PDB-1vkz: Crystal structure of Phosphoribosylamine--glycine ligase (TM1250)...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1vkz

タイトル

Crystal structure of Phosphoribosylamine--glycine ligase (TM1250) from Thermotoga maritima at 2.30 A resolution

要素

Phosphoribosylamine--glycine ligase

キーワード

LIGASE (リガーゼ) / TM1250 / PHOSPHORIBOSYLAMINE--GLYCINE LIGASE /

STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / JCSG /

PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / Joint Center for Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

ホスホリボシルアミン—グリシンリガーゼ /

phosphoribosylamine-glycine ligase activity / purine nucleobase biosynthetic process / 'de novo' IMP biosynthetic process /

ATP binding /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Phosphoribosylamine--glycine ligase (TM1250) from Thermotoga maritima at 2.30 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2004年6月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年8月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月26日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1vkz.cif.gz	161.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1vkz.ent.gz	130.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1vkz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/1vkz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/1vkz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4lkv-2 5xi0-2 6sv5-d 3n2t-d 3rv7-4 5znt-d 4wiw-6 6vhx-1 3st6-3 6qix-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 283115

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (4) #192 - 2015年12月バンコマイシン (Vancomycin) 類似性 (4) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (4) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (3) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#215 - 2017年11月
アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
類似性 (4)
#192 - 2015年12月
バンコマイシン (Vancomycin)
類似性 (4)
#187 - 2015年7月
ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase)
類似性 (4)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (3)
#137 - 2011年5月
シトクロムbc1 (Cytochrome bc1)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Phosphoribosylamine--glycine ligase

B: Phosphoribosylamine--glycine ligase

ヘテロ分子

92.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phosphoribosylamine--glycine ligase

登録者が定義した集合体
46.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Phosphoribosylamine--glycine ligase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
46.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.745, 78.443, 85.018
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.06, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Refine code: 2

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ALA	LEU	A	A	110 - 180	122 - 192
2	1	1	ALA	LEU	B	B	110 - 180	122 - 192
1	1	2	GLY	THR	A	A	83 - 109	95 - 121
2	1	2	GLY	THR	B	B	83 - 109	95 - 121
3	2	2	ALA	LEU	A	A	181 - 199	193 - 211
4	2	2	ALA	LEU	B	B	181 - 199	193 - 211
5	3	2	GLU	LEU	A	A	227 - 278	239 - 290
6	3	2	GLU	LEU	B	B	227 - 278	239 - 290
1	1	3	PRO	VAL	A	A	200 - 226	212 - 238
2	1	3	PRO	VAL	B	B	200 - 226	212 - 238
3	2	3	PHE	ALA	A	A	315 - 399	327 - 411
4	2	3	PHE	ALA	B	B	315 - 399	327 - 411
1	1	4	VAL	PHE	A	A	4 - 82	16 - 94
2	1	4	VAL	PHE	B	B	4 - 82	16 - 94
3	2	4	GLY	GLY	A	A	279 - 314	291 - 326
4	2	4	GLY	GLY	B	B	279 - 314	291 - 326

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

#1: タンパク質	Phosphoribosylamine--glycine ligase / GARS / Glycinamide ribonucleotide synthetase / Phosphoribosylglycinamide synthetase 分子量: 46274.418 Da / 分子数: 2 / 変異: 6.3.4.13 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ) 遺伝子: purD, TM1250 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9X0X7, ホスホリボシルアミン—グリシンリガーゼ
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)	解説
1	2.29	46.21
2	2.44	49.26	TWO CRYSTALS WERE USED IN THE SOLUTION OF THE STRUCTURE. ONE CRYSTAL WAS USED FOR SE-MET MAD PHASING AND ANOTHER WAS USED FOR PHASE EXTENSION AND REFINEMENT.

