PDB-1ver: Structure of New Antigen Receptor variable domain from sharks

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1ver

タイトル

Structure of New Antigen Receptor variable domain from sharks

要素

New Antigen Receptor variable domain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / IG VNAR / NATIVE / 12Y-1

機能・相同性

機能・相同性情報

Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Orectolobus maculatus (クモハダオオセ)

手法

X線回折 /

多重同系置換 / 解像度: 2.82 Å

データ登録者

Streltsov, V.A.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2004
タイトル: Structural evidence for evolution of shark Ig new antigen receptor variable domain antibodies from a cell-surface receptor
著者: Streltsov, V.A. / Varghese, J.N. / Carmichael, J.A. / Irving, R.A. / Hudson, P.J. / Nuttall, S.D.

履歴

登録	2004年4月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2004年8月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1ver.cif.gz	33.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1ver.ent.gz	23.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1ver.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1ver_validation.pdf.gz	430.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1ver_full_validation.pdf.gz	431.3 KB	表示
XML形式データ	1ver_validation.xml.gz	7.3 KB	表示
CIF形式データ	1ver_validation.cif.gz	9.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/1ver ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/1ver	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1vesC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1oww-d 2exf-d 2zp6-d 2nqc-d 2c9r-d 4m4m-d 1yct-d 6sx3-d 4bd4-9 4wtx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: New Antigen Receptor variable domain

12.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.259, 97.259, 65.228
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22

#1: タンパク質	New Antigen Receptor variable domain / VNAR 分子量: 12266.757 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Orectolobus maculatus (クモハダオオセ) プラスミド: pGC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6X1E7
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.86 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M BIS-TRIS PROPANE, 45% PPG P400, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 113 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 180 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年10月1日 / 詳細: Axco microcapillary focusing optics
放射	モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.82→69.01 Å / Num. obs: 3975 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 15.1 % / R_merge(I) obs: 0.045 / R_sym value: 0.045 / Net I/σ(I): 18.1
反射シェル	解像度: 2.82→2.9 Å / 冗長度: 4.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 94.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHARP		位相決定
REFMAC	5.1.24	精密化

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換 / 解像度: 2.82→6 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.911 / SU B: 16.179 / SU ML: 0.288 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.37 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25391	153	4.4 %	RANDOM
R_work	0.16588	-	-	-
all	0.16972	-	-	-
obs	0.16972	3353	99.29 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.21 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.53 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	3.53 Å²	0 Å²
3-	-	-	-7.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.82→6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	770	0	0	97	867

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.021	780
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	710
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.552	1.955	1050
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.838	3	1648
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.873	5	98
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	121
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	857
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	165
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	147
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.224	0.2	841
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.089	0.2	558
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.22	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.37	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.364	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.16	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.363	1.5	488
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.69	2	783
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.038	3	292
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.864	4.5	267
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.82→2.877 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.543	11
R_work	0.339	195

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 45.611 Å / Origin y: 36.411 Å / Origin z: 14.235 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0948 Å²	-0.1415 Å²	-0.1115 Å²	-	0.2124 Å²	0.1801 Å²	-	-	0.2758 Å²
L	3.5582 °²	0.4045 °²	-0.8273 °²	-	7.2854 °²	-0.9129 °²	-	-	17.6513 °²
S	0.1545 Å °	-0.684 Å °	-0.0196 Å °	0.7097 Å °	-0.6861 Å °	-0.3902 Å °	-0.408 Å °	0.6079 Å °	0.5316 Å °

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関連情報:EMDBヘッダ

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