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- PDB-1vkz: Crystal structure of Phosphoribosylamine--glycine ligase (TM1250)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vkz
タイトルCrystal structure of Phosphoribosylamine--glycine ligase (TM1250) from Thermotoga maritima at 2.30 A resolution
要素Phosphoribosylamine--glycine ligase
キーワードLIGASE / TM1250 / PHOSPHORIBOSYLAMINE--GLYCINE LIGASE / STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / Joint Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


purine nucleobase biosynthetic process / phosphoribosylamine-glycine ligase / phosphoribosylamine-glycine ligase activity / 'de novo' IMP biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Phosphoribosylglycinamide synthetase, C-terminal domain / Glycinamide Ribonucleotide Synthetase; Chain A, domain 4 / Phosphoribosylglycinamide synthetase / Phosphoribosylglycinamide synthetase, conserved site / Phosphoribosylglycinamide synthetase, C-domain / Phosphoribosylglycinamide synthetase, N-terminal / Phosphoribosylglycinamide synthetase, C-domain superfamily / Phosphoribosylglycinamide synthetase, C domain / Phosphoribosylglycinamide synthetase, N domain / Phosphoribosylglycinamide synthetase signature. ...Phosphoribosylglycinamide synthetase, C-terminal domain / Glycinamide Ribonucleotide Synthetase; Chain A, domain 4 / Phosphoribosylglycinamide synthetase / Phosphoribosylglycinamide synthetase, conserved site / Phosphoribosylglycinamide synthetase, C-domain / Phosphoribosylglycinamide synthetase, N-terminal / Phosphoribosylglycinamide synthetase, C-domain superfamily / Phosphoribosylglycinamide synthetase, C domain / Phosphoribosylglycinamide synthetase, N domain / Phosphoribosylglycinamide synthetase signature. / Phosphoribosylglycinamide synthetase, C domain / Phosphoribosylglycinamide synthetase, ATP-grasp (A) domain / Phosphoribosylglycinamide synthetase, ATP-grasp (A) domain / Phosphoribosylglycinamide synthetase, ATP-grasp (A) domain / Rossmann fold - #20 / ATP-grasp fold, A domain / Rudiment single hybrid motif / ATP-grasp fold, B domain / ATP-grasp fold, subdomain 1 / Pre-ATP-grasp domain superfamily / ATP-grasp fold / ATP-grasp fold profile. / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Dna Ligase; domain 1 / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphoribosylamine--glycine ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Phosphoribosylamine--glycine ligase (TM1250) from Thermotoga maritima at 2.30 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2004年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Phosphoribosylamine--glycine ligase
B: Phosphoribosylamine--glycine ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,6113
ポリマ－92,5492
非ポリマー621
水2,180121
1
A: Phosphoribosylamine--glycine ligase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,2741
ポリマ－46,2741
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Phosphoribosylamine--glycine ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3362
ポリマ－46,2741
非ポリマー621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.745, 78.443, 85.018
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.06, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B
32A
42B
52A
62B
13A
23B
33A
43B
14A
24B
34A
44B

NCSドメイン領域:

Refine code: 2

Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ALAALALEULEUAA110 - 180122 - 192
211ALAALALEULEUBB110 - 180122 - 192
112GLYGLYTHRTHRAA83 - 10995 - 121
212GLYGLYTHRTHRBB83 - 10995 - 121
322ALAALALEULEUAA181 - 199193 - 211
422ALAALALEULEUBB181 - 199193 - 211
532GLUGLULEULEUAA227 - 278239 - 290
632GLUGLULEULEUBB227 - 278239 - 290
113PROPROVALVALAA200 - 226212 - 238
213PROPROVALVALBB200 - 226212 - 238
323PHEPHEALAALAAA315 - 399327 - 411
423PHEPHEALAALABB315 - 399327 - 411
114VALVALPHEPHEAA4 - 8216 - 94
214VALVALPHEPHEBB4 - 8216 - 94
324GLYGLYGLYGLYAA279 - 314291 - 326
424GLYGLYGLYGLYBB279 - 314291 - 326

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

-
要素

#1: タンパク質 Phosphoribosylamine--glycine ligase / GARS / Glycinamide ribonucleotide synthetase / Phosphoribosylglycinamide synthetase


