbA family | ||||||
![]() | METAL BINDING PROTEIN / metalloprotease | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhang, X. / Liu, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of TldE from Thermococcus kodakarensis 著者: Zhang, X. / Liu, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 183.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 145.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 437.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 446.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 34.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 48.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1vl4S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48754.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1 / 遺伝子: TK0499 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.4 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.02M Calcium Chloride, 0.1M Sodium Acetate pH 4.6, 30% v/v MPD |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月31日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9791 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.353→31.931 Å / Num. obs: 59216 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.1 % / CC1/2: 0.996 / Rpim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 29.67 |
反射 シェル | 解像度: 2.353→2.437 Å / Num. unique obs: 2896 / CC1/2: 0.713 / Rpim(I) all: 0.508 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1VL4 解像度: 2.353→31.931 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.66
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.353→31.931 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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