結晶化

温度 (K)	Crystal-ID	手法	pH	詳細
277	1	蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop	6.5	18% PEG-8000, 0.1M sodium cacodylate pH 6.5, 0.2M calcium acetate hydrate, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K
277	2	蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop	7	20% PEG-6000, 0.1M HEPES pH 7.0, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
1,2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長	波長 (Å)
シンクロトロン	ALS	8.2.1	1	1
シンクロトロン	APS	19-BM	2		0.979127,0.979292,0.964063

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
ADSC	1	CCD	2004年3月3日
APS	2	CCD	2004年2月20日	water cooled, sagitally focusing 2nd crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Double Crystal Si(111)	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator	MAD	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1	1
2	0.979127	1
3	0.979292	1
4	0.964063	1

反射

解像度: 2.3→37.4 Å / Num. obs: 31749 / % possible obs: 85.6 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 54.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 12.1

反射シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.632 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique all: 2434 / % possible all: 88.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALA	4.2)	データスケーリング
SOLVE		位相決定
REFMAC	5.2.0000	精密化
CCP4	(SCALA)	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.3→37.26 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 20.438 / SU ML: 0.232 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.591 / ESU R Free: 0.299
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE PHASES USED FOR THE RESTRAINTS WERE DENSITY MODIFIED (SOLVENT FLATTENED, HISTOGRAM, MULTI RESOLUTION) PHASES EXTENDED FROM STARTING MAD ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26383	1560	5 %	RANDOM
R_work	0.21315	-	-	-
obs	0.21572	29714	84.01 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.622 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.3 Å²	0 Å²	-0.69 Å²
2-	-	2.77 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→37.26 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6065	0	4	121	6190

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	6198
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	5742
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.491	1.966	8355
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.811	3	13357
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.293	5	778
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.517	23.723	274
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.106	15	1078
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.757	15	43
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	890
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	6921
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1264
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	1337
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.183	0.2	6078
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.089	0.2	4016
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.177	0.2	224
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.181	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.22	0.2	59
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.143	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.937	3	4146
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.479	3	1624
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.76	5	6161
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.184	8	2578
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.017	11	2194
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.057	0.2	1

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	415	tight positional	0.03	0.05
1	670	medium positional	0.32	0.5
1	415	tight thermal	0.09	0.5
1	670	medium thermal	0.51	2
2	575	tight positional	0.03	0.05
2	967	medium positional	0.24	0.5
2	575	tight thermal	0.14	0.5
2	967	medium thermal	0.7	2
3	650	tight positional	0.03	0.05
3	998	medium positional	0.36	0.5
3	650	tight thermal	0.12	0.5
3	998	medium thermal	0.65	2
4	635	tight positional	0.04	0.05
4	966	medium positional	0.36	0.5
4	635	tight thermal	0.12	0.5
4	966	medium thermal	0.69	2

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.405	103	4.32 %
R_work	0.313	2280	-

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.1618	0.3203	0.6558	2.1463	0.4236	5.7462	-0.0423	-0.1412	-0.039	0.1377	0.0056	-0.1407	0.1864	0.4482	0.0367	-0.1605	0.119	-0.0538	-0.1037	0.0196	-0.0821	33.222	38.682	52.143
2	4.175	-1.1398	-1.5841	3.3505	1.1251	4.2424	0.18	-0.1875	0.1188	0.2294	0.0085	0.1371	-0.1458	-0.3422	-0.1885	-0.1218	-0.0295	0.0011	-0.1121	0.0636	-0.1156	9.168	43.794	48.707
3	3.9792	-0.6847	0.3593	3.0953	-0.4586	3.5879	-0.0723	0.1013	0.0577	-0.0117	0.0539	0.0768	0.0032	-0.2871	0.0184	-0.2444	-0.0501	0.0003	-0.1479	-0.0112	-0.1024	-9.226	38.707	89.239
4	4.0923	1.1651	-1.1394	4.4822	-0.3782	3.0982	0.1093	0.287	0.2771	-0.3424	0.1249	-0.1303	-0.3777	0.2979	-0.2341	-0.1213	-0.0144	0.0368	-0.1264	-0.0443	-0.1191	14.959	43.717	93.056

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	4 - 83	16 - 95
2	1	A	A	200 - 227	212 - 239
3	1	A	A	278 - 399	290 - 411
4	2	A	A	84 - 199	96 - 211
5	2	A	A	228 - 277	240 - 289
6	3	B	B	4 - 83	16 - 95
7	3	B	B	200 - 227	212 - 239
8	3	B	B	278 - 399	290 - 411
9	4	B	B	84 - 199	96 - 211
10	4	B	B	228 - 277	240 - 289

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