分子量: 46274.418 Da / 分子数: 2 / 変異: 6.3.4.13 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: purD, TM1250 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X0X7, phosphoribosylamine-glycine ligase
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)解説
12.2946.21
22.4449.26TWO CRYSTALS WERE USED IN THE SOLUTION OF THE STRUCTURE. ONE CRYSTAL WAS USED FOR SE-MET MAD PHASING AND ANOTHER WAS USED FOR PHASE EXTENSION AND REFINEMENT.
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2771蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop6.518% PEG-8000, 0.1M sodium cacodylate pH 6.5, 0.2M calcium acetate hydrate, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K
2772蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop720% PEG-6000, 0.1M HEPES pH 7.0, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長波長 (Å)
シンクロトロンALS 8.2.111
シンクロトロンAPS 19-BM20.979127,0.979292,0.964063
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC1CCD2004年3月3日
APS 2CCD2004年2月20日water cooled, sagitally focusing 2nd crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Double Crystal Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Rosenbaum-Rock double-crystal monochromatorMADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.9791271
30.9792921
40.9640631
反射解像度: 2.3→37.4 Å / Num. obs: 31749 / % possible obs: 85.6 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 54.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.632 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique all: 2434 / % possible all: 88.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALA4.2)データスケーリング
SOLVE位相決定
REFMAC5.2.0000精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→37.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 20.438 / SU ML: 0.232 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.591 / ESU R Free: 0.299
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE PHASES USED FOR THE RESTRAINTS WERE DENSITY MODIFIED (SOLVENT FLATTENED, HISTOGRAM, MULTI RESOLUTION) PHASES EXTENDED FROM STARTING MAD ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE PHASES USED FOR THE RESTRAINTS WERE DENSITY MODIFIED (SOLVENT FLATTENED, HISTOGRAM, MULTI RESOLUTION) PHASES EXTENDED FROM STARTING MAD PHASES FROM A DIFFERENT CRYSTAL. THE FOLLOWING RESIDUES HAVE UNMODELED ATOMS DUE TO MISSING DENSITY: A141 A151 A156 A303 A340 A374 A378 B54 B86 B141 B151 B303. NO DENSITY WAS PRESENT FOR THE LOOP EXTENDING FROM RESIDUES 73 TO 77.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26383 1560 5 %RANDOM
Rwork0.21315 ---
obs0.21572 29714 84.01 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.622 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3 Å20 Å2-0.69 Å2
2--2.77 Å20 Å2
3----3.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→37.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6065 0 4 121 6190
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0226198
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025742
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4911.9668355
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.811313357
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2935778
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.51723.723274
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.106151078
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7571543
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2890
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.026921
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021264
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.21337
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1830.26078
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.24016
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1770.2224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1810.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.220.259
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1430.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.93734146
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.47931624
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.7656161
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.18482578
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.017112194
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0570.21
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1415tight positional0.030.05
1670medium positional0.320.5
1415tight thermal0.090.5
1670medium thermal0.512
2575tight positional0.030.05
2967medium positional0.240.5
2575tight thermal0.140.5
2967medium thermal0.72
3650tight positional0.030.05
3998medium positional0.360.5
3650tight thermal0.120.5
3998medium thermal0.652
4635tight positional0.040.05
4966medium positional0.360.5
4635tight thermal0.120.5
4966medium thermal0.692
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.405 103 4.32 %
Rwork0.313 2280 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.16180.32030.65582.14630.42365.7462-0.0423-0.1412-0.0390.13770.0056-0.14070.18640.44820.0367-0.16050.119-0.0538-0.10370.0196-0.082133.22238.68252.143
24.175-1.1398-1.58413.35051.12514.24240.18-0.18750.11880.22940.00850.1371-0.1458-0.3422-0.1885-0.1218-0.02950.0011-0.11210.0636-0.11569.16843.79448.707
33.9792-0.68470.35933.0953-0.45863.5879-0.07230.10130.0577-0.01170.05390.07680.0032-0.28710.0184-0.2444-0.05010.0003-0.1479-0.0112-0.1024-9.22638.70789.239
44.09231.1651-1.13944.4822-0.37823.09820.10930.2870.2771-0.34240.1249-0.1303-0.37770.2979-0.2341-0.1213-0.01440.0368-0.1264-0.0443-0.119114.95943.71793.056
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA4 - 8316 - 95
21AA200 - 227212 - 239
31AA278 - 399290 - 411
42AA84 - 19996 - 211
52AA228 - 277240 - 289
63BB4 - 8316 - 95
73BB200 - 227212 - 239
83BB278 - 399290 - 411
94BB84 - 19996 - 211
104BB228 - 277240 - 289

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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